公社群聊Q&A整理：2016.04.14 15 ~ 2016.04.19 02 Concate - 计算化学公社

2016.04.14 14:19:35
Q:
发票是机打的，品名下将培训费改为会议费，机打的非手写，可以吗？
妥了，谢谢
还得麻烦您，改成会务费才能报，应该可以吧？
A:
可以开会务费
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2016.04.14 14:33:12
Q:
ITN=185 MaxIt=200 E= -231.2651639361 DE=-2.78D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=186 MaxIt=200 E= -231.2651642248 DE=-2.89D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=187 MaxIt=200 E= -231.2651645243 DE=-2.99D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=188 MaxIt=200 E= -231.2651648350 DE=-3.11D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=189 MaxIt=200 E= -231.2651651574 DE=-3.22D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=190 MaxIt=200 E= -231.2651654921 DE=-3.35D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=191 MaxIt=200 E= -231.2651658394 DE=-3.47D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=192 MaxIt=200 E= -231.2651661999 DE=-3.60D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=193 MaxIt=200 E= -231.2651665763 DE=-3.76D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=194 MaxIt=200 E= -231.2651669725 DE=-3.96D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=195 MaxIt=200 E= -231.2651673817 DE=-4.09D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=196 MaxIt=200 E= -231.2651678130 DE=-4.31D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=197 MaxIt=200 E= -231.2651682609 DE=-4.48D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=198 MaxIt=200 E= -231.2651687254 DE=-4.65D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=199 MaxIt=200 E= -231.2651692074 DE=-4.82D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=200 MaxIt=200 E= -231.2651697077 DE=-5.00D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l510.exe at Thu Apr 14 12:58:47 2016.
请问老师，计算时出现这样的错误，我能直接从chk文件读取，接着迭代吗？
ITN=185 MaxIt=200 E= -231.2651639361 DE=-2.78D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=186 MaxIt=200 E= -231.2651642248 DE=-2.89D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=187 MaxIt=200 E= -231.2651645243 DE=-2.99D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=188 MaxIt=200 E= -231.2651648350 DE=-3.11D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=189 MaxIt=200 E= -231.2651651574 DE=-3.22D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=190 MaxIt=200 E= -231.2651654921 DE=-3.35D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=191 MaxIt=200 E= -231.2651658394 DE=-3.47D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=192 MaxIt=200 E= -231.2651661999 DE=-3.60D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=193 MaxIt=200 E= -231.2651665763 DE=-3.76D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=194 MaxIt=200 E=
-231.2651669725 DE=-3.96D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 5
ITN=195 MaxIt=200 E= -231.2651673817 DE=-4.09D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=196 MaxIt=200 E= -231.2651678130 DE=-4.31D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=197 MaxIt=200 E= -231.2651682609 DE=-4.48D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=198 MaxIt=200 E= -231.2651687254 DE=-4.65D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=199 MaxIt=200 E= -231.2651692074 DE=-4.82D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
ITN=200 MaxIt=200 E= -231.2651697077 DE=-5.00D-07 Acc= 1.00D-08 Lan= 6
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l510.exe at Thu Apr 14 12:58:47 2016.
请问老师，计算时出现这样的错误，
我能直接从chk文件读取，接着迭代吗？
好像截长了，抱歉
哦，明白了。我从来一遍，谢谢
[图片]请问老师，计算时出现这样的错误，我能直接从chk文件读取，接着迭代吗？
[图片]
#p CASSCF(9,8)/6-31g(d) guess=read geom=check opt=(calcfc,ts,noeigentest) scf=(maxcyc=200) freq pop=full
额，计算苯而已。。
A:
CASSCF不收敛一般通过修改基组、活性空间定义、初猜轨道来解决
----------------------------------------------------
