公社群聊Q&A整理：2016.04.11 21 ~ 2016.04.16 17 Concate - 计算化学公社

2016.04.11 21:17:12
Q:
看这个可以入门吗
A:
可以入一点门
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2016.04.11 22:35:04
Q:
[图片]老师请教一个问题，上述计算的中心P的正电性，用mulliken电荷和hirshfeld 电荷计算数据恰好相反啊，以哪一个为准啊@Sobereva
A:
也算算NPA电荷，如果和Hirshfeld趋势一致，就说明Cat.2更正了
Lowdin电荷没必要算
Q:
哦，好的，谢谢老师
请教老师讲义提及NBO模块也会计算NPA电荷。那么我的命令行是# b3pw91/6-311g(d,p) pop=NPA还是需要b3pw91/6-311g(d,p) pop=nboread 并加上输出路径，生成NBO 文件再查看NPA电荷呢？
A:
前者足矣
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2016.04.11 23:10:37
Q:
找到的激发态结构，要算单点，关键词1.wb97xd/6-311+g(d,p)、关键词2.td=singlets wb97xd/6-31+g(d)，为什么算出来的能量（数值为输出文件末尾HF=）是一样的？
A:
不可能一样，基组都不一样
Q:
关键词1.wb97xd/6-311+g(d,p)、关键词2.td=singlets wb97xd/6-311+g(d，p)
A:
HF=后面是基态能量，当然一致
Q:
额 sob老师那激发态的能量是？
A:
[图片]
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2016.04.11 23:40:52
Q:
老师计算的NPA与mulliken电荷一致啊，与理论推测不符啊 [图片]
A:
理论推测指什么？
Q:
理论推测是我认为的1中含有多个苯氧基给电子会很强，降低磷的正电性，1的正电性应2低才对吧，老师
A:
-OCH3也没有能够经由苯环产生sigma给电子的效果
Q:
也就是说计算的NAP电荷合理啊，老师？
A:
至少没明确依据说是不合理的
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2016.04.11 23:56:13
Q:
[图片]
请问图中规律是否具有普适性
A:
对氢键是有的
Q:
对于闭壳层接触，随着接触距离变大，动能密度与解离能指数型下降，势能密度指数型上升
嗯嗯，那除了电子密度，还有AIM中什么是可以用来衡量闭壳层作用强度的？
我记得势能密度可以，但还没找到文献
A:
势能密度可以啊，V_BCP/2可以用来估算氢键强度
还有
[图片]
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2016.04.11 23:59:55
Q:
说到这里，接着问个问题啊，这里做QTAIM氢键分析对方法基组的依赖性有多大啊
A:
[图片]
Q:
用b3lyp/6-31++g**得到波函数做QTAIM分析得到的氢键信息可信吗@Sobereva
A:
可信
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2016.04.12 00:29:50
Q:
PKWRT: NODE 2 ENCOUNTERED I/O ERROR WRITING UNIT 16
这是硬盘不够吗？
A:
有可能
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2016.04.12 18:32:38
Q:
请问怎么样计算Mayer键级呢？？
A:
看Multiwfn手册4.9节的例子
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2016.04.12 18:53:04
Q:
没有收敛，提示Link9999
我的结构经常出现键角180度的报错，所以用了cartesian. 计算量明显上去了，很多情况下第一次给的初猜都不能收敛，需要延长计算步骤
除了这个问题以外，和没有用cartesian的结构对比会有什么影响么？比如接下来计算freq，会不会有影响呢？我一直有这个疑问
恩恩
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.04.12 18:53:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
靠谱
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2016.04.12 18:53:04
Q:
各位大侠求文献：State-resolved UV photofragmentation spectrum of the metal dication complex [Zn(pyridine)4]2+
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2008/cc/b806469e#!divAbstract
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.04.12 18:53:04
Q:
大家知道有什么软件可计算高温高压下的特性
我有个朋友问我，我也不知道的，咨询群里的高人了
什么特性都行，了解一点了就可以自己查文献了
A:
具体看研究什么，牵扯到温度你得做从头算动力学
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2016.04.12 19:00:59
Q:
各位老师用gview生成内坐标格式的高斯input文件时总会把不成键的两个原子成键生成有6.0+的键长求问怎么避免？
A:
如果两个部分之间一个键也没有，用内坐标描述时必然会有一个很长的键，否则对体系没法定义内坐标
Q:
sob 老师那多个独立分子构成的体系如何用内坐标定义？这个很长的键只是形式上的存在，并不对实际计算有影响？@Sobereva
A:
这种情况不适合内坐标，还是笛卡尔坐标好。
非要用内坐标就只能允许很长的“键”存在，对正常计算无影响
Q:
就是内坐标的形式只适合独立的分子即只有分子内成键的情况而多个相互独立的分子适合用笛卡尔坐标是吗？
A:
如果是比如氢键这样非共价相互作用，内坐标也行，但如果是离得很远的分子，内坐标就不怎么合适
Q:
sob老师思想家公社论坛上有相关介绍吗高斯说明书里关于坐标的信息好少
A:
里面有关于坐标系的说明
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)书的末尾也介绍了坐标系
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2016.04.12 19:00:59
Q:
我想请教各位老师一个问题，在做mmpbsa的时候，遇到配体的F原子没有半径而导致计算无法运行的问题，要怎么解决呢？？？
[图片]
A:
自行改下代码
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2016.04.12 19:00:59
Q:
请问氢键键长一般是多少？
大概在什么范围内？
O-H形成的氢键的键长？
哦
那就是O-H氢键小于1.36？
想错了，小于2.72？
那我的这些属于氢键？
[图片]
是的
AIM里什么判定标准？
这个从键长就能看出来是非共价键
A:
X-H---Y这种，X-Y之间距离一般小于3.5埃、X-H-Y键角大于150度才被当成氢键
你也可以用AIM或RDG来判断
AIM判断标准看J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10865-10872
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2016.04.12 19:07:10
Q:
从论坛收集的gaussian各版本中，选择下载了linux D01版本，里面没有test文件夹，对使用没有影响吧？
A:
没影响
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2016.04.12 20:07:22
Q:
老师，不好意思学生愚钝！冒昧请教一下，是要修改哪里的代码啊？
A:
你在源代码里搜那个错误提示就能找到要改的位置
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2016.04.12 20:22:58
Q:
请问什么怎么计算振动激发态？
A:
做非谐振计算就行，比如高斯里freq=anharmonic
Q:
sob 高斯用TDDFT计算激发态的anharmonic frequency 用什么命令？
激发态的振动能级什么可以算？高斯好像不行
A:
anharmonic就行啊
[图片]
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2016.04.12 20:26:59
Q:
从头写一个HF程序，积分、矩阵对角化等基本操作可以引用库，能算简单体系（不需要处理十分复杂的SCF收敛问题），代码量大概在什么量级~~
A:
用现成的库的话，很简单的也就几百行
Q:
一开始的积分我看是书上已经推出解析解了。代入那些基组的参数和坐标位置不就是相当于把<ujkl>这个积分积出来了么
所谓的“电子积分库”，例如libint（好像是）是干什么用的？[表情]
不太清楚
暂时当黑箱子用着。
A:
算单、双电子积分用的，这部分代码量很大，不是行家也很难写得效率高，所以往往直接用现成的库
高斯是它们自己写的积分代码
高效的双电子积分计算需要各种数学上的技巧、许多数值方法的应用，在代码写的方式上也有很多技巧
都有可能，文中没说明时就默认是电子能量
Q:
大概明白了~~[表情]
Szabo那本书最后附录里面讲的就是STO-nG的积分吧。再复杂的没那么简单了？
A:
那个例子只涉及s基函数的积分，那个是小儿科，实际计算中涉及高角动量的，比这复杂太多了
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2016.04.12 20:26:59
Q:
那我算能垒的时候直接用分子后面那个电子能量可以吧
A:
可
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2016.04.12 20:35:17
Q:
请问各位大神，高斯做IRC要缩短步长要加哪些关键字
A:
减小stepsize
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2016.04.12 20:35:17
Q:
[图片]
sob老师，这就怎么理解
A:
没上下文没法说
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2016.04.12 20:35:17
Q:
请问下如何知道报培训班，学校是否把钱打过去了
A:
你得问学校。我们凡是收到汇款都会邮件通知报名者
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2016.04.12 20:35:17
Q:
请教大家，[图片]自旋密度图是这样查看吗？[图片]那块颜色深的表示电子分布多么？
A:
这图深浅根本没有任何意义，告诉你的是自旋密度的分布，自旋密度是什么含义在我提到的Multiwfn简介的幻灯片里已经展示得很充分了
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2016.04.12 20:35:17
Q:
[图片]
还是L914错误，这个怎么解决啊
这个nstates已经到100了还是这个错误
好呢L914是这个的错误吗
为什么一直出现L914错误，是这个结构不能激发吗？
A:
换个基组再试，用弥散根本没必要。也尝试换泛函。
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2016.04.12 20:35:17
Q:
请问大家DctViaCube是一个什么程序呀？怎么百度查不到呢
A:
根本没必要用这个DctViaCube，算Dct指数的，它能做的Multiwfn都能做，比它好用得多得多，看Multiwfn手册4.18.3节的例子
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2016.04.12 20:45:12
Q:
老师请问一个分子的relative enegry 和它的电子能量是一个值吗@圣
@Sobereva
A:
没有可比性。相对能量不说相对于谁根本就没有意义
Q:
可是文献里relative enegry 标注了一个all enegries are ok Eo
这是什么意思？
A:
直接截文献的图，你这样说不清楚
Q:
好的
[图片]
第三列
W1分子后面的-55.2
我算的它的电子能量是-268.3346927hartree
A:
当然是W1相对于R1的能量
你算出来那个是绝对能量
Q:
R1的是0，那这个相对能量减的时候用的是什么能量啊
A:
不懂就甭管它，本身也没解释清楚
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2016.04.12 20:47:06
Q:
sob老师
vasp
US-PP贋势比PAW 软，怎样理解
A:
即价层波函数径向更为平滑，并由此可以用更低的平面波截断能
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2016.04.12 20:54:22
Q:
sob老师你好我是量化菜鸟。有关火焰等离子体的问题，你们能否提供咨询？
A:
不清楚这方面，没法提供
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2016.04.12 21:11:53
Q:
请教老师，[图片]关键词如何写才是对的？
A:
你写maxcyc想做什么？
Q:
想看看过渡态跑个50步左右，看看趋势对不？
这样不行吗？
老师
A:
写opt里头去
Q:
这样写没有错，只是位置不对，是吧，老师
A:
maxcyc=50
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2016.04.12 21:44:05
Q:
请问M062X是不是可以计算垂直激发能？
50-50那个
A:
可
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2016.04.12 21:53:25
Q:
sob老师， multiwfn 算 tool 还是program呢？
A:
program
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2016.04.13 13:57:17
Q:
还有在用svwn的时候出现了下面的错误.
