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标题: 由多糖序列画出结构式是否有快捷方法 [打印本页]

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Author: mol 时间: 2022-6-29 09:06
标题: 由多糖序列画出结构式是否有快捷方法
本帖最后由 mol 于 2022-6-29 09:21 编辑

各位前辈好，请问是否有简便的方法通过已知的多糖序列或pdb结构画出他的结构式呢？
例如：
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

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Author: chenbq18 时间: 2022-6-29 20:31
glycam网站

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Author: mol 时间: 2022-6-29 20:56

chenbq18 发表于 2022-6-29 20:31
glycam网站

可以指点下具体哪个地方吗，一直没找到呢

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-6-29 22:27

mol 发表于 2022-6-29 20:56
可以指点下具体哪个地方吗，一直没找到呢

www.glycam.org

作者
Author: mol 时间: 2022-6-30 09:47

chenbq18 发表于 2022-6-29 22:27
www.glycam.org

抱歉没描述清楚，这个网站我知道，我的意思是具体那个地方能给出来图中的结构式呢

作者
Author: mol 时间: 2022-6-30 09:50
试了试obabel，感觉效果一般，obabel -ipdb 1.pdb -osvg -O 1.svg

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Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-30 13:52
charmm-gui

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Author: mol 时间: 2022-6-30 14:29

喵星大佬发表于 2022-6-30 13:52
charmm-gui

我看这个是生成三维结构？想要图片上的2d的结构式

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-30 22:31

mol 发表于 2022-6-30 14:29
我看这个是生成三维结构？想要图片上的2d的结构式

那直接ChemDraw不就行了。。。。。

其实方法也是有的
先打开Charmm-GUI
选择Glycan Reader & Modeler (, 下载次数 Times of downloads: 18)

选择Glycan Only System (, 下载次数 Times of downloads: 17)

根据你的序列构建糖链
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

我这边演示随便弄了几个，比如这样
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

然后点击下一步，生成pdb文件
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

此时上面会有一排文件可以下载，直接点击下载pdb，找个地方保存就行
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

由于这个pdb里面没有连接信息，需要添加之后才能用，所以用比如IQMol打开这个pdb，然后另存为mol2文件
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

然后直接用Chem3D打开这个mol2文件就行了
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

但是如果要用Haworth投影式或者其他画法的话只能ChemDraw自己来了

作者
Author: mol 时间: 2022-7-5 17:00

喵星大佬发表于 2022-6-30 22:31
那直接ChemDraw不就行了。。。。。

谢谢前辈详细指点

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