2016.04.14 15:56:36
Q:
请问老师如何在gaussxiew中模拟氢键呢？是将H原子和杂原子用虚键连接吗？
A:
moment 模拟氢键指什么？你这样设并不影响实际计算结果
----------------------------------------------------
2016.04.14 17:11:25
Q:
我使用 nvidia-smi 命令查看titian black显卡的工作状况，输出如下信息。。
[图片]
请问，显卡上GPU流处理器的使用率，从哪个数字可以看出？
A:
如果你用图形界面的系统，能找到一个nvidia的驱动面板，在里面能看GPU占用率
----------------------------------------------------
2016.04.14 17:16:18
Q:
老师，如果用PCM溶剂模型的话，溶质分子杂原子上连上水中的H不能模拟溶质附近的溶剂的氢键作用吗？
A:
gview上怎么连根本不影响量化计算，量化计算也不受gv里连接关系的影响
Q:
那应该怎么设置呢？是在input文件里面添加原子坐标吗老师？
A:
在gview里把溶剂分子摆到合适的位置
Q:
就是不用连是吧老师？放附近让它自己优化是吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.04.14 17:21:21
Q:
老师，是不是这个都是S0->S3
[图片]
Excited State 3
A:
不是“都是”，这里解释的是S0->S3具体是由哪些轨道跃迁贡献的
----------------------------------------------------
2016.04.14 21:35:31
Q:
完蛋了看了一点徐光宪的被带沟里了现在看别的看不下去
徐的书优点是拿方程说事简单明了。缺点是几乎没啥文字解释这有时候得琢磨半天一个符号的内涵
A:
然而很多方程还有错
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2016.04.15 13:18:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
B3LYP-D3/6-311G** opt freq就够了（注意用零阻尼）。弥散不用加，而且会造成耗时激增（注意6-31+G*的耗时是要高
于6-311G*的，因为弥散函数在积分计算时不容易被忽略掉），对于频率分析也没什么太大意义。3-zeta结合色散校正足矣表现分子间相互作用
----------------------------------------------------
2016.04.15 21:00:05
Q:
[图片]
我的是这样的
/难过找不到原因
会是版本的问题吗？
A:
往下看
Q:
/疑问下面就是输出的片段1的结果@Sobereva
A:
那你肯定没定义片段2
同时定义了的时候，先输出frag1对所有轨道的贡献，然后输出frag1和frag2对所有轨道交叉项的贡献
只定义了frag1就只输出前者
Q:
不知道是不是定义的时候有错误[图片]
A:
没错误
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2016.04.15 21:26:10
Q:
优化有4个yes，但是出现1个虚频，用Loose还是Tight处理再跑一遍麽？CalcFC 还是 Calcall，要不要加nosymm ？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
opt=tight freq=noraman int=ultrafine ？
干脆calcall，省得再失败，浪费时间？
A:
算得动就直接calcall
noraman纯属多余
Q:
明白了 opt=calcall freq int=ultrafine ？
对么？
A:
此时若不是明尼苏达泛函，ultrafine可以不用
freq此时可以不写，calcall的时候末尾自动做振动分析
Q:
46个原子，估计要多久，64内存，3.2G的CPU，没有并行
m062x/6-311++g(d,p) geom=connectivity opt=calcall freq int=ultrafine
2天应该可以麽？
m062x是不是明尼苏达泛函？
A:
是
去掉此时用处不大的弥散，耗时显著降低
Q:
但是之前很多体系都是用6-311++g(d,p) ，所以不想大规模更改了
A:
那就算呗，看看一步多长时间估下时间，两天能否弄完看机子和运气
----------------------------------------------------
2016.04.15 22:03:52
Q:
欢迎加入，过渡态群 497177082
欢迎加入，过渡态群 497177082
A:
不要重复发
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2016.04.15 22:20:20
Q:
wultiwfn 能不能计算吸附能
A:
世界上没有叫wultiwfn的程序
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2016.04.15 22:55:08
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没直接关系。MECP在极小点附近的都有
Q:
MECP是不是只能用态平均MCSCF来算？
A:
不同自旋态之间的MECP用DFT也可以，更快也方便
Q:
相同自旋
A:
主流还是用MCSCF或多参考方法考察
Q:
能不能不用态平均？
基态权重设为1
A:
通常得用
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2016.04.15 23:15:30
Q:
opt=nodownhill 有什么作用？
A:
不用管它，除非你确实很了解几何优化算法
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2016.04.15 23:31:03
A:
刚看了看exploring第三版网页上的输入文件，居然大量使用APFD这种非主流的泛函，显得很不公正，有为了推广APFD而给初学者洗脑之嫌
Q:
对啊，就是看到第三版的输入文件的一个过渡态中使用了这个关键词
现在有没有盗版的资源
电子版的
A:
没有
Q:
前几天就是看到APFD这个泛函才问呢，高斯09B01竟然不支持
A:
没必要用它，性能一般
数的硬伤之一
书的硬伤之一
Q:
书里的确用到了那个泛函
Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods》第三版有了？[emoji][emoji]
(⊙o⊙)哦，你买了纸质版
是的，收藏
墨灵格买的
那有配套输入文件吗？
A:
输入文件和补充资料可在书的网站上下
http://expchem3.com/
Q:
我觉得frisch人品一般，pople是他老板，怎么搞的如此决裂？/尴尬
杨振宁和李政道也是的
温伯格和萨拉姆也是的，弱电统一理论
Pople竟然不能用高斯
真是晕倒
Pople应该是高斯的主要编程人员吧
A:
书的内容相对第二版在主题上的扩展还是有限，从头算动力学、PBC功能貌似一点也没提
是
Q:
对了，sob你的书呢？
A:
争取今年内写完吧
交给出版社之后还得再经过几个月才会出版
第一版也不打算一次把内容弄得特别丰富，之后版本再慢慢添加
Q:
我上分子模拟课，一次性订它100本
是那本实用量子化学吧
A:
恩。
现在出版社给书价订得都高，某知名出版社，每16页的定价就要4、5块钱，所以一次写一大厚本也不行，学生买不起
当然，能找导师报销除外
然
Q:
这个的确有点贵了，学生们怕是舍不得花那么多钱
我觉得好多学生最多只花50左右
A:
作者能获得的就6%的版税，很有限的印量下几乎可忽略不计，定价高了自己没好处只会苦了读者，到时候只能尽量说服出版社压低价格
Q:
对作者太抠了吧
6%的版税太低了吧
国内有关免费的分子动力学程序的书几乎没有
Sob的gromacs出版填补了空白
搞个硬皮的，再搞个软皮的，各卖各价。版税在国外出版社，像是springer啥的出版会好些么？
A:
是抠。而且出版社对于小众向图书还老担心销路，不爱给多印，印个2000本都觉得非常多了
Q:
我们有一本200多的教材
买的人还不少
教材是没办法的事儿
现在有电子版打印或者能复印的十几二十块钱没多少愿意自己花钱买印刷本的书
特别是参考书
多高的价格也会买...