[图片]
[图片]
A:
此时甭用D3，没SVWN的D3参数。如今谁还用SVWN
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2016.04.13 13:57:17
Q:
Sob老师：高斯09的输出文件里能量没有什么变化(只有一个), 但是一直出现这句话好多行，Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead. 要怎么解决呢？、
A:
列出关键词
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2016.04.13 13:58:41
Q:
[图片]各位老师好我想问下这种图是怎么做的
双变量扫描用GAUSSIAN view做出来的图数据不能导出来呀
各位老师，如何用高斯VIEW做ESP map 图
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
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2016.04.13 13:58:41
Q:
请问老师，溶剂化模型选择DPCM,出现这个错误说明什么？
PCMFx: No 1st derivatives available with DPCM
A:
moment 甭用什么DPCM。就用默认的溶剂模型
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2016.04.13 13:59:14
Q:
# m06l/gen opt(tight) EmpiricalDispersion=GD3 freq=noraman scf=qc
A:
甭用qc
noraman纯属多余
如果不用qc收敛不了，看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.04.13 13:59:26
Q:
我想做不同泛函的测试，所以用svwn，谢谢老师～
A:
测svwn根本毫无必要，这么烂的泛函
遥测的是靠谱的泛函，哪个更好不容易确定的泛函
svwn这种老掉牙一定更烂的泛函测了也白测，不会有人用它
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2016.04.13 14:04:10
Q:
求教：高斯优化了41步之后出现103错误，[图片]，结果文件报错为[图片]，输入文件中已经加了cartesian关键字，请问这种问题该如何解决？谢谢
最后的结构和刚投进去的没什么太大的区别
A:
列出关键词
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2016.04.13 14:04:10
Q:
[图片]麻烦问下sob老师，这个图里的Li-1s,Li-2s Au-5d轨道指的是Li-1s的那部分能量？是价电子的能量？谢谢。
A:
什么意思？做原子计算，自然就能得到原子轨道的能量
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2016.04.13 14:04:10
Q:
请问这是怎么原因？
[图片]
积分不够怎么办
A:
怎么获得积分在论坛置顶的新人必读里写明了
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2016.04.13 14:04:10
Q:
请问，要算分子的绝对HOMO/LUMO能量，是不是log文件中HOMO/LUMO的本征值+分子的基态能量？
或许我这样问：HOMO/LUMO能量与基态能量有什么关系？
一般文献中都有各种配体的HOMO/LUMO的高低比较，那么这个零点是怎样定义的？
意思是HOMO/LUMO 能量直接拿来比？
A:
对分子体系，从输出文件直接读HOMO/LUMO能量，根本用不着管基态能量、费米能级之类
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2016.04.13 14:05:16
Q:
老师，这是DPCM模型本身的问题吗？因为我这个计算对比数据都是DPCM模型下的，溶剂化模型不一致可能说不清楚
老师，那一般做测试会选取哪些泛函呢？
A:
提示中写了，用DPCM测试没有解析梯度，非要算只能用数值梯度，慢得吐血
用DPCM此时没有解析梯度
Q:
没有解析梯度TDDTF是不是也不能用老师？激发只能做CIS吗
A:
TDDFT g09里有解析梯度
Q:
DPCM模型也可以吗？
A:
当年g03时候TDDFT没解析梯度，有人用CIS优化激发态然后TDDFT算个激发能
DPCM在高斯里是很老的implementation，没有解析梯度不奇怪
Q:
也就是如果用DPCM的话，并不能用TDDFT是不是老师？
A:
不要再想DPCM
就用默认的IEFPCM或SMD，什么烂事也没有
非要DPCM+TDDFT，那就得忍受没有解析梯度了
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2016.04.13 14:11:15
Q:
老师，empiricaldispersion会对最后优化的结构有影响吗？还是只对能量有影响？
A:
有影响
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2016.04.13 14:24:24
Q:
请问各位老师，结构优化是这样的，为什么？[图片]
个人觉得可以提取第29步（若结构合理），calcfc或小步长跑一下试试。以及感觉继续跑下去其实也不是不可能收敛
我已经用了calcfc,老师
A:
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
用的calcfc是用在你现在的第一步的精确Hessian，其他都是不精确的。提取第29步再calcfc算的是第29步的精确Hessian（考虑到第29步之后飞掉了）
那在老师们看来，这样的作业就是没必要再接着跑了？
#p opt=(calcfc,verytight,gdiis) freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(cpcm,sol
vent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj int=ultrafine 我用了这些提高收敛
A:
verytight是自找不收敛
Q:
[表情]
A:
若不是g09 E.01，gd3bj换成gd3
Q:
tight就足够了
那应该用opt=tight
一般tight都不用，默认就行
A:
没特殊必要就用默认，甭tight
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2016.04.13 14:33:25
Q:
各位老师，在vmd分析氢键的页面里，我要是在selection1 里填入all就是分析整个体系里的氢键数了吗？[图片]
A:
大抵吧。看看help里的说明
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2016.04.13 14:34:23
Q:
hf优化的结构和mcscf优化的结构是不是差别不大
A:
看体系了，静态相关强的差异可能会很大，静态相关弱的大多定性一致
Q:
应该只要不是在交叉点附近应该影响不大吧
A:
和是不是交叉点附近倒没直接关系
只能说交叉点附近HF肯定不好
Q:
交叉点附近的静态相关不是应该很强吗
A:
静态相关强不是非得在交叉点附近
Q:
在sptddft计算时产生大量的s平方等于1的态，这些应该算单重态还是三重态
spin flip tddft计算
A:
具体没算过，但从此值上看都算不上，单三重态混合得很厉害
Q:
混合厉害是肯定的，看到有人说是单重态，有人说是三重态
[图片]这里哪个是非谐性振动的能量？
A:
混合厉害时候本身就没法说到底是哪个态，而是混合态
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2016.04.13 14:49:04
Q:
求教：高斯优化了41步之后出现103错误，[图片]，结果文件报错为[图片]，输入文件中已经加了cartesian关键字，请问这种问题该如何解决？谢谢！关键字是：[图片]
A:
不要写nolinear、noraman
若无特殊情况也不要用xqc
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2016.04.13 14:57:59
Q:
用什么方法/基组可以获得较准确地LUMO轨道能量？
现在有人让讨论取代基和结构的bending对LUMO的影响
倒是看过这个，不过不确定Gap准、和LUMO准有没有不同的结论
A:
这个没有确切的测试，就用gap算得好的方法
Q:
明白了，谢谢Sob~~刚才也在想如果测试的话该用什么数据去比对 or 优化参数
A:
占据轨道能量有实验值可以对比，但LUMO没有。
若能让占据轨道算得准，同时gap又算得准，则LUMO就能算得准
但是占据轨道算得准和gap算得准同时做到不容易，比如B3LYP通过调整参数可以让占据轨道能量更准，但gap可能计算精度会下降
Q:
可以找某种方法（B3LYP？）计算较准确地HOMO的能量，再用另外的Gap准确的方法计算LUMO-HOMO，加起来得到一个准确的LUMO？
A:
我认为可行
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2016.04.13 14:58:30
Q:
谢谢sob老师，写xqc是因为之前一直出现502错误加其他关键字一样报错，写nolinear是因为之前算出来的能量是震荡的，结果加上这些关键字之后就发现优化几十步之后就出现103错误了
A:
nolinear不会解决什么问题
怎么解决不收敛按我的博文里的做法
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2016.04.13 14:58:52
Q:
sob老师，麻烦问下，我利用NAO计算得到的两原子之间的占据数和利用Multiwfn分析AdNDP中对应原子之间形成的2c-2e的占据数应该相同？谢谢。
A:
两原子之间的占据数具体指什么？
NAO给不出这种信息来
Q:
[图片]
A:
这不叫NAO计算，这是NBO分析
Q:
是NBO
A:
这和AdNDP给出的2c-2e占据数会有一点差别，因为NBO之间是正交的，AdNDP轨道没这个特征
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2016.04.13 15:00:27
Q:
[图片]老师，这个问题怎么解决呢？
A:
列出关键词
Q:
[图片]
A:
积分格点没必要那么高
intrep、xqc去掉
Q:
我又两个要做CP校正的，总是scf不收敛
去老师的博客自己找
A:
先尝试别的方法解决收敛，qc总是最后再用
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2016.04.13 15:15:05
Q:
请问如果有很多个分子的体系BSSE如何计算？
A:
counterpoise=n关键词
Q:
您好，能给个链接吗？
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
----------------------------------------------------
2016.04.13 15:15:46
Q:
[图片]
sob老师，我把Si的晶体结构保存后，晶格基矢是这样的
[图片]
问别人说，这不是Si的四面构型
想问一个为什么
A:
你问他呗
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2016.04.13 15:17:29
Q:
[图片]sob老师，图片里面的分析，Multiwfn能分析得到吗？是不是要和NBO结果相互结合？
A:
AdNDP分析完导出.molden文件，再次载入，用轨道成分分析功能分析成分
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2016.04.13 15:18:27
Q:
[图片]老师，我按照片段组合波函数的帖子做了石墨烯团簇优化，现在想算这个团簇破缺，也就是去掉一个C原子，试问直接去掉后全优化，是否可行？@Sobereva
A:
可
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2016.04.13 15:18:27
Q:
请问，gauss基组是不是没法做有周期边界的MD啊?
