标题: 根据质心距离统计分子数的VMD脚本请教 [打印本页] 作者Author: liu129313 时间: 2022-7-3 18:35 标题: 根据质心距离统计分子数的VMD脚本请教 各位老师同学好，我以前参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班，在sob老师的教材上看到这个脚本，这个脚本统计的是距离水分子2.5埃以内的乙醇分子数。判据是乙醇与水任意一对原子间小于这个距离就算。如果我想把判据改为两个分子质心之间的距离小于2.5埃就算，那么这个脚本应该怎么改呢？
set myfile [open contact.txt w]
set sel [atomselect top "resname MOL and same
resid as within 2.5 of resname SOL"]
for {set i 0} {$i<=1000} {incr i 1} {
$sel frame $i
$sel update
puts $myfile "[expr [$sel num]/9]"
}
close $myfile