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标题: Dmol3预测MOF材料吸附CO2--如何模拟晶体通道中个位置的静电势 [打印本页]

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2016-4-19 15:48
标题: Dmol3预测MOF材料吸附CO2--如何模拟晶体通道中个位置的静电势

我想做和文献类似的工作，首先优化了Cu-MOF的结构，问题是：
1. 下一步这个静电势分析是如何得到的？
2. 文献中加入了18个周期性CO2分子，请问这是如何操作的？
请教各位老师。

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2016-4-19 16:20
@卡开发发老师，看到您的帖子关于这方面比较专业，求您指点一下

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-4-20 10:18

哈哈宝发表于 2016-4-19 16:20
@卡开发发老师，看到您的帖子关于这方面比较专业，求您指点一下

1、在性质计算中勾选Elecrostatics即可，分析的时候在Analysis->Potentials->impose导出格点数据到xsd，之后建立slice调整map的颜色即可，如果要调整slice的范围，可以在Display Style->Filed里面把xyz的range调整一下；
2、我不知道你指的18个周期性的CO2分子是什么情况，可以把文献上传看看；
额外的几点建议：
1、如果能够确定吸附前后体系都是非磁性的话，可以不考虑自旋极化计算；
2、如果吸附前后都具有对称性，那么可以尽可能使用对称性来进行加速；
3、体系还有d轨道，Multipolar Expansion采用Hex会比较好；
4、现在看不出你的k点如何设置的，你应该测试一下，大致在1~3应该差不多，如果取偶数的话最好对K格点进行平移使之过Gamma比较好；
5、smearing最好减小一些，否则能量计算不是很准确；
6、目前大趋势看PW91-OBS认可程度远不及PBE-D2。

我倒是觉得可以这种空体积不大的体系可以试试平面波的方法，必要的话可以考虑DFT+U来描述Cu，DMol3没法很好地优化晶格。

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2016-4-20 13:42
本帖最后由哈哈宝于 2016-4-20 13:47 编辑

非常感谢卡开发发老师。我是菜鸟一个。
该图就是作者说加入了18个周期的CO2，来预测位点，认为在Co原子附近。我觉的我的体系和这个差不多，应该也在Cu的附近吸附CO2

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-4-20 15:19

哈哈宝发表于 2016-4-20 13:42
非常感谢卡开发发老师。我是菜鸟一个。
该图就是作者说加入了18个周期的CO2，来预测位点，认为在Co原子附 ...

作者可能是利用了对称性来建立模型的，我倒是建议你可以先把结构转化成原胞（primitve cell）看看有几个不等价的Cu的site，然后再看下一步处理。

你也可以把结构发过来瞧一下。

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2016-4-21 08:23
@开发卡卡老师，我晶体的原始cif文件如下。
1. 我觉得没有对称性，primitive cell那项是灰色的，无法转换。
2. 我直接用cif结构在win上做Elecrostatics，失败了。
3. 我安装在Linux上了，但是无法从win上直接file transfer，所以就把save file产生的文件都自己上传到服务器上了，然后用RunDMol3 -np 8 1.input&计算，但是立刻显示信息1，启动了DMol3，我打开了input.err，显示出错信息2，没有坐标，该如何解决？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-4-21 12:40
本帖最后由卡开发发于 2016-4-21 14:34 编辑

哈哈宝发表于 2016-4-21 08:23
@开发卡卡老师，我晶体的原始cif文件如下。
1. 我觉得没有对称性，primitive cell那项是灰色的，无法转换 ...

1、对称性是有的，不过可能原胞就是单胞，找完对称性之后在一个site上话其他的对称就会显示出来，但是CO2吸附在什么样的位置你得自己考虑一下；
2、SCF没收敛是自然不会计算Electrostatic的，你这样，你先保持其他计算参数，把density mix的charge降到0.05，我试了一下可以收敛，结构优化过后再降低现有的smearing；
3、要上传文件夹，直接再文件夹运行RunDMol3就行，比如car文件等是隐藏文件。

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2016-4-21 14:38
@开发卡卡老师，谢谢您的回复，我放宽tolerance找到对称性为C2，之后得到原胞是这样的，我想再重新优化一下，计算Electrostatic，看看能不能找到经典是能较大的部分，确定CO2的吸附位置，不知道这样的做法对不对？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-4-21 16:26

哈哈宝发表于 2016-4-21 14:38
@开发卡卡老师，谢谢您的回复，我放宽tolerance找到对称性为C2，之后得到原胞是这样的，我想再重新优化一 ...

不建议对称性的tolerance放得太宽，有可能不可靠，实在不行你就单胞做就行了。

作者
Author: 哈哈宝 时间: 2016-4-21 17:00
好的，谢谢老师！

作者
Author: wyqms 时间: 2022-7-7 14:31

卡开发发发表于 2016-4-20 10:18
1、在性质计算中勾选Elecrostatics即可，分析的时候在Analysis->Potentials->impose导出格点数据到xsd， ...

老师您好，关于这个静电势分析，castep能计算吗，如果可以的话怎么得到呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-7-8 07:47

wyqms 发表于 2022-7-7 14:31
老师您好，关于这个静电势分析，castep能计算吗，如果可以的话怎么得到呢

可以算，应该在Properties-Potential还是具体哪个性质你可能找找看。

作者
Author: 文申的量子化学 时间: 2022-7-15 18:24

卡开发发发表于 2022-7-8 07:47
可以算，应该在Properties-Potential还是具体哪个性质你可能找找看。

卡老师我有个疑问，就是scf收敛误差4mev/atom怎么看啊

作者
Author: 文申的量子化学 时间: 2022-7-15 18:25

文申的量子化学发表于 2022-7-15 18:24
卡老师我有个疑问，就是scf收敛误差4mev/atom怎么看啊

就是比这个标准小，该在那看啊

作者
Author: wyqms 时间: 2022-7-19 10:11

卡开发发发表于 2022-7-8 07:47
可以算，应该在Properties-Potential还是具体哪个性质你可能找找看。

老师您好，我看了这篇论文有几个小问题想要请教，因为只是个小疑惑就不开贴子，直接在这咨询您了。这篇论文提到用高斯计算电荷后，同类型进行平均，然后再应用到整体，这个操作是怎么进行的呢，而且论文构建的片段中用来替换和补齐的原子其电荷如果不考虑的话，那么返回到整体的电荷应该会导致整体不呈现电中性吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-7-19 13:43

wyqms 发表于 2022-7-19 10:11
老师您好，我看了这篇论文有几个小问题想要请教，因为只是个小疑惑就不开贴子，直接在这咨询您了。这篇论 ...

你提到的文中细节我不太明确，也不是我所擅长的问题，建议咨询其他老师。

作者
Author: wyqms 时间: 2022-7-19 13:54

卡开发发发表于 2022-7-19 13:43
你提到的文中细节我不太明确，也不是我所擅长的问题，建议咨询其他老师。

感谢老师回复，我主要是想知道这个图片上说的方法是指什么。

作者
Author: 526125393 时间: 2024-5-8 21:02
我想请教一下这个最开始的MOF晶胞是怎么建立的啊我cif导入特别大用MS软件精简那个也很大自己一点点删出来最后成为一个团簇不知道怎么建成晶胞

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