A:
很多学生在买书上很舍不得花钱
有些书好买，值得买，也就是少下一次馆子的事，却非要复印或者借
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2016.04.15 23:56:19
Q:
并且画vcd什么的肯定不如multiwfn
[图片]
A:
输入文件和补充资料可在书的网站上下
http://expchem3.com/
Q:
下了，可惜vasp没有这样的书
不能用hypetchem吗？
hyper hem
A:
molclus+Gaussian做构象搜索更方便更可靠，PM6迅速初筛，DFT再refine一下，OK，操作过程也简单，直接调用高斯
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2016.04.16 17:09:03
Q:
反幂法怎么样？
这个和那两个比有什么优势
这个和那两个比有什么优势
以及不足？
A:
如果你是大型矩阵，Lanczos/Davidson是效率最高的
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2016.04.16 17:11:05
Q:
Sobereva老师，那天晚上问你几个问题之后，我用高斯计算了和文献相同的体系，最后作出的态密度图还是几乎上下对称的，是不是我数据处理过程有问题呢？
[图片]
A:
你先看看alpha和beta轨道能量相差多少，再说作图的事
Q:
[图片]
A:
轨道能量相差小，对称性必然高；轨道能量相差大，对称性必然低
Q:
Sobereva老师，刚才那个体系我计算了alpha和beta轨道能量差最高是3.04 eV
A:
轨道能级会在DOS图上以竖线表示，去看对应关系。
当轨道能级相差大，必然图上竖线位置相差也大、展宽出来的曲线相差也大
Q:
为什么我看到alpha和beta轨道能量竖线位置是一样的呢？
A:
文件发给我
你这个fch文件里alpha和beta轨道能量都是完全一致的，下图是其中一部分，显然DOS图也将是一致的
[图片]
拿g09重算一次
你的fch里的能量和高斯输出文件里的能量也不一致，肯定哪搞错了
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2016.04.16 17:18:04
Q:
sob 请问一下 Multiwfn能不能把某个cube 按照分子片段按片段积分啊？
A:
就是原子积分然后加和成片段
Q:
刚找了一下在13号菜单里面没找到这个按原子积分的功能？
A:
先把iuserfunc设为-1，此时100号用户自定义函数对应于格点数据线性插值出的函数。载入cube文件后，进入主功能15（模糊空间分析），在里面可以对原子空间进行积分，被积函数选100即可
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2016.04.16 18:45:44
Q:
[图片]求助,构型优化这里错误,优化要加上GEDIIS吗？
A:
opt=cartesian
GEDIIS是默认的
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2016.04.16 18:52:34
Q:
Sobereva老师，我想可能是我的fch文件获取过程中出了问题，请问老师怎么从高斯的输出文件中获取fch文件？
A:
重新算一遍单点
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2016.04.16 19:56:40
Q:
老师，我在原来计算结果的基础上，想要生成wfn文件。可是计算都正常结束了，为什么还是没有wfn文件呢？
A:
out=wfn，坐标后面空一行写清楚wfn输出路径
Q:
[图片]
上面是我的输入文件，写了输出路径了。
A:
看输出文件末尾输出wfn文件的提示
Q:
[图片]
title card required，不是已经按照规定输出了吗？
A:
很明显，把title card required当成wfn文件输出路径了
要机智
Q:
老师，我如何才能让输出文件按照我给出的路径存储呢？只要我删除title card required，换成路径就可以了吗？
A:
最保险的方法，甭用allcheck，老老实实把输入文件写全
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2016.04.16 19:56:40
Q:
请问大家，用qst 和ts都找到了过渡态，但是作IRC.不是连接我想要的反应无和产物。这种情况下，是重新优化反应物和生成物吗？还是用其他的方法。
A:
显然过渡态没找对
重新调整初猜重新找
也可能这不是基元反应，实际上有多个过渡态还有中间体
Q:
请问老师 qst3方法是不是比qst2准确性高一些呢？
A:
没这回事
除非你有本事提供一个较好的过渡态初猜
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2016.04.16 21:24:46
Q:
这边有中山大学巫瑞波老师的招聘信息，感兴趣的人可以联系巫老师
这样啊
好的
谢谢提醒
本来想发群邮件的
不过还得申请
A:
这种事不要发群邮件
本群不开放群邮件
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2016.04.16 22:44:18
Q:
我们是实验室人去的太多了，一波不让都去
或者分开两次开
上述问题都能解决，原有的人时间矛盾的也能解决一部分
A:
下半年可能开，但没有确定
暑假不会开基础量化班的，离现在的班时间太近，而且很多学生到了暑假都回家去了，而且很学生也并不想能够自由支配的时间被老师叫去参加培训
----------------------------------------------------
2016.04.16 23:06:22
Q:
两个原子的范德华表面开始重叠的时候，它们之间是排斥还是吸引？
A:
刚开始重叠时候是吸引
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2016.04.16 23:08:30
Q:
sob 问下你认识有搞火焰等离子方向的么? 引荐下
A:
不
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2016.04.16 23:18:34
Q:
请问下 6-31g(d),6-31+g(3df),6-311g(d),6-311+g(3df)之间的差别在哪里呢？[表情]
请问下 6-31g(d),6-31+g(3df),6-311g(d),6-311+g(3df)之间的差别在哪里呢？/撇嘴
比如说AuO分子呢，用哪几个？
[表情]谢啦，我问的还是不对
A:
看你具体算什么，对精度的要求
不错精度Au用Lanl2TZ或SDD，O用TZVP
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2016.04.16 23:30:39
Q:
老师好，用#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity
