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标题: 求助gromacs跑模型，加的离子聚集在一堆的问题 [打印本页]

作者
Author: yuyao_yang 时间: 2022-7-6 16:23
标题: 求助gromacs跑模型，加的离子聚集在一堆的问题
最近跑分子在不同离子溶液中运动，不知道为什么2M NaCl溶液中，跑了200ns跑成了聚集状态？求助该怎么解决？

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作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-7-6 19:43
显然是结晶了。你用了什么力场？AMBER系的离子参数就会这样，建议改用Merz团队开发的离子参数

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-7 04:13
AMBER的离子参数不合理所致
可以用KBFF（https://kbff.chem.k-state.edu/）
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/10.3866/PKU.WHXB201506191这篇文章里涉及到高浓度情况的模拟，当年就发现了AMBER力场的这个问题，所以我刻意改用了KBFF

作者
Author: yuyao_yang 时间: 2022-7-7 09:30
好的，我去试试，谢谢。

作者
Author: qiezi666 时间: 2023-3-17 10:21
您好！请问您用KBFF力场时有没有关于spce.itp的错误提示？ (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: yuyao_yang 时间: 2023-3-20 12:50
没有

作者
Author: Free-standing 时间: 2024-4-2 22:42
您好，后面解决了嘛，我换成KAFF之后似乎还是不行

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-10-15 15:01

Free-standing 发表于 2024-4-2 22:42
您好，后面解决了嘛，我换成KAFF之后似乎还是不行

你好，你解决了吗？我用的KBFF电解质盐也团聚了，1M

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