A:
可以做
----------------------------------------------------
2016.04.13 15:31:49
Q:
老师 AdNDP方法适合研究两个双片的多中心键吗？
A:
什么叫两个双片？
Q:
类似于phenalenyl dimer 2e/12c
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.04.13 15:38:05
Q:
各位量化的前辈大家好！我最近用molpro进行casscf计算，我是一个菜鸟，想请教大家：我见说明书上有时候用态平均有时候不用态平均，那么什么时候该用什么时候不该用？如果要用态平均，怎么知道要算哪几个态的平均？
A:
同时算多个态，包括研究激发态的时候一般用态平均
----------------------------------------------------
2016.04.13 15:42:51
Q:
(7)改变默认的初猜方法，可使用比如guess=core、huckel（指的是扩展Huckel方法）、INDO（实指INDO、CNDO、Huckel的混合）等关键词。老师，这几个初猜那一个可以用来做CP校正？
A:
都可以
Q:
只要最后收敛就行，是吧？
A:
y
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2016.04.13 15:45:23
Q:
老师我说的那个HF是不是没有进过熵矫正呢
A:
是
Q:
我的文章审稿人问了一个问题，就是我没有考虑温度的问题
%chk=sf113
%mem=12GB
%nproc=12
#p b3lyp/6-311++g** scf(conver=7,maxcyc=200) scrf(pcm,read,solvent=toluene) temp=403.15 freq=noraman
计算溶剂化效应考虑温度的影响，可以写这样的密令吗？
去掉 scf(conver=7,maxcyc=200) scrf(read) freq=noraman
scf(conver=7)不知道你想干啥，maxcyc的批判见http://sobereva.com/61；freq=noraman垃圾关键词；scrf(read) 你都声明是甲苯了还read啥
如果你“计算的是溶剂中的能量”那么加temperature毫无用处
A:
freq本身就不适合用降低到conver=7的收敛限
写pcm也纯属多余，scrf已经默认了
----------------------------------------------------
2016.04.13 15:49:02
Q:
请问在VMD 里如果我想显示 1到56 号原子除了了 index 1 2 3 4 5 （56个编号全部写出）这样的方法外还有别的吗？
A:
index 1 to 56
----------------------------------------------------
2016.04.13 16:02:23
Q:
sob 老师，我把AdNDP的结果保存成molden格式，然后利用Multiwfn计算轨道的组成的到[图片]P轨道的是负值，说明什么？该如何处理？谢谢。
A:
Mulliken方法微小的负值可以忽略。这在群共享里《分子轨道成分的计算》有详述
你用SCPA方法就不会得到负值
----------------------------------------------------
2016.04.13 16:45:59
Q:
这个培训会能不能转战几个地方多开几次啊。
A:
待定
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2016.04.13 16:49:54
Q:
老师您好，请问下溶解性能用高斯气相下与其他物质的相互作用能的大小衡量吗
A:
可以，但还得考虑物质与自身的相互作用。溶解性能看的是与其它物质和自己相互作用能的差异
----------------------------------------------------
2016.04.13 16:51:26
Q:
[图片]
sob老师，这里有有些疑问：
方法一：这里不是应该直接# B3LYP/6-31G* TD(triplet)；0 1
第一激发能就是磷光发射能，为何还要优化T1结构？
方法二：第一激发能= E(# B3LYP/6-31G* opt; 0 3) - E(# B3LYP/6-31G* opt; 0 1)
我的理解错误出现在哪里？
[图片]
老师，我对这里有些疑问,我的理解是：
法一：T1的构型优化 # B3LYP/6-31G* TD(triplet) opt, 0 1,
第一激发态的激发能就是磷光发射能
法二：磷光发射能= E(# B3LYP/6-31G* opt, 0 3)- E(# B3LYP/6-31G* opt, 0 1)
我的理解错在哪？
A:
用TD优化T1速度慢，所以文中用的是DFT结合0 3
----------------------------------------------------
2016.04.13 16:55:59
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
上传输出文件，否则说不清楚
----------------------------------------------------
2016.04.13 16:59:16
Q:
请问高斯或者multiwfn能不能算和极化率有关的参数？
A:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率
http://sobereva.com/232
使用Multiwfn计算超极化率密度
http://sobereva.com/305
----------------------------------------------------
2016.04.13 17:00:08
Q:
老师，我想问您一下，我算的所有关于激光态的体系都是L914错误，而且也用您说的方法尝试了好多次，都是一样的错误，是不是这些体系的S1态算不出来啊？
[图片]
A:
都试过什么解决方法？
Q:
减小步长，还有增大Nstates,增加Maxcycle,换基组
老师，这样的错误有办法解决吗
A:
从来没说Maxcycle能解决问题
减小步长时候要同时用notrust
换泛函之前也说过
Q:
换成哪种泛函呢老师
A:
什么体系？原先用的哪个？
Q:
做的是P和C的体系，原来用B3LYP
关于磷和碳相互作用的激发态
A:
尝试M06-2X、PBE0
----------------------------------------------------
2016.04.13 17:31:39
Q:
绝热发射几何结构会发生变化么？
A:
会
----------------------------------------------------
2016.04.13 17:51:21
Q:
请问一下大家，Multiwfn功能18电子激发分析中计算出来的hole and electron overlap integral这一项是不是根据Manual中这个公式？
[图片]
A:
不是，是这个
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.13 18:08:56
Q:
请问下如果要确定自由基在某个原子上怎么在输入文件里限定？
A:
只能用CDFT
Q:
我去看看你的关于CDFT的帖子
sob老师我看了你的帖子请问下这个CDFT是不是不好在高斯中实现啊？
A:
只能在q-chem和nwchem中实现
----------------------------------------------------
2016.04.13 18:23:19
Q:
请教一下老师，用GAUSSIAN能直接计算团簇磁矩吗？看了很多帖子都是直接用自旋向上态与自旋向下态的电子占据数相减求得的磁矩. 这个方法严谨吗
A:
这是最简单的方法，一般可以，但只考虑了电子自旋磁矩部分，没考虑轨道磁矩
----------------------------------------------------
2016.04.13 20:57:25
Q:
GRIMME'S EMPIRICAL DISPERSION CORRECTION= F的意思是做D3校正还是不做，请教各位了
A:
F=False
Q:
那意思是没有做了！可是关键词里明明用了&dft DC=.T. &end
A:
比较下设不设DC的结果就知道了
Q:
老师，设不设都是GRIMME'S EMPIRICAL DISPERSION CORRECTION= F
A:
比较结果
Q:
&dftDC=.T. &end 和 &dft IDCVER=3 &end的结果一样
A:
算个最简单的体系的单点，从最终能量上进行比较
----------------------------------------------------
2016.04.13 21:03:59
Q:
各位量化前辈大家好：用Gaussian算uhf可以进行开壳层计算找到真正的基态，如果不行用opt=stable找到当前结构下的基态，只需两步计算。而molpro进行uhf计算，如果当前结构有对称性，调整occ每个不可约表示下的轨道数，以及open单电子轨道数也可以调，这样可以算出许许多多的能量，从中找到最低的为基态，感觉太麻烦，我这样的理解对不对，希望各位前辈给予指点。
A:
对
Q:
应该废除
A:
怎么叫废除？
高斯如果没有stable关键词，届时自己也得这么搞
如果是想借用高斯享受其stable关键词自动找基态波函数的便利，倒也可以如此
----------------------------------------------------
2016.04.13 21:12:03
Q:
大家好，我用6-311g*优化，收敛了。结果6-311+g*计算激发态，300多步不收敛，请问有什么办法？能加maxstep=10吗？
A:
弥散没必要加
Q:
可是从模拟出来的uv-vis 看，加弥散能准确10纳米，计算类似的参照分子
A:
你是算激发能时候带弥散还是优化时候带弥散？
弥散在算激发能时候足矣，优化时候根本不需要
Q:
优化没有弥散，激发有了
激发态计算是前面的计算不收敛，但是我不知道算得是什么，我假设激发态结构保持基态，
A:
6-311g*优化激发态不收敛？做法和解决激发态几何优化不收敛一样，可以减小步长上限
Q:
不是的，6-311g*优化基态，收敛了。激发态用6-311+g*,不收敛，可科以这样吗？#p td(nstates=10,50-50) cam-b3lyp/6-311+g* maxstep=10 scr(cpcm solvent=thf)
