计算化学公社

标题: CP2K-singularity镜像分享 [打印本页]
作者
Author: djjj148    时间: 2022-7-12 23:29
标题: CP2K-singularity镜像分享
本帖最后由 djjj148 于 2023-7-12 15:07 编辑

*********************2023.7.12更新****************************************

之前发的链接过期了，现重新上传了7.1-2023.1的avx2版本
我用夸克网盘分享了「cp2k镜像」，点击链接即可保存。打开「夸克APP」，无需下载在线播放视频，畅享原画5倍速，支持电视投屏。
链接：https://pan.quark.cn/s/64aa03464903
提取码：Hh7Y
*********************2023.7.12更新****************************************



7.1-2023.1，全是avx2版本的，经测试发现avx2的镜像可以在avx512的机器上跑且速度没有任何差别。没有分享8.1版本，因为速度比其他版本慢了太多，不建议大家用。


镜像的制作和使用方法见帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html

值得一提的是目前官方已经开始在docker上传镜像，可以直接pull下来,通过使用上述帖子介绍的方法编辑后变成我分享的这种镜像
https://hub.docker.com/r/cp2k/cp2k/tags



提取码：ThyJ

作者
Author: neocc    时间: 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢？
作者
Author: ball2006    时间: 2022-7-13 19:40
楼主可否放到阿里云盘一份呢？夸克还得扫描注册才能下载
作者
Author: abin    时间: 2022-7-13 20:39
或者，使用官方源码中的Dockerfile，自己build 一下就有了。
可能需要网络……

有特殊调试和优化的话，需要修改dockerfile 。

楼上也提到了，官方镜像pull一下就有……

一般情况下，比网盘速度快。
作者
Author: abin    时间: 2022-7-13 20:39
neocc 发表于 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢？

CSDN hpc4you 也许那些文字，能给你思路。
作者
Author: wth1219    时间: 2022-7-14 01:30
neocc 发表于 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢？

将相应的基组、赝势文件与输入文件置于同一目录下，在输入文件的BASIS_SET_FILE_NAME、POTENTIAL_FILE_NAME两个关键词后指定相应的基组、赝势文件的名称即可。输入文件所在的目录是CP2K最优先读取的位置。
作者
Author: wth1219    时间: 2022-7-14 01:30
ball2006 发表于 2022-7-13 19:40
楼主可否放到阿里云盘一份呢？夸克还得扫描注册才能下载

我已下载楼主好心分享的镜像文件，也有阿里云盘空间可供分享，但需首先征求楼主的意见，不知其是否允准。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-7-14 07:46
夸克网盘挺抠门的，刚注册时大，后来就只给10GB了，因此被我弃了，我现在都用阿里网盘
作者
Author: djjj148    时间: 2022-7-14 09:33
阿里云盘我也用过，当时只给我100G，我就用给1T的夸克了，没想到夸克现在只给10G。大家如果把镜像转到阿里盘上了也欢迎分享出来。

另外，夸克用微信一扫就可以登录，也挺方便，下载我发的镜像也够了。
作者
Author: wth1219    时间: 2022-7-14 13:06
djjj148 发表于 2022-7-14 09:33
阿里云盘我也用过，当时只给我100G，我就用给1T的夸克了，没想到夸克现在只给10G。大家如果把镜像转到阿里 ...

多谢楼主慷慨授权！我傍晚时分将其转存至阿里云盘分享出来。
（今天没有能量了，尴尬……只能等明天了……）

另外向您咨询一个问题，我在使用9.1和2022.1版本镜像的时候，每一个离子步前均会出现关于ELPA的报错：
WARNING in fm/cp_fm_elpa.F:521 :: Setting real_kernel for ELPA failed

不知道这是什么层面上的问题、是否影响计算结果和稳定性？（尤其是在使用rVV10_kernel_table.dat进行rVV10校正的时候。）谢谢！
作者
Author: highlight    时间: 2022-7-14 13:15
wth1219 发表于 2022-7-14 13:06
多谢楼主慷慨授权！我傍晚时分将其转存至阿里云盘分享出来。
（今天没有能量了，尴尬……只能等明天了… ...

你的机器是 avx512 的吧，仔细看看前面是不是还有个
  1. *** HINT in environment.F:869 :: The compiler target flags (x86_avx2)     ***
  2. *** used to build this binary cannot exploit all extensions of this CPU   ***
  3. *** model (x86_avx512). Consider compiler target flags as part of FCFLAGS ***
  4. *** and CFLAGS (ARCH file).  
复制代码


