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标题: vmd电荷和Quicksurf出来的结果该怎样理解 [打印本页]

作者
Author: lgk890124 时间: 2016-4-19 16:11
标题: vmd电荷和Quicksurf出来的结果该怎样理解
导入PDB同时导入psf文件。
voloring method 选择Charge，
Drawing method 选择Quicksurf，

VMD出来的color bar的单位为电荷e。
看了Sob 的“使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布” http://sobereva.com/196
感觉做出来的图不应该叫做electrostatic potential，因为electrostatic potential是是要解PB方程。
由于力场的问题，我无法用APBS来求解PB方程，也只能用这个来做电荷的显示问题

。 (, 下载次数 Times of downloads: 18) 这样做出来的图改怎么理解？英文应该叫什么？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-19 16:51
你的理解不对。我博文里那个就叫静电势，严格无误。

分子体系静电势的公式见这些文章http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219

静电势计算方法很多。量子化学上严格计算那个静电势的公式是通过核吸引势积分来计算，Multiwfn里面也是这么算的。有些量化程序计算静电势的时候为了降低耗时，才通过PB形式近似求解距离核较远的区域静电势。而那些分子力学程序，由于本身没有电子密度的概念，而且往往还需要考虑溶剂环境，才把原子电荷近似展开成基于格点的密度分布来做PB迭代计算得到气相或溶剂下的静电势。

你现在作的图没有明确物理意义，不是表面静电势图。quicksurf是用来显示分子表面的，charge方式着色只不过是按照原子电荷数值来对表面进行着色。

作者
Author: lgk890124 时间: 2016-4-19 17:03

sobereva 发表于 2016-4-19 16:51
你的理解不对。我博文里那个就叫静电势，严格无误。

分子体系静电势的公式见这些文章http://bbs.keinsci ...

谢谢，我好好看看您给的链接

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