计算化学公社

标题: xtb限制性搜索构象出问题,没法冻结原子 [打印本页]

作者
Author:
夜千    时间: 2022-7-7 13:49
标题: xtb限制性搜索构象出问题,没法冻结原子
各位老师好,我利用xtb进行构象搜索,需固定60%以上原子,输入文件为
$md
temp= 400  
time= 100.0  
dump= 50.0  
step= 1.0  
hmass=1  
shake=1  
$fix
atoms:1-214,239
force constant=0
$end

其中,输出文件如下。下方的大体系就是我固定部分,但是一直在震荡,请问哪里写错了呢


作者
Author:
CYQ@    时间: 2022-8-23 21:24
XTB好像跑md没法固定,优化可以固定,但是可以用强限制达到固定效果
作者
Author:
WaterMirror    时间: 2024-11-13 21:32
CYQ@ 发表于 2022-8-23 21:24
XTB好像跑md没法固定,优化可以固定,但是可以用强限制达到固定效果

您好,请问什么叫强制限制呢?是fix关键词吗?这个跑MD就会自动失效呀好像。
作者
Author:
低头问花花不语    时间: 2025-7-30 15:47
MD需要用constrian关键词,结构优化可以用fix




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3