计算化学公社

标题: 如何把md模拟出的所有构象，放在一个结构中，并生成mol文件 [打印本页]

作者
Author: 夜千 时间: 2022-7-5 18:51
标题: 如何把md模拟出的所有构象，放在一个结构中，并生成mol文件
请教各位老师，我目前有一个xyz文件，里面有通过md模拟的300个构象，我需要把这300个构象放在同一个图里，并生成pdb,mol2等文件，除了人为的把300个坐标复制在一起，还有其他方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-6 02:42
到底是想画出各自的图合并成一个图来同时展现它们，还是想导出什么文件包含所有这些结构？

如果是前者，自己写个VMD脚本，每循环一帧保存一张图，最后用irfanview合并成平铺图，参考视频里irfanview的用法：
使用Multiwfn方便快速地批量绘制轨道图形
https://www.bilibili.com/video/av69765564/

如果是后者，VMD载入轨迹后，多帧的结构文件用VMD直接就能保存

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)