优化。
指定的geom=connectivity连接，只对MM区有效，对QM区无效，是这样吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.04.17 00:11:14
Q:
奇怪的事情。
我用#p opt=modredundant amber=hardfirst nosymm geom=connectivity 优化。
然后，
B 3636 6768 2.000000 F 冻结两个未成键原子之间的距离为2（让它俩处于将成键未成键的距离）。
优化结果是：3636 6768 这两原子之间的距离恢复到3.5，即完全未成键的距离。这说明，冗余坐标冻结两原子，没发挥作用。
怎么会这样？
A:
分子力学优化模块和量化时候的优化方式是独立的，不受冗余内坐标设定的控制
----------------------------------------------------
2016.04.17 10:48:14
Q:
请教各位，怎样在GV里画出立体的分子结构？
A:
直接点点就有了
----------------------------------------------------
2016.04.17 14:54:12
Q:
请问这个文件在linux系统中需要解压缩吗[图片]
怎么解呢？
请问
命令是什么
我试了不行
[图片]
有问题吗
请问
[图片]
[图片]
在这里面
嗯
那怎么办
什么意思我不太懂
是的
不过当务之急是先安装
[图片]
也不行
图形界面直接就解了，这怎么弄
[图片]
好的，我看什么书比较好，求推荐
[图片]
解压完毕
谢谢大家
请问[图片]
这是怎么回事？
权限不够
怎么获得权限
chmod
这是什么
A:
一点linux基础都不懂也甭指望能立刻装上Gaussian
----------------------------------------------------
2016.04.17 16:02:44
Q:
int(acc2e=12)是个什么概念？
“Set 2-electron integral accuracy parameter to N.”噫~~这是什么？
第三版中大量使用
A:
若那书里没说其必要性，除非真的自己去用APFD，否则自己用常用泛函计算时候甭管它
Q:
第三版有什么好的？
并不知道。。。
应该加点啥用Gaussian计算电子转移之类
A:
[图片]
[图片]
书里依然没有太多advanced的东西
而且还怒推高斯自己的人搞的APFD，而无视真正主流、稳健、常用的泛函
Q:
这就入门基础，不需要太多advanced的东西
A:
拿APFD坑基础用户
Q:
还好，APFD已经引用达...40次
A:
真正好的话，到现在起码达400次才像话
Q:
[表情]今天之前从没听说过这个东西
刚才查半天
A:
整本书里用的方法，除了极个别用了用PM6、后HF、CASSCF之类，90%的例子，不管算什么性质，都在用APFD这个鬼东西
作者真当APFD当万能泛函了
Q:
这书一推广，尤其是一来网上电子版[表情]泛函界的APFD就有变成波函数分析界NBO的趋势了
A:
然后初学者们纷纷用APFD，之后被审稿人一通批APFD什么鬼
Q:
嗯，谢谢老师。我确实不太明白，我再查查
A:
要求作者去证明APFD对当前问题可靠性，到时候又找不到benchmark或相关研究文章来支持
Q:
[图片]
[图片]为什么要在摘要里highlight training set很小
这是好事么~~
A:
或许是不想过度参数化，走Becke的风格，不走Truhlar的风格
----------------------------------------------------
2016.04.17 16:08:08
Q:
求教：我想用高斯算有机分子内部重组能，可是不知道怎么算
A:
[图片]
[图片]
Q:
谢谢sobereva老师，我好好看看
老师，我不太明白第二个图片中Eb.Ec和Ed该怎样用高斯计算，谢谢老师
A:
都写了啊
如果这都没法操作的话，说明高斯基础不行
----------------------------------------------------
2016.04.17 16:25:13
Q:
irc maximum number of corrector steps exceeded 默认是20，这个是指SCF吗？
A:
不是。是IRC的校正步
IRC里写LQA
或者减小步长，或者calcall
----------------------------------------------------
2016.04.17 16:34:45
Q:
sob老师您好，读了您的博文《谈谈谐振频率校正因子》，有一问题请教：
计算思路是：
1. 气相下，中等基组，优化结构并计算频率，得到热力学数据，您在博客中假设 Thermal correction to Gibbs Free Energy= D。
2. 溶液模型，SMD（因高斯推荐计算G），高等基组做单点能，得到SCF能量，或者说电子能，我假设为E（e）。
我的问题是，如果想求自由能，在不考虑任何校正的情况下，G是不是直接等于E（e）+D就可以了？
因为我是想比较不同结构，以及不同温度，的反应ΔG，因此不校正只看变化趋势，画出曲线，是否也是可以的呢？
A:
“SMD（因高斯推荐计算G）”病句
Q:
我理解是，高等级电子能+低等级Thermal correction to Gibbs Free Energy+SMD溶剂化能（加/不加SMD时的单点能差别）
A:
你要想计算溶液下自由能，
1 和你的一致，得D
2 高基组做单点能
3 适当的级别下用SMD算溶解自由能
然后1、2、3相加
考察不同温度的时候就在第1步的时候振动分析时设不同温度，得到不同温度下的吉布斯自由能的热校正量
Q:
SMD计算， scf done 之后，有一句SMD-CDS energy （included in total energy above），请问，scf done之后的能量，没有包含溶剂化能么
还是只是电子能
A:
包含了啊
已经提示included了
Q:
含
可是sob老师说要3步相加
A:
3得到的是溶解自由能
电子能量是第2步获得的
Q:
哦 sob老师说的第二步是气相吧
A:
显然
Q:
对一个优化好的构象，做一步 sp，做一步 sp scrf(smd)，相减得到溶剂化自由能；和你说的其他两项没关系。其他可以在气相做
那为什么还要做第二步的气相 sp 呢
直接第三步的 scf done 不就相当于电子能 + 溶剂化自由能
A:
第二步用的是大基组
Q:
两步用的方法不同
第三步里跑的两次低精度单点（M05-2X/6-31G(d)），比第二步里的一次高精度单点快太多了~~
A:
要是不讲究又比较懒的话，直接scrf=SMD下opt freq，取最后输出的自由能就完了。省得三步
Q:
opt的时候加上smd，获得考虑溶剂化下的最优构象，进行这三步计算，相比气相结构有没有好处？
A:
通常是否考虑溶剂效应对结构影响小，优化时不用带上。但个别情况溶剂对结构影响大，此时优化时应该带上
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2016.04.17 16:41:26
