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标题: 求助MESMER并行版在linux上编译相关问题 [打印本页]

作者
Author: qiqi7 时间: 2022-7-9 16:04
标题: 求助MESMER并行版在linux上编译相关问题
各位老师好！最近我尝试在linux集群上编译MESMER，但是遇到了一些困难。下面是关于编译环境的一些细节。
slurm version：21.08
gcc version: 10.3.0 configure: ../configure --prefix=/opt/gcc/10.3.0 --disable-multilib --with- gmp=/opt/gnu/gmp/6.2.1 --with-mpfr=/opt/gnu/mpfr/4.1.0 --with-mpc=/opt/gnu/mpc/1.2.1
openmpi version: 4.1.0
MESMER version: Mesmer v6.1
安装过程中，上述所有均通过超算上的module工具加载。在官网上下载源码后，按照手册对其Makefile做了如下修改（增加mpi库和头文件）
LIBS := ../tinyxml/tinyxml.a ../qd/src/lib/libqd.a -L/opt/openmpi/4.1.0/gcc/10.3.0/lib -lmpi
INCS := -I../tinyxml/ -I../qd/include -I/opt/openmpi/4.1.0/gcc/10.3.0/include -pthread
然后按照手册通过运行BuildParallel.sh编译MESMER。编译过程中除了一些警告外，没有发现任何编译错误。但是，当我运行用于测试的示例时，出现了一些像这样的奇怪信息
[cnode001:52645] mca_base_component_repository_open: unable to open mca_coll_hcoll: libibcm.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)
虽然有上述奇怪的报错，但是检查输出文件发现得到了正确的结果，并行也正常。看起来是缺了某些库，尝试google由于水平受限没有找到解决方法。请问如上情况会影响程序的运行吗？该如何解决？
以下是makefile
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
以下是slurm输出：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: abin 时间: 2022-7-9 20:47
本帖最后由 abin 于 2022-7-9 20:54 编辑

让你的openMPI支持IB网络即可。

另外，如果你们的IB工作外以太网模式，可以忽略以上提示信息。
以及，你的并行仅在单机跑的话，也可以忽略以上的提示信息。

设定恰当的话，单机多核心并行，
可以走lo接口，效率更高。

作者
Author: qiqi7 时间: 2022-7-11 00:22

abin 发表于 2022-7-9 20:47
让你的openMPI支持IB网络即可。

另外，如果你们的IB工作外以太网模式，可以忽略以上提示信息。

感谢回复！

作者
Author: 独行浪人 时间: 2024-7-10 09:32
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