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标题: VMD绘制前线轨道图与Gaussian绘制前线轨道图哪个更好看？ [打印本页]

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-5 14:39
标题: VMD绘制前线轨道图与Gaussian绘制前线轨道图哪个更好看？
本帖最后由七尺贱于 2022-7-6 16:42 编辑

近期学习了http://sobereva.com/449 [size=1.4em]用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法
我感觉这样子画出来的轨道图很好看，自信满满拿给老板看，结果被说丑死了，说还不如高斯默认绘制的好看。。。我觉得很好看呀，是我审美有问题嘛？大家觉得哪个好看？投票不公开参与人，大家可以评价一下
因为我看的文章都是拿高斯画的HOMO-LUMO图，老板就问我人家为什么不画你这样的图，是人家不会吗？说大众的审美才是正确的，反正就说我的很难看。。。，可我觉得还可以呀，也有文章是按这样的方法画的，或者我还需要哪里改进嘛？
按照卢老师的帖子重新绘制了一下，分别是图A,图B,C和D，大家看看有什么需要改进的嘛，如果放到文章里更倾向于哪个图呢，我个人审美真是不足。。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-5 14:49
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-5 14:51 编辑

Gaussian不能画图，画图的是GaussView。

GaussView并不是只能绘制这种色调和透明度的图，你贴出的这种属于默认设置（但同时也是很多人用的），可能有些人会说难看，但其实是他们不去设置/不调整。但你贴的VMD调色和渲染方法应该说是比较漂亮的设置。所以说这几个图的比较本身就不是那么公平的。审美就是萝卜青菜，各有所爱，自己喜欢哪个用哪个就是了，没必要分出高低贵贱、主流/非主流。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-5 14:51
本帖最后由七尺贱于 2022-7-5 14:57 编辑

zjxitcc 发表于 2022-7-5 14:49
Gaussian不能画图，画图的是GaussView。

GaussView并不是只能绘制这种色调和透明度的图，你贴出的这种属 ...

谢谢，前两附图都是我自己画的，也没有想弄个高低贵贱之分。但我更倾向于在文章当中用VMD的图，但是被老板说丑，所以说在这里想问问大家觉得哪个好看。我也不知道怎么回复老板说别人为什么不用VMD画，唉

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-5 15:07
你自己画的和别人vmd画的有个重要区别：你的原子颜色和等值面颜色差不多……

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-5 15:10

hebrewsnabla 发表于 2022-7-5 15:07
你自己画的和别人vmd画的有个重要区别：你的原子颜色和等值面颜色差不多……

谢谢回复，这个我还没考虑到

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-7-5 16:35
本帖最后由 liyuanhe211 于 2022-7-6 16:39 编辑

个人认为说实话你这个VMD图是挺丑的（准确的说不是丑，它作为无信息的封面图可能比GaussView的好看，但是GaussView的图可以更容易的看出分子轨道的分布信息）。

所以如果是正文中用于讨论的图，非要在你这两个图里选一个我选GaussView。

但VMD可以改的更好。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-5 17:52

liyuanhe211 发表于 2022-7-5 16:35
个人认为说实话你这个VMD图是挺丑的（准确的说不是丑，它作为无信息的封面图可能比GaussView的好看，但是Ga ...

谢谢各位，我会认真修改的

作者
Author: lonemen 时间: 2022-7-5 18:06
vmd的好看

作者
Author: exity 时间: 2022-7-5 19:12
VMD好看

作者
Author: Boer 时间: 2022-7-5 23:40
vmd好看，稍微修改一下原子颜色就更好看了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-6 01:38

老板就问我人家为什么不画你这样的图，是人家不会吗？

>99.9%的可能性就是不会

你向老板征求意见的时候，把“别人文章用VMD绘制”拿给老板看。
你画的比“别人文章用VMD绘制”差太多，图像缺乏层次感，原子颜色和等值面颜色相似度太高，而且原子球显得太亮。整个图显得很刺眼而没有温润的感觉。直接按下文画出来的图效果比这强多了
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）
我不知道你为什么要问“可以分享一下让我学习一下配色吗？”，明明上文的碳原子的配色就比你当前的强得多得多，你贴的文献里的图就是直接用上文的脚本生成的。而且决定效果的绝不仅仅是配色，还在于格点间距、材质（包括透明度）、渲染器选项以及绘制风格（如原子球大小、键的粗细）。

极度灵活的VMD就如同photoshop，能达到的效果完全取决于用它的人，你没法问别人用photoshop的作图效果好不好，因为这纯粹看使用的人的水平，拿photoshop初级用户作出来的图来安利photoshop等于是在贬损photoshop。

GaussView默认配色丑到不行，深红配深绿是典型的很恶心的配色。就算你自己改GaussView的配色，也远远达不到VMD能做到的效果，因为没法灵活自定义材质，不支持阴影效果和光线追踪。再加上GaussView还收费，绘制轨道的速度还远远慢于Multiwfn+VMD，在我来看完全没必要用。

