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标题: 求助：跑gmx的时候log文件里报一堆Large VCM(group rest) [打印本页]
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Author: FrancisLi    时间: 2022-7-2 10:16
标题: 求助：跑gmx的时候log文件里报一堆Large VCM(group rest)
各位老师，想问下，我在cluster上跑gmx的时候，log文件里有一堆如下信息：
  1. Large VCM(group rest):      0.11384,     -0.13695,     -0.48098, Temp-cm:  1.11069e+00
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但是目前我看slurm队列，我的任务还在跑，log里看也还在跑，只是每跑一帧都伴随着一堆large vcm的信息。之前在自己电脑上跑出来没遇到过这种情况，想问下一般是什么原因呀，是sbatch的script哪里有问题吗？谢谢！

如下是我的提交script：
  1. #! /bin/bash -l
  2. #SBATCH -p gpu
  3. #SBATCH --job-name=try
  4. #SBATCH --ntasks 1   #Number of cores
  5. #SBATCH -t 133:30:00
  6. #SBATCH --mem=15g

  8. module load gromacs
  9. module load cuda/10.2
  10. module load gcc

  12. gmx genconf -f *.pdb -o min.gro

  14. gmx grompp -f mini.mdp -c min.gro -p sys.top -o em -po miniout.mdp

  16. gmx mdrun -s em.tpr -deffnm em

  18. gmx grompp -f eql.mdp -c em.gro -p sys.top -o eql -po eqlout.mdp

  20. gmx mdrun -s eql.tpr -deffnm eql -nt 10 -pin on -pinoffset 0 -pinstride 1 -gpu_id 0 -update gpu
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作者
Author: Frozen-Penguin    时间: 2022-7-2 12:26
http://bbs.keinsci.com/thread-10732-1-1.html
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作者
Author: FrancisLi    时间: 2022-7-3 01:04
Frozen-Penguin 发表于 2022-7-2 12:26
http://bbs.keinsci.com/thread-10732-1-1.html
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非常感谢！不过我mdp文件里并没有写comm，按理说应该是默认的才对，不知道是什么情况。我写出来试试看会不会好。



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