Q:
请问sob老师，有文章中提到要评估一个化学反应是“thermal 或者 chemically activated process"，请问热活化和化学活化有什么区别？如果找过渡态，不同类型的活化过程是否不同？
A:
没具体情况不好说。
热活化是靠高温，增加活化分子数，来让反应得以进行；化学活化是对体系进行某些修饰，降低势垒，使得不很高温度下也容易进行。
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2016.04.17 16:56:46
Q:
比如说烯醇到醛的互变异构体反应，如何评估是热活化还是化学活化，对于不同的反应类型，过渡态如何处理。
A:
算过渡态的方式都一样
光说这么个反应没法做这种区分
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2016.04.17 20:07:45
Q:
hessian算不算客观测量……
能量算的话，hessian也许也该算？
每个可观测量都对应一个厄密算符；那么每个厄密算符是否都有对应的可观测量？
A:
Hessian不算可观测量，本身PES就是BO近似下的东西
虽说极小点位置的Hessian能根据实验谐振频率反推出来数值来
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2016.04.17 20:29:26
Q:
请教老师，我的过渡态虚频只有30，然后做irc，只跑了三步。而且[图片]not archived但是还是normal结束了
这种情况是过渡态没有找对么。
过渡态振动方向是一致的但是振动幅度比较小。
A:
找过渡态时用calcall再试
虚频30很少有这么小的
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2016.04.17 21:14:08
Q:
请问Sob，有没有详细介绍CCSD实现的文章，求推荐
itccnjuer撤回了一条消息
请问Sob，有没有详细介绍CCSD实现的文章，求推荐@Sobereva
A:
记得以前回复过
Q:
我说的是实现
我以前问介绍CCSD的文章
A:
极少会有文章区掰开了揉碎了讲那么细，这条路得自己摸，参考现有的程序
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2016.04.17 22:33:46
Q:
弱弱的问一个问题
gaussian 产生wfn文件的时候
文件最后的wfn文件名是写在基组定义之前还是之后啊
A:
之后
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2016.04.17 23:23:55
Q:
sob老师高斯09 安装的时候在安装手册里面有没有明确写安装在什么目录下啊
A:
装在哪都行
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.18 08:53:11
Q:
各位大神，请教个问题，我想用高斯计算S1态的频率，这样写命令对么？
#p opt freq td=(nstates=6) wb97xd/6-31+g(d)
A:
对
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2016.04.18 09:33:05
Q:
[图片]
# B3LYP/6-311++G** TD(triplets,nstates=5,root=1) opt freq GFINPUT iop(6/7=3) scrf(pcm,solvent=acetonitrile)
请问有人知道这要怎么解决吗？
如何定义？
A:
减小步长上限，必须同时加notrust。
去掉弥散
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2016.04.18 11:33:21
Q:
[图片]我想请问一下，前辈们在作态密度图的时候怎么让曲线的右侧像曲线的左侧一样到达零坐标啊？
[图片]类似于参考文献这种
我每次用Multiwfn_3.3.8_bin_Win提取的态密度图数据曲线右侧都是断开的
[图片]
A:
你把Multiwfn里作图的能量范围上限设大点，或者origin里作图时把上限设小点。
没法“让”曲线达到0，该是多少就是多少
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2016.04.18 12:40:44
Q:
老师请问一个分子中不同原子存在自旋向上和自旋向下的不同磁矩，那么分子总磁矩该怎么计算？就比如FeB分子中 B原子的磁矩为下旋的0.6uB,Fe原子的自旋磁矩为自旋向上的6.12uB，那么分子总磁矩是两个相加还是两个向减@Sobereva
A:
相减
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2016.04.18 12:56:27
Q:
[图片] [图片] 老师们从这个dos图怎么看出那能隙变化是3.25ev，2.84ev等
奥我也看成10几啊为啥3.25 ev 写的
A:
[图片]
这两个点数值相减
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2016.04.18 14:06:33
Q:
那这个算出来的零点能还需要乘以零点能矫正因子嘛
A:
你用scale设校正因子之后就不用再乘了，要不就重复了
Q:
老师我现在已经都算完了，能不能手动加频率矫正因子呢
@Sobereva
用那个scale就不用再乘哪个因子了？
A:
scale就是设频率校正因子啊，你设了完了哪能再乘
没设时候才乘
freqchk的时候可以再次设校正因子
Q:
那这样输出文件里算势能面的时候反应物和过渡态的能量(电子能量加零点能）这个零点能还需不需要乘以一个零点能矫正因子嘛
A:
乘啊
再把博文仔细读一遍
Q:
那手动乘那个频率矫正因子的话，以前的零点能还能不能用了？
什么博文
A:
看卖萌君给你的回复的幻灯片
认真点
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2016.04.18 14:39:44
Q:
Ecx terms are ignored for the Tr den 7254
Ecx terms are ignored for the Tr den 7255
Ecx terms are ignored for the Tr den 7256
Ecx terms are ignored for the Tr den 7257
Ecx terms are ignored for the Tr den 7258
Ecx terms are ignored for the Tr den 7259
Ecx terms are ignored for the Tr den 7260
First nversion failed in PSolv.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09/l510.exe at Mon Apr 18 14:27:59 2016.
