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标题: 用gaussian重复文献时，中间体优化后分解成两个分子的问题 [打印本页]

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-6 17:17
标题: 用gaussian重复文献时，中间体优化后分解成两个分子的问题
问题是：用文献中的方法进行中间体结构优化后，最终得到的是两个分子，求大神解答一下。
优化前：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

优化后：
(, 下载次数 Times of downloads: 16)
输入文件：
%chk=IM4y+f.chk
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity

IM4

0 1
C                -4.64770700 -2.84967465 -0.17392361
C                -3.39362300 -2.31861165 0.52539539
H                -5.22046400 -3.50927265 0.48507139
H                -5.31010400 -2.03232665 -0.48068361
H                -4.39275800 -3.42201065 -1.07331261
C                -2.56478700 -1.38965665 -0.35998961
H                -3.67174500 -1.76938765 1.43388539
H                -2.75632600 -3.15172065 0.84825039
H                -2.27212800 -1.93515965 -1.27511561
H                -3.19228300 -0.54718665 -0.69320661
O                -1.43334000 -0.91761965 0.33471639
Al                0.04416300 -0.14600765 -0.27640861
C                -1.98686700 4.45641135 0.11530239
C                -1.63037800 3.07548935 -0.44248261
H                -3.04680900 4.68631135 -0.03245961
H                -1.78195400 4.51897235 1.19046839
H                -1.40614800 5.24541235 -0.37638161
C                -0.15363700 2.71709035 -0.25413761
H                -2.24256900 2.30373035 0.04351639
H                -1.86110500 3.02625735 -1.51367561
H                0.46451300 3.49526035 -0.72864861
H                0.08796700 2.73605835 0.82159139
O                0.16756000 1.47797535 -0.83458161
C                5.53828300 -0.61605165 0.05102939
C                4.17591000 -1.31594365 0.03344539
H                6.35407000 -1.34427065 0.07902939
H                5.67915300 0.00583435 -0.83981961
H                5.64317900 0.03303735 0.92767139
C                3.01598400 -0.32752265 -0.01126461
H                4.10697800 -1.98068765 -0.83685261
H                4.06245100 -1.95126165 0.92038139
H                3.04931200 0.33773435 0.86161439
H                3.08198600 0.30938635 -0.90326361
O                1.75713000 -1.01961665 0.00217439
O                0.17112400 0.20081035 1.81355139
H                -0.69270200 -0.25532465 1.91371339
H                0.84429600 -0.42314265 2.12260539
O                0.40644700 -1.19074765 -1.82416561
H                -0.15804700 -1.95184165 -2.00066861
H                1.42946400 -1.33538435 -0.88828939

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2 6 1.0 7 1.0 8 1.0
3
4
5
6 9 1.0 10 1.0 11 1.0
7
8
9
10
11 12 1.0
12 23 1.0 34 1.0 38 1.0 35 1.0
13 14 1.0 15 1.0 16 1.0 17 1.0
14 18 1.0 19 1.0 20 1.0
15
16
17
18 21 1.0 22 1.0 23 1.0
19
20
21
22
23
24 25 1.0 26 1.0 27 1.0 28 1.0
25 29 1.0 30 1.0 31 1.0
26
27
28
29 32 1.0 33 1.0 34 1.0
30
31
32
33
34 40 1.0
35 36 1.0 37 1.0
36
37
38 39 1.0
39
40

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-6 17:36
文献优化的是这个分子吗？如果不是，那这个优化结果未必是错的，因为Al本来就不是特别倾向于5配位，配体位阻稍微大一点导致Al变成4配位是很可能的。
此外B3LYP应该加色散校正

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-6 19:51

wzkchem5 发表于 2022-7-6 17:36
文献优化的是这个分子吗？如果不是，那这个优化结果未必是错的，因为Al本来就不是特别倾向于5配位，配体位 ...

谢谢老师，文献里优化的分子里有这个中间体

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-6 20:36

liuxianbo 发表于 2022-7-6 12:51
谢谢老师，文献里优化的分子里有这个中间体

中间体的初始坐标也是和文献一致的吗？另外文献有没有加溶剂？

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-7 09:34

wzkchem5 发表于 2022-7-6 20:36
中间体的初始坐标也是和文献一致的吗？另外文献有没有加溶剂？

初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂。附图是文献中的结构

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-7 09:34
初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂。附图是文献中的结构

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-7 14:44

liuxianbo 发表于 2022-7-7 02:34
初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂 ...

那不排除比如说是R基团的构象或者取向不一致

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-7 16:55

wzkchem5 发表于 2022-7-7 14:44
那不排除比如说是R基团的构象或者取向不一致

R基和文献一样使用的正丙基，那老师，取向不一致的话应该怎么改呢

作者
Author: fatpig 时间: 2022-7-7 17:20
很明显，你是想优化IM4，但优化出了IM5+ROH，这两个能量这么接近，很正常吧。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-7 17:38

liuxianbo 发表于 2022-7-7 09:55
R基和文献一样使用的正丙基，那老师，取向不一致的话应该怎么改呢

做构象搜索，或者发邮件问作者要完整的结构坐标

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-8 14:51

fatpig 发表于 2022-7-7 17:20
很明显，你是想优化IM4，但优化出了IM5+ROH，这两个能量这么接近，很正常吧。

是的，就是想看怎样才能优化出IM4

作者
Author: liuxianbo 时间: 2022-7-8 14:52

wzkchem5 发表于 2022-7-7 17:38
做构象搜索，或者发邮件问作者要完整的结构坐标

好的，谢谢老师

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