你可以试试用 http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html 里的沙盒模式重新 make 一次，或许能解决
我还是是习惯编译传统的静态版，使用的方法是把报错的部分注释掉，比如
1）注释掉 src/environment.F 的 867-973 行
  1. #        IF (cpuid_static < cpuid) THEN
  2. #           ! base/machine_cpuid.c relies on the (same) target flags as the Fortran code
  3. #           CALL cp_hint(__LOCATION__, "The compiler target flags ("// &
  4. #                        TRIM(m_cpuid_name(cpuid_static))//") used to build this binary cannot exploit "// &
  5. #                        "all extensions of this CPU model ("//TRIM(m_cpuid_name(cpuid))//"). "// &
  6. #                        "Consider compiler target flags as part of FCFLAGS and CFLAGS (ARCH file).")
  7. #        END IF
复制代码

2）改变 srcfm/cp_fm_elpa.F 的 208-222 行 DEFAULT
  1. CASE DEFAULT
  2. #              elpa_kernel = ELPA_2STAGE_REAL_AVX512_BLOCK4
  3.                 elpa_kernel = ELPA_2STAGE_REAL_AVX2_BLOCK4
  4.             END SELECT
复制代码
作者
Author: wth1219    时间: 2022-7-14 13:20
highlight 发表于 2022-7-14 13:15
你的机器是 avx512 的吧，仔细看看前面是不是还有个

您好，感谢您的指教！

我查了一下，我用的那台节点的确是avx512的，输出文件中也有您说的那个HINT。学校集群大部分节点是avx2的，就那么几台新的avx512的被我给碰到了，改用avx2的节点就没有那个WARNING了。
作者
Author: wth1219    时间: 2022-7-14 17:38
本帖最后由 wth1219 于 2022-7-14 17:47 编辑

实在抱歉，本想将楼主好心分享在夸克网盘中的镜像文件转存至阿里云盘分享，但操作之后发现无论是原始压缩包还是解压之后的镜像文件均被提示“无法分享”（见下图）、不知何故，还请知道解决方案的师友不吝赐教。谢谢！


作者
Author: waitingseven    时间: 2022-7-14 17:46
感谢分享，目前在用楼主之前分享的avx512的8.2版本，不知道最新版的速度有提升吗
作者
Author: djjj148    时间: 2022-7-14 19:08
waitingseven 发表于 2022-7-14 17:46
感谢分享，目前在用楼主之前分享的avx512的8.2版本，不知道最新版的速度有提升吗

简单且不严谨的测试过，9.1的速度最快
作者
Author: neocc    时间: 2022-7-14 20:45
wth1219 发表于 2022-7-14 01:30
将相应的基组、赝势文件与输入文件置于同一目录下，在输入文件的BASIS_SET_FILE_NAME、POTENTIAL_FILE_NA ...

好的，谢谢老师的指导
作者
Author: ljc050512    时间: 2022-7-15 10:45
非常感谢楼主的分享！我在使用的时候遇到了一个问题：我用root账号把cp2k91_avx2.sif放到了/opt目录下，输入文件test也放到了同一个目录下，使用运行脚本运行报错：提示找不到输入文件。请问老师这个怎么解决呢？
*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/    The specified OLD file </opt/test.inp> cannot be opened. It does  *
*    |             not exist. Data directory path: /opt/cp2k-9.1/data         *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                                   common/cp_files.F:395 *
*******************************************************************************
作者
Author: neocc    时间: 2022-8-8 09:34
ljc050512 发表于 2022-7-15 10:45
非常感谢楼主的分享！我在使用的时候遇到了一个问题：我用root账号把cp2k91_avx2.sif放到了/opt目录下，输 ...

把/opt映射给singularity

singularity exec --bind  /opt        /opt/cp2k91.sif     cp2k.popt -i /opt/cp2k.inp -o /opt/cp2k.out
作者
Author: ljc050512    时间: 2022-8-8 19:25
neocc 发表于 2022-8-8 09:34
把/opt映射给singularity

singularity exec --bind  /opt        /opt/cp2k91.sif     cp2k.popt -i / ...

谢谢！我去试试看。
作者
Author: Zhangpc    时间: 2022-8-11 16:42
您好，想请教您：我在管理节点顺利运行，但是在计算节点报错：[proxy:0:0@node32] HYDU_create_process (../../utils/launch/launch.c:811): execvp error on file singularity (No such file or directory)。管理节点的singularity是yum安装，计算节点好像找不到singularity，是不是应该源码装一个singularity，再在计算节点上指定路径呢，谢谢
作者
Author: djjj148    时间: 2022-8-12 10:33
Zhangpc 发表于 2022-8-11 16:42
您好，想请教您：我在管理节点顺利运行，但是在计算节点报错： HYDU_create_process (../../utils/launch/l ...

