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标题: 求助：从RCSB库中得到的BSA的PDB转gro过程中，出现不存在PGE残基的错误，求解决方法。 [打印本页]

作者
Author: zcw 时间: 2022-7-5 16:14
标题: 求助：从RCSB库中得到的BSA的PDB转gro过程中，出现不存在PGE残基的错误，求解决方法。
求助：从RCSB库中得到的BSA的PDB转gro过程中，出现不存在PGE残基的错误，想知道解决方法。 Residue 'PGE' not found in residue topology database

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-5 16:24
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-7-5 16:26 编辑

PGE应该是个小分子吧，gromacs自带的力场参数里面没有，需要自己产生参数。http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

作者
Author: zcw 时间: 2022-7-5 16:36
好的，谢谢您的解答，我在研究研究。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-6 02:38
用pdb2gmx产生拓扑文件必须结构文件里每种残基在rtp里都有定义
如果PGE是个配体，应当先把配体去了，用pdb2gmx对只含标准残基的蛋白产生拓扑文件，再用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生PGE的itp文件，然后把itp include到top里

作者
Author: zcw 时间: 2022-7-7 14:16
谢谢，sob老师的解惑。

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