单点计算能收敛，但结构优化算了几步，就502报错
A:
maxstep是管几何优化的，你都不做几何优化，写它干嘛
Q:
那请问怎么让激发态计算收敛呢
A:
你先弄清楚到底是什么不收敛，是基态计算时候SCF不收敛还是随后TD计算时候davidson迭代不收敛
SCF不收敛看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
该如何用stable呢？
A:
stable不是解决这个的
Q:
Td在计算每个激发态前，有一个迭代，我不知道是啥，就是它不收敛
A:
说不清楚就直接上传输出文件
----------------------------------------------------
2016.04.13 22:11:55
Q:
老师，我在算Ni的S化物催化HER脱H2中。用B3LYP热力学一直不好，但是换成了B3P86，热力学就很有利。文献上相关的计算也是用B3P86。请问这两种差别有可能这么大吗
A:
一般不会有定性差异
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2016.04.14 00:39:34
Q:
Schaefer又提出了一个芳香性的判据
[图片]
量化芳香性的
A:
是你审的？
Q:
不客气[表情]我们最近刚做了一个小的五元环无机芳香性分子的电子结构能级表征
今天看到这个文章看看能不能试一下他们提出的方法
A:
芳香性指标如今已经多得过头了
实际上很多指标都是很“间接”地与芳香性相关，尽管确实相关，但并没有直接地触及物理本质
Q:
Sob应该提出一个自己的判据啊
A:
目前已被提出的已经足够了
只是为了提出而提出，其实不难，和芳香性强弱有相关性的性质或者进一步变换所衍生的量太多了，但如果并不比现有的指标更直接触及物理本质而且好用、普适，那就只是灌水了
比如芳香性会使键的特征均衡化，那么会体现在键长、键级、力常数、离域化指数、BCP性质等等等等一大堆和键有关的量上，对每种这样的量，都根据均衡程度来定义一个芳香性指数，那太多了。比如前几年有两个伊朗人用BCP的信息熵的均衡程度来定义芳香性，发在PCCP，其实我看就是属于很“间接”地衡量芳香性，根本没什么意思
Q:
那么关于芳香性的强弱不同大小的环，比如五元环和六元环用现有的那些指标直接进行对比有意义吗
A:
比这个大多数指标都不适用。非要比的话，环电流通量、ELF-pi应该能比
Q:
PCCP昨天好像也刚出了一篇纪念芳香性150年的编辑文章
如果是对于同样大小的环如都是五元环，那么对比它们的芳香性强弱很多指标应该适用吧？
A:
对
Q:
那么总得来说环电流和ELF-pi是普适性比较强的两个判据了
A:
对于组成环的原子数相同的情况，很普适的是NICS和多中心键级，我也建议先用这两个来分析。如果需要结合图形分析，推荐AICD环电流图和ELF-sigma/pi图。
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2016.04.14 01:25:06
Q:
什么情况下可以接受计算NICS时不加弥散基组？
A:
离分子较近的区域算NICS不用加弥散，离得远的时候应当加弥散
Q:
所以NICS_ZZ(1)应该都不需要弥散？？
A:
用3-zeta的话不用弥散也无妨
2-zeta的话还是带着弥散为好
Q:
假如是金属环状芳香化合物，要研究金属环的NICS，可以用LANL2TZ这样的赝式基组吗？
A:
可以
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2016.04.14 02:43:16
Q:
是不是新一代用windows的人都不知道甚至没听说过命令行了？最近天天给人截图说明啥叫命令行···
A:
没错
Q:
看样子没准过几年连exe都要过时了，程序必须得给做成app
[表情]
A:
后缀默认都隐藏了，以后的人都不知道exe是什么了
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2016.04.14 03:46:15
Q:
不睡的不一定是很晚了也可能因为时差[表情]
A:
然
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2016.04.14 13:23:47
Q:
请问Cu2+的自旋多重度是多少？
A:
2
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2016.04.14 13:23:47
Q:
大家好！我想用polyrate计算速率常数，但我对计算原理和软件的使用都不太了解，希望大家可以给我推荐一些帖子或者文章，谢谢！
Sob老师有一篇文章说这个的，你可以去思想家公社找一找
A:
原理可以看Reviews in Computational Chemistry, Volume 23的第3章，是truhlar写的TST很全面的介绍，也可以看J. Phys. Chem. 1996, 100, 12771-12800
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:24:41
Q:
跃迁态S0，S1，S2跟HOMO,LUMO有什么关系，怎么判断?
A:
算完激发态后，看轨道对激发产生的贡献，判断有无关系
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2016.04.14 13:39:06
Q:
老师，横向比较同一构型的不同自旋度的相互作用能，但是经过色散校正和CP校正之后，所有的相互作用能都是正的，是该增大基组重新优化计算还是如何？
[图片]
老师能解答一下我的问题吗？
A:
搞不懂你的意思
Q:
就是说，经过色散校正和CP校正后，相互作用能还是正的
A:
正的说明算得不对，或者体系间本身就是排斥的
Q:
可是几何构型还可以优化出来
我是该增大基组嘛？
A:
当前用的关键词列出来
Q:
#p B3LYP/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ counterpoise=2 guess=huckel
C H Cl的基组是6-311+G**
Mn 的基组是 LANL2TZ
A:
不用counterpoise，相互作用能也是正的？
Q:
是，经过色散校正的最后构型的能量减去片段的能量和，是正的
A:
优化用的什么级别？
Q:
也是这个水平
基组都没变
A:
优化最后一步的能量和你现在算相互作用能时整体能量一致否？
Q:
稍等，我对比一下
[图片]
[图片]
上一个是色散校正的能量，下一个是计算CP校正后的能量
A:
这样说不清楚。
你算单体能量的时候用的是复合物里的结构否？
Q:
不是，单独优化每一个片段，然后组合成复合物
再优化复合物的几何
A:
我是说，计算单体能量的时候，用它在复合物里的结构，此时肯定相互作用能为负
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:39:06
Q:
如何从.out 或.fchk 导出IRC中每一步的结构？（注意到似乎每步IRC对应于数次l502，不知道该提取哪一步；可以用GV等软件，也可以写脚本）
A:
可以参考这个
将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具
http://sobereva.com/285
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:39:06
Q:
老师，我用Multiwfn软件生成了一个有关氢迁移过渡态的电子密度图，电子在氢键两个原子那儿是聚集的，但是该氢键临界点的拉普拉斯电子密度值却是负值，这个数值在文章中能用吗？要是能用，在文章中该怎么解释一下呢。
A:
负值也是正常的，说明此时共价性略强。也可以作图考察，参见
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:39:06
Q:
请教各位：
高斯手册中推荐用SMD溶液模型做自由能计算，但是推荐的是气相优化，液相单点。
请问，用SMD优化几何结构的话，是否可靠？
也见过有人用CPCM优化几何结构。
那么，想要完成在溶液中优化几何结构，哪个溶液模型普遍被认为合理些，还是都可以用？
A:
SMD优化可靠，推荐使用
忘了CPCM吧，明明默认的方法更好，很多人非要用CPCM很莫名奇妙
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:39:06
Q:
请问，做并五苯dimer和单体的电子密度差来研究相互作用时，用哪种方法和基组来描述比较可信？
A:
只要已得到合理的结构，做密度差对计算级别要求很低，B3LYP/6-31G*就够，如果用MP2的密度更好。
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:39:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
意义不明
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:46:41
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
5月7日举办的第二届北京科音基础量子化学培训班报名人数上限现已过半，要报名的抓紧了，通知见群公告
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:56:28
Q:
，咨询下开会相关问题，方便吗？
A:
可以
Q:
发票开成会议费，得正规发票，盖贵公司财务章
A:
当然是盖财务章的正规发票
会议费可以
Q:
章上的名称需和我邮钱单位名称一致
A:
完全一致
北京科音是超级正规的公司
Q:
现在财务太严，差个字都报不了，两边都核实无误了，过两天由我校财务处给贵单位寄钱
A:
这是培训发票的例子
[图片]
Q:
培训费能否写成会议费？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.14 13:59:31
Q:
基础培训暑假有吗
A:
没有
----------------------------------------------------
2016.04.14 14:14:59
Q:
[图片]请问sob老师，图中sp杂化的指数23.38、0.05/49.01是如何得到的？谢谢。
A:
NBO分析，可以搜索3c-2e键，有这样的输出
Q:
是利用Multiwfn吗?