这是不收敛？？
A:
数值问题，大抵是牵扯到矩阵求逆的地方出错
Q:
为什么CASSCF计算这里出现的是 Ecx terms are ignored for the Tr den 6972
Ecx terms are ignored for the Tr den 6973
Ecx terms are ignored for the Tr den 6974
Ecx terms are ignored for the Tr den 6975
Ecx terms are ignored for the Tr den 6976
Ecx terms are ignored for the Tr den 6977
Ecx terms are ignored for the Tr den 6978
Ecx terms are ignored for the Tr den 6979
Ecx terms are ignored for the Tr den 6980
Ecx terms are ignored for the Tr den 6981
Ecx terms are ignored for th
e Tr den 6982
Ecx terms are ignored for the Tr den 6983
Ecx terms are ignored for the Tr den 6984
Ecx terms are ignored for the Tr den 6985
Ecx terms are ignored for the Tr den 6986
Ecx terms are ignored for the Tr den 6987
不是应该是组态的相关信息吗？为什么这里不显示了？
A:
开发者最清楚
Q:
这个正常吗？
A:
最后都Error termination显然不正常
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2016.04.18 14:41:29
Q:
男神，我写文章的时候使用的是：M062X/TZVP 这样子，请问这种写法正确吗？再就是像M062X以及TZVP的话，参考文献肿么找呀？谢谢您/玫瑰
A:
正确
Theor Chem Account (2008) 120:215–241
JCP,100,5829
Q:
谢谢您/拥抱就是像这种泛函以及基组参考文献的出处，学生应该怎样找呢？
A:
google
----------------------------------------------------
2016.04.18 15:14:16
Q:
[图片]
A:
不要在主群发和讨论内容无关的大图
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2016.04.18 15:16:14
Q:
老师，我在上面发了一个问题，你可以帮着解答一下吗？用不用我再粘贴一遍到群里？
@Sobereva
A:
什么问题？
Q:
[图片]老师我在算氧化石墨烯与氨基离子液体反应，找氨基使得环氧键开环的过渡态，我现在困惑于几个问题：1.C-O键（2号）的断裂伴随N-H键断裂和O-H键的生成，这里是一个过渡态还是两个？2.要是一个过渡态应该是O震动还是C-H中的H震动？要是两个过渡态的话是C-H中H震动过渡态在前？还是C-O中O震动过渡态在前？二者顺序是怎么样的也就哪个是TS1？3.因为体系比较大，可否冻结
氧化石墨烯中除环氧键中氧以外的其他原子，只让氧参与过渡态计算？4.我选用的氨基离子液体，可否在过渡态计算中不考虑阴离子（去掉），只让阳离子参与？
A:
1 一个
2 算出来做freq便知
3 别光让氧能活动，起码那两个碳也应当能活动
4 可以尝试。但如果阴离子不会造成太大计算量就还是加上
----------------------------------------------------
2016.04.18 15:48:27
Q:
请问用内坐标写结构时，要固定一些参数，是空一行放在后面就可以吗
A:
[图片]
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2016.04.18 15:54:14
Q:
老师高斯里的 %mem= 是指给每个核分配多少内存还是指total？
A:
total
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2016.04.18 15:55:11
Q:
减小步长上限，必须同时加notrust。
去掉弥散
关键词怎么输入呢？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
里面写了notrust
去弥散把基组里加号去掉
Q:
好，谢谢！
减小步长上限呢？
A:
看博文
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2016.04.18 16:02:55
Q:
老师，我设置Z-matrix后总是不收敛，什么原因呢
A:
信息量不足没法说
Q:
是这样的，我用内坐标优化结构，想优化过程一直保持内坐标的格式，前面没设置z-matrix可以收敛且得到我想要的对称性，但加z-matrix后就一直不能收敛，是跟我内坐标书写有关系吗
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.04.18 16:03:09
Q:
请问在溶剂中用大基组得到的单点能通过何种方式可以转换成吉布斯自由能能？？
麻烦各位！
A:
溶剂下的自由能计算前两天群里刚讨论过，翻翻群聊记录
Q:
The molecular geometries of all the reactants, transition states, intermediates, and products were fully optimized in gas phase by using the M06+2X density functional with the 6+31G(d, p) basis set
Based on the optimized structures obtained in gas phase, the single-point energies were further refined at the M06+2X/6+31++G(d, p) level of theory, with the solvent effects of THF simulated by the polarizable continuum model using the integral equation formalism variant (IEFPCM).
