计算化学公社

标题: 如何直接修改tpr文件 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2022-7-6 13:45
标题: 如何直接修改tpr文件
诸位前辈好，小弟想直接编写脚本对tpr文件中某个分子的坐标做修改，调用gromacs当做md引擎做monte carlo模拟，请问是否有便捷的方法，以及如何读取tpr文件呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-7 04:11
没有简单的办法能直接修改，除非自己基于GROMACS的代码去改。一般都得经过grompp来产生
直接读取tpr里的信息可以用gmx dump先转成文本格式

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Author: lyj714 时间: 2022-7-7 08:22
参考https://jerkwin.github.io/2020/1 ... %E6%96%87%E4%BB%B6/

作者
Author: mol 时间: 2022-7-7 12:39

lyj714 发表于 2022-7-7 08:22
参考https://jerkwin.github.io/2020/11/01/%E6%9B%B4%E9%AB%98%E6%95%88%E7%9A%84GROMACS%E5%88%86%E6%AE% ...

谢谢前辈，但是好像只是说了可行，但是没有具体细节

作者
Author: mol 时间: 2022-7-7 12:41

sobereva 发表于 2022-7-7 04:11
没有简单的办法能直接修改，除非自己基于GROMACS的代码去改。一般都得经过grompp来产生
直接读取tpr里的信 ...

谢谢sob老师，主要是嫌每次grompp效率上有点慢

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-7-7 13:15
我的导师昨天和我说他用python写了一个gromacs的插件，做的是constant ph，就是每MD一段时间就读取gromacs的trr然后去做一小段MC决定质子化状态，然后再md再mc再md这样循环。他让我用到我自己的课题里去测试测试，但还没有把code给我。如果他给我了我可以看看里面的思路能不能和你分享。

作者
Author: lyj714 时间: 2022-7-7 13:35
本帖最后由 lyj714 于 2022-7-7 14:10 编辑

mol 发表于 2022-7-7 12:41
谢谢sob老师，主要是嫌每次grompp效率上有点慢

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原理实际上不是很难理解，关键是你要对计算机二进制存储方式理解就能做。对于同一个模拟，模拟参数确定，也就是图中的header头部分不变，你只需要确定tpr中的坐标数组x第一个数的位置，然后以二进制模式连续读取n*3个浮点数就行了，这部分就是坐标，当然后面可能还有速度或者力。整个做法都直接操作二进制读tpr。确定第一个原子x坐标位置可以先用一个足够大的数写成坐标grompp成tpr，然后二进制流读tpr找到这个大数的位置就是所有原子坐标开始的地方，然后直接操作二进制流，包括提取坐标以及mc以后写坐标都用二进制操作，注意大小端的问题。

这是一种简单做法了，不需要涉及改源码，还有一种当然就是用gromacs库直接写程序了。

没有其他更简单和高效率的方法了，主要是目前的gmxapi还不支持读写tpr中的坐标和速度，只能对很少一部分的模拟参数直接修改tpr，以后要是官方支持读写坐标和速度了那做这种就非常简单了。总体而言现在的gmxapi还是太初级了，完全没啥吸引力。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-8 05:27

对抗路达摩发表于 2022-7-7 13:15
我的导师昨天和我说他用python写了一个gromacs的插件，做的是constant ph，就是每MD一段时间就读取gromacs ...

也有其他人在GROMACS里实现了constant pH，貌似还没公开，由于Berk Hess也参与了，说不定很快会加入下个官方大版本里
https://chemrxiv.org/engage/chem ... f52360c8410eeaa2d24

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-7-20 21:21

sobereva 发表于 2022-7-8 05:27
也有其他人在GROMACS里实现了constant pH，貌似还没公开，由于Berk Hess也参与了，说不定很快会加入下个 ...

我们老师认为这种λ-based constant pH，无论是物理模型还是sample效率上都有一定的缺陷，他是用的另一种实现。

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