A:
NBO
Q:
NBO分析中，只有两个原子之间的轨道杂化情况。
没有三个原子之间的。
A:
用3cbond关键词可以搜索3个原子的
★☆ 你设成接下来要搜六中心然后再搜就完了，屏幕上有选项
----------------------------------------------------
2016.04.14 17:55:11
Q:
你好，我使用b3lyp/6-311+G*计算激发态时，碰到了不收敛的问题，本想不加弥散，但是在同体系计算中，加弥散计算的光谱要准确10个nm，所以又不想去年弥散。这个体系就剩下2个分子不收敛了，请问怎么办？
之前的被我删了，我只记得Convergence failure 但是已经迭代到600多步都不收敛，肯定是没戏了
#p cam-b3lyp/genecp TD=(NStates=25,50-50) int=ultrafine pop=full scrf=(cpcm,solvent=thf) geom=connectivity nosymm scf=maxcycle=800 test
怎么改？
因为我想做密度差，所以加了nosymm，结构中有配合物，不加connectivity总是报错
A:
你这就是老生常谈的SCF不收敛，解决方法见此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
所以迭代次数上限设到800完全就是白白白白浪费时间，所以我在文中强烈批判这种做法
先把scf=novaracc加上看能否收敛
----------------------------------------------------
2016.04.14 17:55:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
★☆ Multiwfn可以。比如计算sigma键级的时候你先在主功能6的选项26里把pi轨道占据数都设为0，再照常计算键级就是sigma键级了。
----------------------------------------------------
2016.04.14 17:57:50
Q:
请问NBO计算中，3Cn, Lv
是什么意思呀
[图片]
[图片]
[图片]，NBO 6 计算得出的结果，请问 3Cn和Lv是表示什么轨道? 请指教，谢谢
A:
　ミン是指energy-sorted lone vacant orbitals
3Cn是3中心non-lewis轨道，有一定离域特征
NBO6手册里有说明
----------------------------------------------------
2016.04.14 20:54:24
Q:
量化培训我很感兴趣但参加不了有视频记录出售吗？
那有视频授课吗？
一年几次啊
参加的话有教材么
卖不？
要是八月份就好了
化学动力学？
A:
一年一次或两次。
没有视频录像
讲义不公开出售
Q:
唉我这俩月太忙不然想去听下
听这个培训需要啥基础？
我是机械专业的
太好了我就是零基础
A:
学过普通化学原理、结构化学即可
Q:
量子力学难道没有要求？
A:
没要求
培训班里本身就会简略讲一下量子力学的概要
----------------------------------------------------
2016.04.14 20:56:26
Q:
请教大家一个问题，我在gromacs中采用伞状算法计算自由能，从一个表面活性剂胶束上拉出一个小分子，拉伸方向为z方向，但发现该分子在x，y方向分会自由移动，请问是不是需要在这两个方向上进行约束啊，如果需要需要怎样设置啊，谢谢
A:
不用去约束，x,y方向上自发有一些运动是正常的
Q:
奥，是这样的啊，我对胶束的位置进行了约束，是不是也是多余的啊
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.04.14 20:56:26
Q:
[图片]
请问，这个公式能不能解读为，在非平衡的结构（没有优化）-V/T不等于2
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.04.14 20:59:43
Q:
徐光宪那本从头计算需要搞定么
绝对不要看
A:
害了初学者
Q:
怎么说呢？
A:
对于初学者，令初学者对量子化学产生憎恶感外几乎没有一丝帮助
Q:
大神给推荐一本？
A:
没有哪一本能完全给初学者推荐的（或者说一本就够用的书），除了我以后自己写的书
Q:
你的书在哪啊我买
A:
没出呢
我写的书将会和培训班起到互补作用
Q:
赖文那本还可以吧？
A:
不过levine那书前一半也太冗长了，虽然很基础、系统
Q:
赖文的翻译的怎么样啊有的国外好书翻译完就没法看了
A:
levine的翻译版都是80年代的，内容完全过时，毫无用处
Q:
有类似的但绝对相同的目前没有
那您老给推荐一本啊？
A:
看第七版英文的
第六版影印的也行
Q:
影音的也是英文的么？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.04.14 21:09:42
Q:
我最近做高斯计算时总是出错，有谁能推荐基本的解决这问题的方面的资料。谢谢
A:
高斯常见的出错怎么解决，解决的原理是什么，在培训班里都会讲
----------------------------------------------------
2016.04.14 21:10:18
Q:
向各位大神求教一个困惑我三十年的问题。做火焰等离子计算量化够么？
A:
你先找找相关的现成的文章，看到底需要算什么具体的东西
----------------------------------------------------
2016.04.14 21:21:28
Q:
各位老师我问一下高斯有几种购买方式还有按照核数购买的方式？
不是只有按照单位和单个个人的方式么
A:
看买的是并行还是串行、操作系统、site license还是group license，官网上有详细的报价表
----------------------------------------------------
2016.04.14 21:23:28
Q:
如果CNT被氢封端了，三重态最稳定，是不是就在CP校正中CNT设为三重态？
A:
你先甭管CP校正。
不用CP校正，只要计算级别合适，起码结果正负号也不会错
----------------------------------------------------
2016.04.14 21:25:12
Q:
sob老师咱们群里的高斯09 D01的安装文件是Linux版本么
A:
windows
Q:
有Linux版本么？我想安装一下Linux版本的
A:
论坛里有
Q:
好的我去下载一个不是那种免安装的吧我需要按照手册正规安装一下
A:
linux下科研类程序没有免不免安装这说
----------------------------------------------------
2016.04.14 22:10:03
Q:
你好，请问给位老师，想用Koopman定理模拟光电子能谱用再怎么做
是不是各轨道的能量加上实验第一个VDE值？
还需要什么数据？
A:
就相当于DOS图，即轨道能量近似作为电离能
两家没有直接关系
Q:
sob老师，Koopman定理模拟光电子能谱具体该怎么模拟呢
我是不会做dos谱
哦，没有做过dos谱，请问该怎么做呢，用什么程序呢，高斯可以吗？
A:
做DOS图的过程看Multiwfn手册4.10节的例子
----------------------------------------------------
2016.04.14 22:31:24
Q:
[图片]请问判断决速步骤，3TScyc是相对3P-2红线还是相对3Ccyc的黄线啊
A:
3P-2和3Ccyc之间的TS哪去了？
Q:
他两之间不可能有过度态的，3p2是带双键的直链，而后双键再次插入成环的3Ccyc
A:
既然你能优化出来这两个极小点，说明二者之间必须有过渡态！
3TScyc前一个极小点是3Ccyc，当然是相对于3Ccyc
Q:
是基元反应
A:
像这种energy profile图一看就是错的
除非3Ccyc状态只是IRC当中一个区间而不是极小点
Q:
[图片]
二则间好像应该不会有过度态吧，老师
A:
3Ccyc到底是什么？极小点乎？
Q:
是的
A:
那必然有TS，只不过你没找到罢了
----------------------------------------------------
2016.04.14 22:41:39
Q:
消费类的显卡内存不具备校验机制，容易错位导致误差。
----跑MD，会不会导致严重的后果？
A:
不至于，我GTX770跑MD一直好好的
----------------------------------------------------
2016.04.14 23:25:17
Q:
老师为什么做I的变形密度是这样的呢 [图片]
而不是这样的[图片]
是不是跟选的计算碘的算法放在atomwfn里面的有关系啊
A:
有关
也可能你正负等值线的设定不一样
----------------------------------------------------
2016.04.14 23:25:43
Q:
去培训要带电脑吗
基础班
A:
建议带
----------------------------------------------------
2016.04.14 23:30:38
Q:
sob 高斯用TDDFT计算激发态的anharmonic frequency 用什么命令？
分析二阶导数不能用
A:
TDDFT没戏
[图片]
Q:
VSCF给出的 KJ/MOL KJ/MOL KJ/MOL J/MOL-K J/MOL-K J/MOL-K
ELEC. 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
TRANS. 3.718 6.197 -46.812 12.472 20.786 177.795
ROT. 2.479 2.479 -20.263 8.314 8.314 76.278
VIB. 2.581 2.581 -0.813 7.978 7.978 11.383
TOTAL 8.778 11.257 -67.889 28.764 37.078 265.456
VIB. THERMAL CORRECTION E(T)-E(0) = H(T)-H(0) = 1706.269 J/MOL
那个是振动能？
[图片]
A:
VIB.
