计算化学公社

标题: 求助：请教gromacs如何进行非平衡分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: rain 时间: 2022-7-1 17:58
标题: 求助：请教gromacs如何进行非平衡分子动力学模拟
求助：请教gromacs如何进行非平衡分子动力学模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-1 20:15
问题太大，没法回答
说清楚到底想模拟什么体系的什么问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: rain 时间: 2022-7-1 22:00

sobereva 发表于 2022-7-1 20:15
问题太大，没法回答
说清楚到底想模拟什么体系的什么问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得 ...

你好，老师。我想分析外电场对沥青质在稠油体系中聚集行为的影响，看到有文章用的是LAMMPS操作，而有的文章用gromacs，但是不详细。所以想问一下用gromacs怎么模拟。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-2 06:15

rain 发表于 2022-7-1 22:00
你好，老师。我想分析外电场对沥青质在稠油体系中聚集行为的影响，看到有文章用的是LAMMPS操作，而有的文 ...

mdp里设置和不设置电场，分别模拟就完了

作者
Author: rain 时间: 2022-7-2 08:32

sobereva 发表于 2022-7-2 06:15
mdp里设置和不设置电场，分别模拟就完了

好的，谢谢老师

作者
Author: rain 时间: 2022-7-2 08:40

sobereva 发表于 2022-7-2 06:15
mdp里设置和不设置电场，分别模拟就完了

老师，如果想看电场对体系温度的变化呢？是不是得用到NEMD了？怎么弄呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-3 03:45

rain 发表于 2022-7-2 08:40
老师，如果想看电场对体系温度的变化呢？是不是得用到NEMD了？怎么弄呢？

如果电场是外加的，跟温度毫无关系
如果电场是指体系里原子产生的，不同温度下跑模拟并分别计算

作者
Author: rain 时间: 2022-7-3 08:27

sobereva 发表于 2022-7-3 03:45
如果电场是外加的，跟温度毫无关系
如果电场是指体系里原子产生的，不同温度下跑模拟并分别计算

好的，谢谢老师

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