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标题: 寻找过渡态后进行irc验证发现产物是不稳定结构后如何解决？ [打印本页]

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Author: 降解计算saboer 时间: 2022-6-29 14:33
标题: 寻找过渡态后进行irc验证发现产物是不稳定结构后如何解决？
本帖最后由降解计算saboer 于 2022-9-11 21:30 编辑

各位老师好，我是一个做降解计算的学生，在我寻找对苯二胺被羟基自由基进攻过渡态的过渡态的过程中，寻找到过渡态后进行的irc验证发现产物是这样一个不稳定结构（正常是羟基自由基进攻两个对位带氨基的碳然后形成苯醌的）。之后我应该怎么接下去做呢，老师们能不能给我一点意见
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Author: 降解计算saboer 时间: 2022-6-29 14:37
本帖最后由降解计算saboer 于 2022-9-11 17:17 编辑

多谢各位老师解惑

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Author: chands 时间: 2022-6-29 14:46
可能一步生不成苯醌结构，考虑多步反应。

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Author: 降解计算saboer 时间: 2022-6-29 14:57

chands 发表于 2022-6-29 14:46
可能一步生不成苯醌结构，考虑多步反应。

多谢老师，是以irc验证出来的产物继续做被羟基加成的碳的过渡态计算吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-6-29 15:17
本帖最后由 chands 于 2022-6-29 15:19 编辑

降解计算saboer 发表于 2022-6-29 14:57
多谢老师，是以irc验证出来的产物继续做被羟基加成的碳的过渡态计算吗？

这应该是反应路径上的某个中间体，往下还有过渡态、中间体，一直到产物。
另外，下一步估计是脱去氨分子生成苯氧自由基，或者脱去氨基自由基生成苯酚，如果要生成醌，应该还要好几步。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-29 15:43
羟基自由基和对苯二胺反应应该是先夺取N-H的氢原子，变成对苯醌二亚胺的结构，然后再水解。而不是进攻苯环，不然无法解释为什么进攻和氨基相连的碳（位阻不利，诱导效应不利），而不是另外4个苯环碳。

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Author: 降解计算saboer 时间: 2022-6-29 16:07

chands 发表于 2022-6-29 15:17
这应该是反应路径上的某个中间体，往下还有过渡态、中间体，一直到产物。
另外，下一步估计是脱去氨分子 ...

深受启发，感谢老师，是我学的不够精，还有很多需要学习的地方

作者
Author: 降解计算saboer 时间: 2022-6-29 16:08

wzkchem5 发表于 2022-6-29 15:43
羟基自由基和对苯二胺反应应该是先夺取N-H的氢原子，变成对苯醌二亚胺的结构，然后再水解。而不是进攻苯环 ...

感谢老师指点迷津，是我学的不够精，看来要学的还有很多

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 20:57

降解计算saboer 发表于 2022-6-29 14:37
忘了补充了，第一个图是过渡态，然后后面两个都是过渡态的irc验证

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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Author: 降解计算saboer 时间: 2022-6-30 12:35

sobereva 发表于 2022-6-29 20:57
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的社长，我这就改正

作者
Author: 降解计算saboer 时间: 2022-9-11 17:11
本帖最后由降解计算saboer 于 2022-9-11 17:15 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-29 15:43
羟基自由基和对苯二胺反应应该是先夺取N-H的氢原子，变成对苯醌二亚胺的结构，然后再水解。而不是进攻苯环 ...

老师您好，之前听了您的建议让羟基自由基先在氨基上夺氢，发现夺氢反应的过渡态一直找不到，手动摆放找不到之后也进行了势能面扫描图也比较奇怪，就想问问老师夺氢反应的过渡态氨基上的氢和羟基自由基的距离大概是多少才好找过渡态，麻烦老师了。(势能面扫描羟基自由基和氢离子的距离为2.02，做的是20步每步减少0.05)
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Author: wzkchem5 时间: 2022-9-11 18:26

降解计算saboer 发表于 2022-9-11 10:11
老师您好，之前听了您的建议让羟基自由基先在氨基上夺氢，发现夺氢反应的过渡态一直找不到，手动摆放找不 ...

这个反应热力学非常有利，因此有可能是无垒反应，如果是的话找不到过渡态是很正常的，找到过渡态反而是错的。
判断无垒反应的方法是，如果扫描的最长键长超过了O原子和H原子的范德华半径之和，仍然没有过渡态，而且反应能量是一直降低的，那就可以认为没有过渡态

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Author: 降解计算saboer 时间: 2022-9-11 20:11

wzkchem5 发表于 2022-9-11 18:26
这个反应热力学非常有利，因此有可能是无垒反应，如果是的话找不到过渡态是很正常的，找到过渡态反而是错 ...

那老师，如果想用高斯计算来验证苯胺降解氧化的过程该如何实现呢，跳过这一步貌似模拟不出来下一步对醌苯亚胺氧化成对苯醌的过程了

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Author: wzkchem5 时间: 2022-9-11 21:04

降解计算saboer 发表于 2022-9-11 13:11
那老师，如果想用高斯计算来验证苯胺降解氧化的过程该如何实现呢，跳过这一步貌似模拟不出来下一步对醌苯 ...

如果通过柔性扫描证明这一步是无垒反应，那就接着往下算就行了，文章里照实说这一步没有过渡态。
一个反应没有过渡态不代表走不通，相反（当这个反应放热而不是吸热时）说明这个反应极其容易发生。所以不存在什么“跳过这一步”的问题

作者
Author: 降解计算saboer 时间: 2022-9-11 21:12

wzkchem5 发表于 2022-9-11 21:04
如果通过柔性扫描证明这一步是无垒反应，那就接着往下算就行了，文章里照实说这一步没有过渡态。
一个反 ...

明白了，多谢老师的耐心讲解

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