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标题: 高斯混合基组计算金簇-磷-水结构为什么总是报错？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2022-7-4 11:20
标题: 高斯混合基组计算金簇-磷-水结构为什么总是报错？
问题：计算一个8个原子的金簇，表面有磷和一个水分子，试图用混合基组优化其结构，但是一开始就报错。
说明：体系计算前，金簇已经用了M062x/lanl2dz顺利优化，P和水分子已经使用了M062x/6-31++G**顺利优化。合成一起，搞成混合基组运算就报错。
附件是生成log文件，谢谢！

作者
Author: chands 时间: 2022-7-4 11:37
感觉是基组没读进去，还有，你用的是gen还是genecp? 赝势有没有加进去？
我记得M06-2X对主族较好，对过渡金属未必最优

作者
Author: lao7 时间: 2022-7-4 11:46
本帖最后由 lao7 于 2022-7-4 11:47 编辑

chands 发表于 2022-7-4 11:37
感觉是基组没读进去，还有，你用的是gen还是genecp? 赝势有没有加进去？
我记得M06-2X对主族较好，对过渡 ...

我看了文献，许多针对金的用这个。就用了这个。
我用的混合基组：http://sobereva.com/60
链接中的第1个部分：“1 混合基组的输入”，严格按照这个写，为啥还不行。

作者
Author: chands 时间: 2022-7-4 11:49

lao7 发表于 2022-7-4 11:46
我看了文献，许多针对金的用这个。就用了这个。
我用的混合基组：http://sobereva.com/60
链接中的第1 ...

你对Au用什么基组，大部分情况下是要用赝势基组的，请看第6部分，“使用赝势基组”。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-7-4 12:11
本帖最后由北大-陶豫于 2022-7-4 12:12 编辑

我看你的关键词是 M062X/gen，如果想对金用LANL等赝势基组、其它原子用全电子基组的话，你这种写法肯定不行。
像楼上说的那样，好好看看“使用赝势基组”部分。用赝势基组的话是既要定义赝势（如何描述内层电子）又要定义对应的赝势基组（如何描述外层电子）的。另外你这个体系为什么是 8个金团簇+一个PH4+一个水，总体带2个正电荷，2重态……有点不知道你想算什么）

作者
Author: lao7 时间: 2022-7-4 12:24

北大-陶豫发表于 2022-7-4 12:11
我看你的关键词是 M062X/gen，如果想对金用LANL等赝势基组、其它原子用全电子基组的话，你这种写法肯定不行 ...

1、你说的对，要用赝势基组，不能用混合基组写法
2、我想计算金簇表面磷化氢和水分子的反应，理论生成氧化磷化氢（H3PO）。根据之前金簇的描述，本身金带有一个负电荷（Mechanism of the Aerobic Oxidation of Methanol to Formic Acid on Au8: A DFT Study），我这个体系是酸性条件下磷化氢质子化和一个水分子反应，理论生成3个质子；但是考虑到体系中金本身的负电子，所以体系电荷是2.
3、算的是过渡态

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-7-4 13:22

lao7 发表于 2022-7-4 12:24
1、你说的对，要用赝势基组，不能用混合基组写法
2、我想计算金簇表面磷化氢和水分子的反应，理论生成氧 ...

我觉得你这个模型还是不太合理。
（1）金原子带的电子数是奇数，所以完全可以适当选取团簇中的金原子数使得体系总电子数为偶数、闭壳层。见：使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 http://sobereva.com/540
（2）你说“酸性条件下磷化氢质子化和一个水分子反应”，照你这么说似乎磷化氢和水一共带1个正电荷，为什么会“理论生成3个质子”。
（3）磷化氢质子化也不合理，一方面磷化氢的碱性比水弱，另一方面磷化氢质子化之后还原性也减弱了。

作者
Author: chands 时间: 2022-7-4 15:04

lao7 发表于 2022-7-4 12:24
1、你说的对，要用赝势基组，不能用混合基组写法
2、我想计算金簇表面磷化氢和水分子的反应，理论生成氧 ...

我插一句。我不是你这个方向的，但是觉得你说的机理有点怪。你确定是Au8-参与反应吗，具体机理如何？磷化氢无疑是强还原剂，但是还原产物是什么？我知道膦或者氧化膦结构容易与Au配位，但是不知你的体系如何反应。

作者
Author: lao7 时间: 2022-7-4 19:15
本帖最后由 lao7 于 2022-7-4 19:18 编辑

北大-陶豫发表于 2022-7-4 13:22
我觉得你这个模型还是不太合理。
（1）金原子带的电子数是奇数，所以完全可以适当选取团簇中的金原子数 ...

1、谢谢！我将把Au原子设置成奇数
2、磷化氢易于质子化，但是酸性条件下，水分子大多数还应该不会质子化（调研了文献，记不住了）。
3、类比于氨水，磷化氢应该性质类似，你可有pka的表格之类的，我一直想检索磷化氢的pka，没有检索到。
十分感谢参与讨论，其实我也是很多猜测，这是发生在电极表面的电化学氧化。金是工作电极、磷化氢与水反应氧化生成氧化磷化氢。

作者
Author: lao7 时间: 2022-7-4 19:17

chands 发表于 2022-7-4 15:04
我插一句。我不是你这个方向的，但是觉得你说的机理有点怪。你确定是Au8-参与反应吗，具体机理如何？磷化 ...

这是一个电极反应，发生在金表面的。但是当用金的时候，上述反应表现出选择性催化。我猜测，金与磷结合影响了磷化氢电化学氧化，而磷化氢电化学氧化主要是磷化氢与水反应，金可能改变了反应能垒。就是想验证这个猜测。

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