就是 the single-point energies 到 the Gibbs free energies 之间通过何种矫正转换的？
好的，多谢sob老师
A:
[图片]
PS：在5月份的基础量子化学培训班中我会很详细讲热力学部分
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2016.04.18 16:09:21
Q:
请教sob,用什么方法能较好的看出电子离域性，谢谢
A:
ELF、键级、多中心键级、环电流等
或是ICSS图
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2016.04.18 16:14:18
Q:
请问在log文件里面怎么看最强辐射
计算的S1态
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
里面只有荧光光谱
是找振动因子最大的那个吗
A:
没有什么“振动因子”，那叫振子强度
Q:
噢
A:
博文里有详述
----------------------------------------------------
2016.04.18 16:58:11
Q:
轨迹的RMSD值越大，根据这条轨迹算出来的mmpbsa结合自由能就越负？
A:
没直接关系
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2016.04.18 18:38:17
Q:
[图片]老师这是在小木虫上看到的，好像也是你写的吧，这里不是很明白，你前面说的是zpe校正因子，后面又说和实际的zpe接近，那公式算出来了的到底是零点能还是零点能校正因子@Sobereva
A:
不要和我提小木虫
Q:
额[表情]
那公式计算的到底是哪个嘛
A:
什么零点能校正因子？根本没这东西！
不是算出来的
是你查到的
去查计算ZPE用的频率校正因子，给你算出来的频率都乘上这个值，再去按ZPE公式计算ZPE，就是接近于真实ZPE的ZPE值
Q:
ZPE需不需要在乘一个叫零点能校正因子的
谢谢老师
没有这东西啊
A:
我已经说得够明白的了
Q:
[图片]
A:
算ZPE之前给频率乘ZPE校正因子再算ZPE
等价于
拿原始频率算ZPE之后再给ZPE乘ZPE校正因子
一看ZPE公式就知道这是超级显然的事
Q:
明白了谢谢
老师还想问一下那个焓[图片]是不是也要用校正因子校正呢
@Sobereva
A:
想偷懒就不用，想算准就用
博文里写了
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.18 19:06:07
Q:
大家好，请教一个问题。听说orca的频率计算非常慢，Orca使用RI近似的MP2计算频率，会比使用MP2的Gaussian还慢吗？ @Sobereva
A:
没这回事。除非那个人用的是数值频率
RI-MP2显然比高斯MP2快得多得多
----------------------------------------------------
2016.04.18 19:36:53
Q:
计算NBO出现这样的错误，为啥呢[图片]
A:
换全电子基组，要么用更新版本的NBO
----------------------------------------------------
2016.04.18 19:36:53
Q:
怎么判断虚频[表情]
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.04.18 19:38:40
Q:
我做氧负离子和甲烷的反应。以氧和碳的距离为变量进行势能面扫描。
[图片]为什么一运行就错误呢。哪里设置错了。
A:
eyes in midnight 不要设fragment，没用。看报错提示
----------------------------------------------------
2016.04.18 20:47:53
Q:
老师，我的输入文件是%mem=20000MB
%nprocshared=12
# b3lyp/6-31+g(d,p) pop=nbo geom=connectivity
我前几天用的同样的基组就算对了
为啥这次是错误的呢
A:
上传输出文件
Q:
sob老师已上传
A:
去掉弥散函数
这体系加弥散本身也完全多余
Q:
是弥散的原因吗，我前今天算的类似的分子加弥散也是没可以的
A:
是
----------------------------------------------------
2016.04.18 20:54:05
Q:
sob老师，借用lapack编译的可执行文件放到没有lapack的机器中提示缺库，如何解决
A:
你链接lapack静态库的话就不会有这个问题
----------------------------------------------------
2016.04.18 21:18:07
Q:
[图片]请问一下，这提示的是什么意思呢
A:
增加可执行权限
----------------------------------------------------
2016.04.18 21:30:30
Q:
怎么链接静态库？
A:
编译的时候链接.a的lapack库文件
----------------------------------------------------
2016.04.18 21:33:01
Q:
请教各位老师，我用高斯计算激发态时，用opt td做的激发态能量和发射波长，为什么和opt td freq计算得到的结果相差很大？除了多加freq其余命令都完全一致。请给位老师帮忙解答一下，谢谢！
A:
加freq完全多余啊
没准儿你看的激发能是freq做有限差分时候的结果，那时候几何结构不同
Q:
做freq不是在最后一个结构下作的吗？
我看的激发能都是最后的第一激发态的激发能
前面应该那个也优化完了，符合收敛标准，而且加大nstates也没有影响@山坡下、有棵树
A:
比较输出文件里的结构，仔细比较仔细比较仔细比较
Q:
嗯嗯，我是个新手，还请各位老师多多担待[表情]
好的，谢谢老师，我再检查一遍
老师，我又检查过了，两个文件最后结构相差不大，坐标小数点后最后一位，顶多最后两位有点区别。能量我都是找的最后一次输出的E(TD-HF/TD-KS),但这两个能量差好多，老师这是为什么啊？
