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标题: Gromacs运行一段时间后，输出停止更新，但不报错，什么原因 [打印本页]

作者
Author: ybch 时间: 2022-6-29 10:10
标题: Gromacs运行一段时间后，输出停止更新，但不报错，什么原因
本帖最后由 ybch 于 2022-6-29 10:23 编辑

Gromacs运行一段时间后（大约二三十ns，有次70多ns），输出停止更新，但不报错，提交命令用的是gmx mdrun -s topol.tpr -ntmpi 32 -ntomp 1 &，输出文件见附件，求助

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-6-29 20:30
nohup gmx mdrun -s topol.tpr -ntmpi 1 -ntomp 32 > nohup.log &
用这命令，然后tail -f nohup.log看输出信息

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 21:07
如果从2L说的nohup.log里也看不出什么有用信息，换成gmx 2021最后一个版本再试
并且注意看停止更新后任务是否还在运行，是自动杀了，还是僵尸状态，还是一直占着CPU资源

作者
Author: ybch 时间: 2022-6-29 22:52

sobereva 发表于 2022-6-29 21:07
如果从2L说的nohup.log里也看不出什么有用信息，换成gmx 2021最后一个版本再试
并且注意看停止更新后任务 ...

停止更新后，显示还在运行，一直占着CPU资源

作者
Author: xiaoche 时间: 2024-6-26 15:59

ybch 发表于 2022-6-29 22:52
停止更新后，显示还在运行，一直占着CPU资源

请问楼主最后怎么解决的呢？

作者
Author: chenchen1 时间: 2024-6-26 16:22
也遇到了同样的问题，显示Segmentation fault (core dumped)

作者
Author: 云隐i 时间: 2025-7-15 14:39
请问怎么解决了

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