计算化学公社

标题: QM/MM计算数值频率活动区域的影响？ [打印本页]

作者
Author: sylar 时间: 2022-7-5 11:08
标题: QM/MM计算数值频率活动区域的影响？
本帖最后由 sylar 于 2022-7-5 11:11 编辑

请教各位老师，目前已经用QM/MM完成了一个酶促反应的过渡态定位，优化了反应物和产物状态的结构，现在想算数值频率，进行零点能和热力学校正，在结构优化过程中，允许活动的区域是QM区域10埃以内的所有氨基酸。
现在遇到的问题是，如果维持这个活动区域，数值频率要计算一万多次梯度，如果仅允许QM区域活动，则只需要500多次，所以过渡态在仅允许QM区域活动条件下确定唯一虚频，使用XTB进行测试，发现活动区域不一样，得到的校正能量也不一样
请问：
1.如何理解MM区域允许活动范围对校正能量的影响？
2.我应该看哪些文献或教材？

谢谢各位老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-5 15:17
严格的做法是所有被优化的原子都做displacement，但是正如你所说，这样计算量太大了，所以几乎没人这么做。一般大家还是只displace QM区，这样会引入一些误差，但是因为也没有更好的办法，大家一般就忍了。

作者
Author: sylar 时间: 2022-7-5 20:13

wzkchem5 发表于 2022-7-5 15:17
严格的做法是所有被优化的原子都做displacement，但是正如你所说，这样计算量太大了，所以几乎没人这么做。 ...

原来如此，谢谢老师回答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-6 02:50
顺带一提，如果是Gaussian的ONIOM(QM:MM)，是有解析梯度的（ORCA的ONIOM对这点的实现情况我没了解过）。

作者
Author: sylar 时间: 2022-7-6 20:28

sobereva 发表于 2022-7-6 02:50
顺带一提，如果是Gaussian的ONIOM(QM:MM)，是有解析梯度的（ORCA的ONIOM对这点的实现情况我没了解过）。

谢谢社长，orca让我以为混合体系压根不能解析梯度

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-7 03:27

sylar 发表于 2022-7-6 20:28
谢谢社长，orca让我以为混合体系压根不能解析梯度

前面笔误，对于DFT是有解析Hessian的，不仅限于解析梯度。所以ONIOM(QM:MM)在Gaussian里做opt freq没压力

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)