要说GaussView比VMD作的图唯一的好处就是能用杠数展现形式键级。但很多情况展现形式键级反倒有误导性、没法正确表现实际电子结构（如18碳环），倒不如不展示。

下文里的各种等值面图全是Multiwfn计算格点数据然后VMD画的（除了最后一个，是Multiwfn直接画的），都相当清楚而且美观
一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用
http://sobereva.com/570（http://bbs.keinsci.com/thread-19364-1-1.html）

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2022-7-6 02:14
使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=26521
末尾展示了一些配色可以参考，好看是一方面，传达信息是首位

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-6 10:05
本帖最后由七尺贱于 2022-7-6 10:12 编辑

sobereva 发表于 2022-7-6 01:38
>99.9%的可能性就是不会

你向老板征求意见的时候，把“别人文章用VMD绘制”拿给老板看。

非常感谢老师，我认真再学习一下，我绘制的时候没加上C原子的tan颜色，我忽视了等值面和原子颜色比较接近的这个问题，我认真修改一下

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-6 10:05

QuantumicGuy 发表于 2022-7-6 02:14
使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid ...

感谢

作者
Author: 阿瞳 时间: 2022-7-6 10:57
本帖最后由阿瞳于 2022-7-6 10:59 编辑

借个楼，我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用，能说明什么问题，感觉大家都在画，但仔细看文献关于这部分的讨论什么样的都有，想怎么说就怎么说

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-6 11:53

阿瞳发表于 2022-7-6 10:57
借个楼，我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用，能说明什么问题，感觉大家都在画，但仔细看文献关于这 ...

但仔细看文献关于这部分的讨论什么样的都有

这说明大家在根据自己的体系用前线轨道说明特定问题，你要弄懂自己画这个轨道是为了说明什么问题再去决定要不要画轨道

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-7-6 16:36

阿瞳发表于 2022-7-6 10:57
借个楼，我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用，能说明什么问题，感觉大家都在画，但仔细看文献关于这 ...

文献中的绝大多数（至少80%吧）分子轨道图没卵用瞎分析，是对着结论反过来找图像依据的；换一个体系只给HOMO/LUMO他们多半是定性定不对的。有90%（可能超过95%）的分子轨道图用其他种类的实空间函数替代可以更好的解释相应问题。分子复杂、对称性高、有多个轨道能级相近的体系尤其如此。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-7 03:22

阿瞳发表于 2022-7-6 10:57
借个楼，我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用，能说明什么问题，感觉大家都在画，但仔细看文献关于这 ...

在不知道有什么用的情况下就根本别绘制
很多文章、学位论文，给出一堆轨道图却没讨论出什么东西，是典型的凑数据
还有的文章，由于作者不知道对一个问题真正应该怎么去分析，不知道有哪些真正有价值的讨论手段可用，于是就摆出一堆轨道图强行从上面分析，大多没什么可信度，甚至极具误导性。这种作者需要多读书。
比如最近我审的一篇ChemPhysChem稿子，研究18碳环衍生物和一个小分子的共价相互作用，明明用Multiwfn做ETS-NOCV（http://sobereva.com/609）、CDA（http://sobereva.com/166）等等去分析能得到清晰的关于轨道相互作用的信息，然而作者对成键分析近乎一无所知，就摆一堆整个体系的前线轨道图在那里主观地鬼扯一堆，完全不靠谱，被我comment。

研究问题切勿不求甚解，绝对不能看往往别人怎么干自己就怎么干。没意义、不恰当的做法绝对不要跟风效仿。

作者
Author: 虎王 时间: 2022-8-1 21:24

liyuanhe211 发表于 2022-7-5 16:35
个人认为说实话你这个VMD图是挺丑的（准确的说不是丑，它作为无信息的封面图可能比GaussView的好看，但是Ga ...

我也觉得GV的更合适。

作者
Author: 虎王 时间: 2022-8-1 21:28

阿瞳发表于 2022-7-6 10:57
借个楼，我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用，能说明什么问题，感觉大家都在画，但仔细看文献关于这 ...

先复习一下结构化学，然后看一些综述，或者研究性论文，应该就差不多了。轨道跟很多方面相关，所以当然讨论什么的都有，只是有时讨论得不太正确。用不用轨道讨论，也看您的目的。例如仅仅要知道激发态归属的话，电子密度差图是可以的，不用画轨道。分子轨道本身是太基础的电子结构信息，所以能讨论的问题很多。你的问题就类似于问几何结构能用来讨论什么，为何很多论文都讨论几何结构（如晶体结构）。对于太泛的问题，要么打很多字去跟您解释，要么不理会您的问题。

作者
Author: Prof.Huang 时间: 2023-4-14 11:58

阿瞳发表于 2022-7-6 10:57
借个楼，我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用，能说明什么问题，感觉大家都在画，但仔细看文献关于这 ...

大部分文献没啥用处，删了也不影响阅读，只是显示你的论文用了计算，实验+计算增加了工作量

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