----------------------------------------------------
2016.04.15 01:27:11
Q:
请问哪里还能找到Sobereva老师写的关于multiwfn分析DOS或PDOS的帖子？我想要学习一下
都睡了么？
A:
没写过DOS相关的帖子，绘制例子在Multiwfn手册4.10节，原理介绍在3.12节
Q:
谢谢老师
----------------------------------------------------
2016.04.15 01:27:11
Q:
[图片]请问Sobereva老师，这个Shell序号怎么和电子配置联系起来呢？
A:
了解基组的特征就自然明白了
Q:
[图片]我把它和高斯输出文件对比也没看明白
A:
什么基组？
Q:
lanl2dz
A:
显然shell 1对应的5s，shell 2和3对应的6s（价层二分裂）
Q:
Sobereva老师，我可不可以这样理解：shell 1-3 对应Au的s电子亚层；shell 4-5 对应Au的p电子亚层; shell 6-8 对应Au的d电子亚层?
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.15 03:45:13
Q:
[图片]Sobereva老师，为什么我计算的团簇总磁矩为1，而态密度图自旋向上和自旋向下却是对称的呢？
A:
什么体系？关键词怎么写的？
Q:
[图片]
这是高斯输入文件
A:
然后怎么做的DOS图？
Q:
刚才搞错了，这个才是输入文件
[图片]
用Multiwfn_3.3.8_bin_Win作的DOS图
A:
具体操作流程
Multiwfn里输入的命令贴出来
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
A:
你看看alpha和beta轨道能量差，如果相差不大，即自旋极化程度低，此时做出来的图从图形上不好看出差异来。除非你把alpha和beta曲线都放在图的一边，这样才能观察到一点差异
Q:
向上和向下得到的图是一样的，导出来的数据再用Origin作的图就是一样的
[图片]
向上[图片]
向下[图片]
[图片]
A:
曲线可见还是存在差异的，比如这地方：
[图片][图片]
肉眼不好识别罢了
Q:
[图片]请问Sobereva老师，我是想用Multiwfn_3.3.8_bin_Win做出文献里面的这种态密度图，但是我做的图都是上下对称的，会不会是其中Fermi level was shifted to zero这点我不太懂的原因呢？
A:
是体系的问题。
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:18:39
Q:
A:
是电子积分文件
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:18:39
Q:
这个NWChem什么样的机子可以使用啊？我有个24核的服务器能安装么
我在看主页，我的服务器是两颗Intel Xeon E5-2670v3(2.3GHz/12c)/9.6GT/30ML3/2133
内存 64G DDR4 ECCREG
600G SAS 硬盘 15Krpm
A:
够
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:18:39
Q:
是不是说C3H6O3和C3H7H4这两个用QCISD/cc-pVQZ算不动？
也就是说想用QCISD/CBS校正能量，但是（E1）公式里面的cc-pVQZQZ太大，算不动C3H6O3和C3H7H4这两个分子，所以C3H6O3和C3H7H4这两个分子就用了（E2）这种方法？
A:
不要把QCISD(T)写成QCISD，这俩精度差得远。如今不建议用QCISD(T)而建议用CCSD(T)，计算量基本相同，后者更稳健。文中是说直接在QCISD(T)下做CBS外推涉及到QZ算不动，所以用近似方法，借用MP2的外推效果
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:18:39
Q:
请问一下[图片]要把颜色设置成宝蓝色应该输入多少呢？这个具体颜色设置对应的数值哪里有呢
A:
就是red green blue三种颜色的分量，从0~1。显然纯蓝是0,0,1
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:18:39
Q:
一般是够了吧
b3lyp/6-311++g(d,p) 算freq太慢，可能的改进是？有分子间相互作用。
基组这么大：
2352 basis functions, 3672 primitive gaussians, 2436 cartesian basis functions
改成 6-31++G(d,p)还是很大。
试了一下 6-31+G(d)和6-311g(d)差不多大，后者是：
1728 basis functions, 3048 primitive gaussians, 1812 cartesian basis functions 感觉还是算不动啊
嗯。感觉只能是6-31G(d)了
6-31G(d) opt + freq ，然后 6-311++G(d,p)优化。这样是不是比较合理？
A:
B3LYP-D3/6-311G** opt freq就够了（注意用零阻尼）。弥散不用加，而且会造成耗时激增（注意6-31+G*的耗时是要高于6-311G*的，因为弥散函数在积分计算时不容易被忽略掉），对于频率分析也没什么太大意义。3-zeta结合色散校正足矣表现分子间相互作用
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:23:40
Q:
请问各位老师，计算TS的时候，能量曲线图震荡[图片]，这个问题该怎么解决呢？加什么关键词呢？先谢过各位老师
我的输入文件关键词是#p opt=(calcall,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) int=ultrafine
A:
如果结构变化趋势合理，减小步长上限
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:23:40
Q:
想咨询一下各位老师，用Gaussian做BSSE校正，最后输出结果如下：
Counterpoise corrected energy = -152.799177601927
BSSE energy = 0.001391814576
sum of monomers = -152.789924446544
complexation energy = -6.68 kcal/mole (raw)
complexation energy = -5.81 kcal/mole (corrected)
复合物的结合能是不是应该选用最后一项？
谢谢老师！@娃娃-首席卖萌官
A:
是
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:23:40
Q:
老师，昨天我想了一个晚上，是不是我的过渡金属使用赝势，没加极化和弥散？
是
A:
跟这没关系。Lanl2TZ够用
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2016.04.15 13:23:40
Q:
[图片]请问下大家这个是什么类的错误啊应该怎么解决好？
103错误根据提示应该为内坐标出问题，解决办法是加关键词opt(cartesian) 或者 OPT=modredun calculation 网上这么说的不知道对不对
意思是我的初始结构可能有问题不太合理吧
多谢您
A:
opt=cartesian
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2016.04.15 13:23:40
Q:
请问一下做变形密度图的时候怎么设定正负等值线谢谢
A:
一般用默认的就行了，实线为正。也可以自行把正值部分设红色，负值设蓝色来区分得更清楚
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2016.04.15 13:23:40
Q:
老师好，我在用GaussView进行surfaces and Contours的时候，选中这个界面[图片]，然后就会显示停止工作[图片]，请问这种情况我应该怎样解决呢？
谢谢您，我正在尝试
好的
A:
对于看轨道，看此文
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:23:40
Q:
请教大家一个问题：有一个气态分子，它结构有多种，我想通过计算它的能量值来确定谁更稳定。其实，我最终想研究的是这个分子的分解，我是选择它最稳定的结构还是最不稳定结构？
A:
不懂你的意思。结构有多种，哪个结构更稳定就看哪个结构能量最低就完了。
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2016.04.15 13:24:38
Q:
[图片]
A:
用IOp自行修改泛函定义的时候，opt和freq要人为分开单独计算，否则IOp设定传不到freq那一步去
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:27:17
Q:
sob 老师在吗？
[图片]
[图片]
然后我做的图是这样的[图片]
求解释
帖子跟我的这个方法一样，就是sob老师帖子上的
A:
大抵isovalue设定之类的问题。你再仔细严格地一步步操作一遍
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:27:17
Q:
[图片]各位老师，在Gaussian下优化破缺的石墨烯，发现边缘的C连接两个双键和一个H，我知道这好像是GV读输出信息的问题，但是我把这个图粘贴到文章会不会不妥？你们遇到类似GV读键不恰当时怎么解决？ @冰释之川
用VMD是不是不会出现类似显示不恰当键的情况？
A:
VMD也可能出现键判断不合理的情况，凡是基于距离阈值判断的程序都有可能有这个问题，届时自行连接或者用dynamic bond风格显示就行
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:27:17
Q:
请教一个问题：优化得到结构和计算结构单点能两个任务可以选择不同的方法吧？比如优化时用oniom+B3LYP,计算能量时不分层+m062x 这样合理吗？
A:
原则上可以
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:28:08
Q:
sob 老师我用系统默认的 Br就可以做的比较明显但是换成I的话就变成[图片]
A:
这也没什么异常。反正注意体系计算的时候和产生I的原子波函数文件的时候级别一定要对应，如果能用全电子基组会更好
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:28:36
Q:
7号报名还是上课
A:
显然是7号上课，报名5月4号截止。
目前已经有70多人报名
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:30:46
Q:
请问老师，有没有FCHT相关的example （输入文件）？我老是高错
A:
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
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2016.04.15 13:30:46
Q:
各位前辈：
大家好！能问一下：旋轨耦合常数spin orbit coupling constant的定义是什么？有没有相应的参看文献？
A:
旋轨耦合造成的能量裂分
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:30:46
Q:
高斯结果中能量单位是a.u还是hartree？
哦哦谢啦
A:
a.u.是原子单位制，对于能量具体是指hartree
