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标题: 离子溶液使用pdb2gmx命令报错该怎么处理 [打印本页]

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cjg    时间: 2022-7-7 17:54
标题: 离子溶液使用pdb2gmx命令报错该怎么处理
使用的是oplsaa力场,报错后看手册说是要添加新的残基类型(MOL),具体过程不知道如何进行

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牧生    时间: 2022-7-7 20:25
本帖最后由 牧生 于 2022-7-7 20:30 编辑

几乎可以解决一切问题
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对抗路达摩    时间: 2022-7-7 23:59
不要瞎用pdb2gmx,基本只有天然氨基酸能保证可以用pdb2gmx,其他都很有可能不行
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sobereva    时间: 2022-7-8 04:15
必须搞清楚pdb2gmx的原理再去用,很多人居然以为pdb2gmx是个万能的黑箱,属于没有pdb2gmx的最基本常识
只有当输入的结构文件里的所有残基在rtp文件里都定义了,才能用pdb2gmx产生拓扑文件
GROMACS里自带的力场自带的rtp里基本只有标准氨基酸和核苷酸的残基,以及极个别小分子(如水分子)、离子的定义

小分子拓扑文件怎么产生看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
若无特殊情况都建议用sobtop

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cjg    时间: 2022-7-8 11:37
sobereva 发表于 2022-7-8 04:15
必须搞清楚pdb2gmx的原理再去用,很多人居然以为pdb2gmx是个万能的黑箱,属于没有pdb2gmx的最基本常识
只 ...

万分感谢sob老师
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cjg    时间: 2022-7-8 11:38
牧生 发表于 2022-7-7 20:25
几乎可以解决一切问题
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谢谢 谢谢




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