在每个计算节点上yum安装，如果计算节点不联网，走管理节点的网络代理
作者
Author: ghifi37    时间: 2022-8-14 19:04
本帖最后由 ghifi37 于 2022-8-14 21:19 编辑

请问楼主是不是没编译libxc？我用PBE正常运行，用到libxc的就报unknown subsection LIBXC of section XC_FUNCTIONAL。直接docker pull 的也报相同错。但总觉得不应该啊，自己用toolchain编译的和官网的cp2k.ssmp都能用libxc。

弄明白了，我的错，cp2k从8到2022更改了相关输入文件的格式。

作者
Author: nianbin    时间: 2022-9-21 11:20
哥哥 使用方法能不能详细介绍下 比如SIF文件复制到哪里，怎么执行mpirun，谢谢
作者
Author: abin    时间: 2022-9-21 16:26
nianbin 发表于 2022-9-21 11:20
哥哥 使用方法能不能详细介绍下 比如SIF文件复制到哪里，怎么执行mpirun，谢谢

你可以看看鄙人写的一个简介。

http://t.csdn.cn/M5zUq
作者
Author: 12342234    时间: 2022-10-14 11:45
向大家请教一下我用singularity exec --bind /home /soft/cp2k/cp2k71.sif 命令运行CP2K后遇见的问题：
/run/media/root目录下会产生很多disk*的文件夹（内部为镜像的文件夹），1是否可以删除 2是否可以避免再次产生这种文件夹
作者
Author: djjj148    时间: 2022-10-26 11:20
2022.2出了，做成镜像后随便用一个中等计算量的inp测试了一下，发现比2022.1还慢。本来2022.1就比9.1慢一点。

测试可能不严谨，结果仅供参考

作者
Author: nianbin    时间: 2022-11-9 20:52
请问下有了这个镜像 接下来该怎么进行安装以及使用呀
作者
Author: neocc    时间: 2022-11-17 01:19
能否麻烦楼主尝试制作一个ubuntu20.04版的singularity的cp2k2022.2版sif镜像。

因为ubunt默认的dash好多坑，直接拿centos发行版制作的sif镜像还不能直接用
作者
Author: djjj148    时间: 2022-11-17 08:48
neocc 发表于 2022-11-17 01:19
能否麻烦楼主尝试制作一个ubuntu20.04版的singularity的cp2k2022.2版sif镜像。

因为ubunt默认的dash好多 ...

已在首页更新，可自取~
作者
Author: yaoyuan0711    时间: 2023-4-11 14:30
膜拜大神！请问将你最终编译好的sif镜像文件上传到系统（无root权限）后，直接用脚本提交任务就能用了吗？应该从你这个帖子的哪一步开始？http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25773&fromuid=15641
作者
Author: djjj148    时间: 2023-4-14 08:49
yaoyuan0711 发表于 2023-4-11 14:30
膜拜大神！请问将你最终编译好的sif镜像文件上传到系统（无root权限）后，直接用脚本提交任务就能用了吗？ ...

上传和使用sif无需root

安装singularity才需要root

从使用sif开始
作者
Author: zorow    时间: 2023-6-27 22:48
网盘链接好像失效了 LZ可否再分享一下？
作者
Author: nianbin    时间: 2023-7-11 20:53
文件已被删除
作者
Author: GoldenBaby    时间: 2023-7-12 10:13
借楼分享一下2023.1，不过好像有些功能跟2022.2相比有变化，sob培训给的输入文件不太能用
链接：https://pan.baidu.com/s/1RHL2zd5qNNJmsvATd0vGZQ?pwd=x224
提取码：x224
作者
Author: djjj148    时间: 2023-7-12 15:07
zorow 发表于 2023-6-27 22:48
网盘链接好像失效了 LZ可否再分享一下？

重新上传了
作者
Author: djjj148    时间: 2023-7-12 15:08
nianbin 发表于 2023-7-11 20:53
文件已被删除

重新上传了
作者
Author: nianbin    时间: 2023-7-13 19:54
djjj148 发表于 2023-7-12 15:08
重新上传了

您好 提示提取码错误
作者
Author: djjj148    时间: 2023-7-14 14:33
nianbin 发表于 2023-7-13 19:54
您好 提示提取码错误

ctrl + A
作者
Author: dtsfz    时间: 2023-8-11 12:49
目前使用的2023版本，想看看9.1的速度如何
作者
Author: dtsfz    时间: 2023-8-11 12:55
楼主可否发下提取码
作者
Author: djjj148    时间: 2023-8-11 21:03
dtsfz 发表于 2023-8-11 12:55
楼主可否发下提取码

ctrl + A
作者
Author: dtsfz    时间: 2023-8-19 22:54
djjj148 发表于 2023-8-11 21:03
ctrl + A

没有看懂
作者
Author: lll123    时间: 2024-4-17 10:21
ghifi37 发表于 2022-8-14 19:04
请问楼主是不是没编译libxc？我用PBE正常运行，用到libxc的就报unknown subsection LIBXC of section XC_FU ...

你好。我也遇到了这个问题。请问怎么解决的（是2022.2版本的cp2k）
作者
Author: ghifi37    时间: 2024-4-18 14:38
lll123 发表于 2024-4-17 10:21
你好。我也遇到了这个问题。请问怎么解决的（是2022.2版本的cp2k）

原贴后半句：
cp2k从8到2022更改了相关输入文件的格式。



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