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:30:46
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
既然跑起来没崩，蛋白没经过优化也没关系
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:30:46
Q:
高斯结果中能量单位是a.u还是hartree？
A:
a.u.是原子单位制，对于能量具体是指hartree
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:31:06
Q:
请问老师，如何批量替换文件中，个别字符串？
A:
这里涉及到可参考
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:50:33
Q:
sob老师，帮我看看那个IRC计算吧，谢谢
A:
看见MAXCYC就想吐
加大步长
Q:
maxcyc没起着作用吧
A:
没起作用也不许加
万一“起作用”了，就把你害了，白费了时间还不收敛
Q:
您说这个还会费时间呀
A:
当然啊
默认步数不收敛，你继续算多少步都依然几乎一定还是不收敛，可不白费时间
Q:
哦，明白您的意思了
A:
专门很批maxcyc
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.04.15 13:53:02
Q:
老师，VASP计算考虑相对论效应和自旋耦合么？
A:
能
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:55:53
Q:
老师，我用Def2-TZVPD重新优化，看看行不行，加入弥散和极化，会不会有所改善
A:
虽然你可以试，但是用这基组耗时会增加甚巨
Q:
如果不用CP校正，这种基组可以半定量描述相互作用能吗？
我把过渡金属用的这个基组，其他的还是6-311+G**
A:
对精度要求不很高时，6-311+G**已经够了
Q:
过渡金属打算用Def2-TZVPD，其他的不变，没问题吧？
A:
y
Q:
过渡金属用Def2-TZVPD，其他用6-311+G**
A:
估计不会改变你原来的趋势
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:55:53
Q:
老师，我用Def2-TZVPD重新优化，看看行不行，加入弥散和极化，会不会有所改善
A:
虽然你可以试，但是用这基组耗时会增加甚巨
Q:
如果不用CP校正，这种基组可以半定量描述相互作用能吗？
我把过渡金属用的这个基组，其他的还是6-311+G**
A:
对精度要求不很高时，6-311+G**已经够了
Q:
过渡金属打算用Def2-TZVPD，其他的不变，没问题吧？
A:
y
Q:
过渡金属用Def2-TZVPD，其他用6-311+G**
A:
估计不会改变你原来的趋势
Q:
我先试试，如果还是出现AB-A-B为正，需要CP校正的时候，再来麻烦老师吧
A:
要么找过渡态时用calcall
Q:
老师，如果所有的原子都用Def2-TZVPD，有没有可能改善？
A:
应该不会
----------------------------------------------------
2016.04.15 13:56:09
Q:
老师，您对disk aromaticity盘状芳香性的概念您怎么看？@Sobereva
A:
没怎么关注这概念
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:01:50
Q:
sob，你好，我把步长设为stepsize=15，还是都走向一边了
A:
设30
要么找过渡态时用calcall
Q:
我刚试了试，步长30就可以朝两边走
老师，如果所有的原子都用Def2-TZVPD，有没有可能改善？
A:
应该不会
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:10:56
Q:
sob老师，这次培训内容有没有关于molpro的使用、激发态的计算方面的内容？
A:
培训里讲激发态会讲得很充分详细，提供大量例子，但不会涉及molpro，那个到以后高级班再说
基础量化班激发态计算以TDDFT为主，ZINDO、EOM-CC等为辅
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:13:22
Q:
[图片]老师请问下，元素超过了这些应用范围，基组应该怎么弄啊，比如说Au
A:
用赝势基组
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:15:59
Q:
用IRCsplit产生的文件有几个和IRC文件编号对不上
这是什么原因？
A:
没遇见过，可以尝试自行调试代码
Q:
[图片]
请问这种图中表示一个范围的数，例如[图片]，怎么画在origin做的图中
编号顺序是对的，但是跳过了两个点
[表情]
A:
那你从输出文件中看看那两个点对应的输出信息和其它点有无异常
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:37:51
Q:
暑假有没有培训，只有暑假才有空参加
A:
暑假没有基础量化班
但可能有gromacs班
Q:
这次是从最基本的讲起？
A:
y
gmx不分基础和高级班
Q:
我没有基础，只是想利用计算来佐证我做的东西，从计算化学方面来评价其原理
是不是这个班比较合适？
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:48:10
Q:
请问老师，用multiwfn做电荷分析，计算得到的传输电荷，正电荷和负电荷数值差别很大，比如：（正）2.998，（负）-3.870。通过增大number of point 也不能改善。这样的数据能用吗？
A:
把格点的延展距离加大再试
免得计算的盒子没有把密度差主要分布区域框住
Q:
，我也尝试了，改变不大。能不能把正负电荷同时列上去，讨论呢
A:
同时列上去肯定被质疑
只要盒子够大，格点间距足够小，肯定正负区域积分数值能抵消
----------------------------------------------------
2016.04.15 14:50:40
Q:
动力学班又推迟了？
A:
时间本来就没完全确定，只能说今年内肯定能办
好事多磨，培训质量优先，不会仓促去办的
----------------------------------------------------
2016.04.15 16:10:36
Q:
我想问一下为什么fchk文件掉不出来cube？
A:
cube文件是算出来的
Multiwfn、cubegen都可以基于fchk算出来记录指定实空间函数的cube文件
不懂什么是cube文件看这个
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
----------------------------------------------------
2016.04.15 16:13:20
Q:
我这个体系共200个分子，每个分子含有约50个原子，我想找到这个体系的能量最小状态，我用的是模拟退火算法，可是我觉得我没有找到它的最小点，因为按照这个找到的状态去计算我需要的性质，与实验值差一个数量级
A:
反复多跑几遍模拟退火，而且尝试不同设置，这种大体系想找最小点结构并非易事
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:09:14
Q:
[图片]请问，新增GAUSS_EXEDIR环境变量是加在系统变量下还是用户变量下？[图片]
A:
都行
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:19:09
Q:
[图片]请问我高斯绘制出来的HOMO轨道中，绿色怎么连在一起啦呢（HOMO和LUMO值与文献中一致），这个是文献中[图片]，为什么分子轨道不一样？
A:
把等值面数值增大点
另外必须计算级别严格一致
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:29:23
Q:
[图片]
小木虫的首页都是什么鬼。。。
A:
净是乱七八糟的东西
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:29:30
Q:
请问高斯里的变量可以这样定义吗r4=0.5*r3
A:
不可以
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:42:30
Q:
[图片]
请问这个计算正常吗？
默认的内存设置
A:
正常
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:43:20
Q:
网站首页下方的时间没有改正。 The 2st Beijing Kein Basic Quantum Chemistry Workshop (May 9-13, 2016)
A:
已改，谢谢提醒
----------------------------------------------------
2016.04.15 17:49:01
Q:
为什么GGA算不准确O2的键能
A:
本身GGA算键能之类热力学量就明显不如杂化泛函
----------------------------------------------------
2016.04.15 18:17:21
Q:
请问老师： effective barrier height有效势垒高度是ZPE+E（ele） classical barrier height 势垒高度是E（ele）吗？
A:
这样的词指代不很清楚，看具体用在什么地方
Q:
意思是主要看作者是怎么定义的是吗？
A:
恩，或者看是用在哪个公式里，一下子就知道具体对应什么了
Q:
说是用在变分过渡态的
有效势垒高度，是用在变分过渡态理论的
A:
那个一般牵扯到的是自由能垒
（如果是用热力学形式的公式的话）
----------------------------------------------------
2016.04.15 20:14:53
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可以，对
分子体系就用B3LYP就行
----------------------------------------------------
2016.04.15 20:45:01
Q:
请教老师，在Multiwfn中进行轨道组成成分分析，计算片段1和片段2的交叉项时。已经定义好了片段1和2，使用Mulliken方法计算的时候，还是只计算了片段1的，是什么原因啊？[表情]
A:
你得选4 Print frag. 1 & inter-fragment compositions in all orbitals (Mulliken)
Q:
老师，我选了的，就是设完片段以后，直接选4开始算但是算出来的是只有片段1的。我看手册上4.8.1是可以输出两个的交叉项的
[图片]
我是完全按这个步骤来的
A:
明明有啊
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.15 21:40:51
Q:
指定output=wfn，算完，不知wfn文件跑哪里去了。
A:
末尾写清楚输出路径
Q:
output=./wfn ?
用这个？
output=./name.wfn
A:
坐标末尾空一行写比如/home/sob/ltwd.wfn
Q:
文件的末尾是 [图片]
算不算正常结束？
A:
不算
----------------------------------------------------
2016.04.15 22:18:15
A:
有个脑残要加入
反复说让他注明研究方向，就是不注明，直接永久拒绝了
[图片]
不注明研究方向谁知道是不是闲人跑来发广告的
最后一次拒绝理由就一句话：闲人勿入！
Q:
拒了好，省的看着心烦啊...
