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标题: 求助，蛋白模拟EM过程，未收敛而停止 [打印本页]

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-7-3 10:23
标题: 求助，蛋白模拟EM过程，未收敛而停止
本帖最后由 chenbq18 于 2022-7-3 10:25 编辑

请教各位大佬。我使用Glycam网站构建了糖蛋白分子，通过acpype程序转变成gmx的输入top.gro文件。em.mdp设置了，Fmax<100,步数=500000。运行rm过程，提示信息未能收敛。猜测该情况应该是初始结构不合理导致的。
后将力设置为1000，能正常收敛。随后的equil,prod过程都正常。
请问，后面eq，pr过程能纠正不合理的初始结构吗，对结果影响大吗，还是必须先优化初始结构，再进行？具体如何优化？
谢谢老师
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-4 01:28
MD能正常跑就行
动力学之前跑em的目的就是为了MD能正常跑

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