A:
上传那两个输出文件，否则说不清楚
----------------------------------------------------
2016.04.18 21:58:36
Q:
我用gaussian优化了一个晶体结构想问下怎么才能将优化后的结构倒出来到MS中，一导出就是分子结构
一个晶体结构
呵呵我也觉得不靠谱老师非得碰南墙
你知道怎么导出来吗我好把结果给他让他死心我好安心做其他的
A:
没办法，gview保存不了cif文件
既然有MS干嘛不用MS直接优化晶体结构？比高斯PBC快得多
Q:
对啊优化了11天我真是醉了
是投了一篇文章审稿人说我优化和算频率用的方法不同但是实际上我优化的是晶体算的是cluster的频率并且cluster在相同的参数下优化老师觉得这样有问题吗
cluster是基于晶体结构建的
晶体优化是MS 频率是gaussian
A:
你算cluster的频率前必须优化cluster
外环境不一样
Q:
恩知道这个那您说晶体优化和cluster优化没啥关系吧不一样的软件不影响吧应该？
A:
不影响
----------------------------------------------------
2016.04.18 22:03:54
Q:
[图片]请教一个问题，输入文件中没有重元素，可以用genecp这样去定义基组吗？
这一个结构中没有碘原子的，但是结合体中有的
所以为了输入机组的方便就像这样去设置
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.04.18 22:07:31
Q:
老师，，，能帮忙解释一下高斯中SCF优化与MS中DMol3几何优化的区别吗？感觉概念有点混淆了[表情]，，谢谢。
A:
没有什么所谓的“SCF优化”
俩程序优化方法大同小异
----------------------------------------------------
2016.04.18 22:10:37
Q:
请问，高斯的理论计算，指导过实践么
A:
指导过
----------------------------------------------------
2016.04.18 22:16:57
Q:
[图片]
好心就这样被消遣~
……
A:
哪个群？
Q:
上面的~
A:
私聊的么？我没看到
Q:
不好意思群里提醒他
哟告状来了啊
那就t了吧。不尊重他人的人很讨厌。
我就想让人帮忙下个文献怎么了？触犯啥群规了
最烦这种装好人的小人嘴脸
A:
[图片]
群规里写明了
Q:
踢就踢呗
A:
踢了
Q:
[表情]
A:
太嚣张了
Q:
太嚣张了.
----------------------------------------------------
2016.04.18 22:35:39
Q:
Chem Rev连放三大招：
量子力学Ligand-Binding Affinity计算 DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00630
非共价键的Quantum Monte Carlo计算 DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00577
色散矫正[Grimme亲自撰写]：DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00533
还有一些其他的涉及半经验，晶体计算啥的。看来又是一堆理论计算的Review要出来了。
A:
前一阵子chem rev的Benchmark Calculations of Interaction Energies in Noncovalent
Complexes and Their Applications还没来及看，又来一个
----------------------------------------------------
2016.04.18 23:38:33
Q:
cc-pvdz比6-311g大？？
投影的时候应该6-311g投影cc-pvdz呢还是反过来？？
A:
没极化函数没可比性
Q:
一个双zeta的怎么比3zeta的还大？
那投影的时候应该是6-311投影pvdz呢还是pvdz投影6-311
A:
cc-pVDZ投影到6-311G**
Q:
一定是要加极化？
A:
cc-pVDZ比6-311G**小
和6-311G没可比性
对
6-311G是垃圾
Q:
这么瞧不起6-311？？
sto------3-21g-------6-31g------6-31g**-----cc-pvdz应该合理吧
A:
2-zeta不加极化没法用
6-31g**和cc-pvdz基本一样
Q:
中间的6-31g不需要？
直接从sto-3g到6-31g××
A:
3-21G
如今计算基本都以6-31G*起步
Q:
从6-31g**到PVDZ可以吗？
A:
二者大小基本一样，没必要再做投影之类
Q:
需要得到一套轨道
直接从3-21g到pvdz？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.19 01:45:36
Q:
老师，为什么我使用Multiwfn_3.3.8_bin_Win得到的态密度图数据中有这样的数据呢？[图片]
[图片]Multiwfn_3.3.8_bin_Win软件得到图是这样的
A:
Mulliken方法可能得到负的轨道贡献值，所以PDOS也可能有负的
你那个负值微小到可以忽略不计，当成0就完了
Q:
[图片]而导出数据用origin作图后就变成这样了
A:
列选得不对，或者坐标轴没调好
如果就是不让画，那就用别的，比如gnuplot
或sigmaplot等
Q:
我知道了，可能要把类似于刚才那些数据直接弄成0就可以了吧
A:
你先看看导入到origin里之后数值是否正确
那些都是10的负100次方级别的
Q:
是正确的，正如你所说，就是那几个应该是0的却成了正负300多
A:
你往比如-103前面添加个E就好了
Q:
所以态密度值零点几的都看不出来了
好的
嗯嗯，经过老师的解答，我觉得就是这个原因
不过这个数据量有点大，每一个这样的数据前面加上个E工作量估计也不小
A:
用ultraedit的例模式
列模式
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复制代码