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标题: gromacs中npt模拟以及插入模拟退火设定的问题 [打印本页]

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Author: Reisende 时间: 2022-6-29 22:56
标题: gromacs中npt模拟以及插入模拟退火设定的问题
本帖最后由 Reisende 于 2022-6-30 12:10 编辑

请问大家，我先是在npt中插入模拟退火的的设定：
title    = NPT
; Run parameters
integrator  = md
nsteps    = 20000
dt       = 0.001
; Output control
nstxout    = 500
nstvout    = 500
nstenergy = 500
nstlog    = 500
; Bond parameters
continuation          = yes
constraint_algorithm = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
nstlist       = 10
rcoulomb       = 1.0
rvdw          = 1.0
; Electrostatics
pme_order    = 4
fourierspacing  = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl          = v-rescale
tc-grps          = system
tau_t             = 0.2
ref_t             = 320

annealing       = single
annealing-npoints  = 6
annealing-time    = 0 40 80 120 160 200
annealing-temp    = 320 310 300 290 280 280

; Pressure coupling is on
pcoupl             = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = isotropic
tau_p             = 2.0
ref_p             = 2.0
compressibility    = 4.5e-5
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz
; Dispersion correction
DispCorr          = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel             = no

但是会出现如下图所示的问题：
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请问这是正常的吗。另外能否再请教一下，为什么两次模拟出来的压力会不一样，而且不是我所设定的ref_p= 2.0呢
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-30 00:36
诸如annealing_npoints是annealing-npoints

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Author: Reisende 时间: 2022-6-30 09:13

sobereva 发表于 2022-6-30 00:36
诸如annealing_npoints是annealing-npoints

谢谢社长。
我在自己查错的时候已经试过了，不管中间的是_还是-都会出现这个。
还有想请问社长，我使用相同的npt.mpd模拟两次，模拟出来的压力为什么会不一样呢。而且我多次尝试，好像还会随着我的nstsps的增加，最后得到的average也会增加

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-1 13:48
gromacs给出的警告信息中引号里面有空格，一般是不会这样的，可能是里面有无法显示字符，删掉重新输入可能可以解决（注意输入法）

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Author: Reisende 时间: 2022-7-1 15:24

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-1 13:48
gromacs给出的警告信息中引号里面有空格，一般是不会这样的，可能是里面有无法显示字符，删掉重新输入可能 ...

谢谢，我昨天把空格全都删掉了，然后重新输入一次，问题就莫名其妙的解决了

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