[表情]
群主威武
有点没素质吧，那个人
A:
9成几率是非科研人员发广告的，研究方向说不出来；1成几率是科研流氓
----------------------------------------------------
2016.04.15 22:27:23
Q:
这次举办两波么？
培训，请问
A:
不
Q:
我们实验室人多，老师不让一波一起去
说影响不好
所以有一部分人就不能去了。。。。
A:
那就等下一次吧
Q:
一年几次？
。。。。。。科研一共几年啊，真是太可惜了
A:
不一定。基础量化每年一两次
下半年有可能还有一次
Q:
人多的话一个实验室就不让都去
是不是慢慢地帅志刚，刘文剑的学生也会来老师这里培训[表情]
哦哦，那只能期待了
A:
清华和北大都有参加的，但估计不是他们俩的组员
Q:
帅老师
主要是以高斯为基础吧
A:
理论介绍+计算经验技巧+高斯计算演示和练习
也会涉及点其它程序，包括Multiwfn、MOPAC、kisthelp
Q:
会不会讲收敛秘笈呀？
过渡态初猜秘笈，oniom优化收敛秘笈。。。
A:
会
----------------------------------------------------
2016.04.15 23:57:22
Q:
Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods》第三版有了？
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.04.16 13:26:01
Q:
[图片]
老师，这个问题应该怎么解决呢？
A:
不是报错提示。不过很有可能遇到收敛困难，已经迭代了几十次了。所以要加上#P免得蒙在鼓里
----------------------------------------------------
2016.04.16 13:26:01
Q:
用GV做静电势图时，打开fchk文件，Surface and Contours里Cube Action的new cube选项为啥是灰的，不能选？
A:
你得确保机子上装了高斯
----------------------------------------------------
2016.04.16 13:32:24
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
那是预期不对，或者分析方式不对。
----------------------------------------------------
2016.04.16 13:32:24
Q:
[图片]老师，第80圈自洽场仍为收敛，是不是需要杀掉，修改关键词？
一直在震荡，我只是截了最近的几圈
之前的一直在-6次方左右
A:
看看收敛趋势，如果一直是最后几位震荡，收敛的希望不大
Q:
没错，一直在震荡，过了60圈后震荡的趋势开始显现
优化几何
我加了guess=huckelSCF=NoVarAcc
我怕个点密度加了，和别的对比就没有可比性了
A:
没必要用huckel
ultrafine可以试，如果收敛了，再用默认格点读其收敛的波函数
----------------------------------------------------
2016.04.16 13:39:45
Q:
sob老师，我想算振动分辨的电子光谱，在算激发态的时候出现了虚频，我加了opt=calcfc ，总是报错，作业直接掉下来，这是怎么回事啊？
A:
看出错提示，甭看现象
Q:
是不能用这种计算方法吗？我不是很懂
那激发态频率怎么得到的？之前没加opt=calcfc，可以计算出频率，但是有一个虚频
请大神教教我，我初学，不太明白
那我应该怎么做？
才能去掉虚频，得到激发态频率？
第一个振动模式出现虚频，挺大的
只能换计算方法了？
gaussian现在TD不能解析频率，还是等大版本更新吧
好吧，谢谢老师[表情]
A:
你先按照虚频模式移动一点结构，之后重新优化的时候用GDIIS、小步长上限看能否解决。
不得已不用calcfc，TDDFT数值Hessian死慢。
本群不要用“好吧”开头，详见群共享群规
Q:
gaussian现在TD不能解析频率，还是等大版本更新吧
A:
如果迫不得已，TDDFT必须用calcfc，你先做一次freq，然后readfc来读取freq任务产生的Hessian
----------------------------------------------------
2016.04.16 13:55:51
Q:
请问昨天群里讨论的Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods这本书的第三版除了墨灵格还有哪里能买到啊搜索了下亚马逊并没有撒
额，就是除了这种代理商...代理商那里可以直接买书么如果不参加培训的话。我看他们都是参加培训培训里面带书
A:
amazon上是有的
Q:
450.两顿馆子了..
额那我再仔细找找，我刚才没看到啊谢谢sob 谢谢叮当校沟
sob我还是并没有找到啊能不能给个传送门麻烦你啦~
[图片]amozon并没有第三版啊...sob
A:
[图片]
之前有货
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2016.04.16 13:56:19
Q:
老师，一个多步反应，在计算速率常数的时候是算个总的速率常数，还是要分步算？例如我下面这个反应
[图片]
A:
分步
Q:
那对于这个反应要算两个速率常数吧，第二步应该是决速步吧？算第二步反应的速率常数用的能垒是15.72-5.71=10，而不用15.72吧？
A:
第二步是决速步，你用它的速率常数近似作为整个反应速率常数
Q:
好的，能垒是用TS2减中间体吧？那TS2减反应物这个能量通常有什么意义呢？比如，一个一步反应的能垒是15kcal/mol,而一个两步反应，每步的能垒都小于15，但能量最高的过渡态与反应物的差却大于15kcal/mol,那这两个反应如何比较难易呢？请老师指教
[图片]
你说的是这个吗？好像还不太一样，等Sob老师解答......
A:
你当前情况直接减反应物，作为总能垒，可以
Q:
那一般什么情况适合算分步速率常数呢？
A:
想详细讨论不同基元过程，或者按照刚才的图，整条路径能够划分为多个stage时
Q:
如果是中间体能量高于反应物能量，这种情况是不是就适合算一个总的速率常数？
A:
不是。
Q:
总速率常数肯定是最小的，是不是决速步与它相差不大时，算哪个都行；而相差大时，分步考察更合理些，因为这时总速率常数太小，高估了反应的难度，这样理解对吗？
A:
你按照前面别人发的我的那个培训班幻灯片里的方式划分stage，你当前反应路径就一个stage，所以就用最高点减去起始点就完了，作为势垒计算整个的k。除非你想单独了解每一个基元反应的k
如果整个路径中出现中间体低于反应物的，那么就有多个stage，每个stage各算一次k，把k最小的当整个反应的k
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2016.04.16 14:01:41
Q:
老师，请问考察体系中某个官能团的给电子/吸电子作用，当我计算出了HOMO以及LUMO时，是看HOMO的π电子分布吗？
A:
看着没用，直接算官能团的pi布居数变化就行了
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2016.04.16 14:40:58
Q:
请教大神，三重态LUMO分布应该选择哪一个[图片]
[图片]
A:
alpha和beta各有各的LUMO
Q:
左边图的吗？
那么什么时候看右边呢
A:
不是。
当前情况都看
Q:
那我要看当前分子的LUMO能级应该选取128、127、126哪一个轨道呢
A:
Sobereva(190258442) 14:40:58
alpha和beta各有各的LUMO
Sobereva(190258442) 14:43:14
当前情况都看
Q:
但是我需要得到具体的电子云分布，对比两个分子进行分析
A:
什么电子云？
一个分子一个LUMO，这是对闭壳层分子而言的
你这是开壳层体系
Q:
这些术语完全不理解啊[表情][表情]
A:
PS：培训班里都会讲
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2016.04.16 14:57:16
Q:
通俗理解开壳层就是自旋多重度为一，两种电子都配对了[表情]
A:
大错特错
Q:
[表情]老师
反了
我弄反了[表情]
那是闭壳层的，老师您觉得那样简单理解行吗[表情]
A:
只需要“两种电子都配对”这一个条件
单重态不意味着一定配对，诸如双自由基
Q:
嗯嗯，，，[表情]谢谢sob老师
sob老师，，，自由基建模的时候一般怎么操作呢，比如在dmol3或者guassian上氢氧自由基，氧自由基建模
A:
没任何特殊性，结构和实际基本一致，设好电荷和自旋多重度就完了
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2016.04.16 15:05:52
Q:
那如果是收敛困难的话，这样的结果就不能做出静电势图吗？
A:
什么收敛困难？
完全没有直接联系
Q:
比如我计算一个水分子做例子，new cube也是灰色的，我的高斯是linux版的，GV在Windows下
A:
gv必须调用高斯的cubegen才能计算静电势给出静电势图。你windows机子里在安装gv前没装高斯，就注定没法在gv里做静电势图
Q:
哦那还得在windows下装高斯吗？
A:
显然
Q:
能之间用multiwfn做吗？
直接
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
需要同时结合VMD
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2016.04.16 15:27:47
Q:
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
老师这个优化错误是为啥
A:
不是错误，不用管
Q:
那我最后的结果是不对的
[图片]
A:
对
Q:
打开是有这个错误提示的
[图片]
A:
跟那个提示一点关系也没有
没算完着什么急
Q:
恩、
已经结束了
没有程序了
A:
那是程序bug或者运行环境问题
Q:
那该怎么改
A:
用更新的高斯版本
原因一大把
没具体情况没法说
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2016.04.16 17:08:20
Q:
sob老师，求矩阵的最小特征值有什么好的算法
A:
Lanczos、davidson
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