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标题: NMR计算关于revTPSS问题的求助 [打印本页]

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-7-13 16:18
标题: NMR计算关于revTPSS问题的求助
各位老师好，
我目前想要做的工作为：高斯模拟香豆素-3-羧酸的NMR数据并和实验数据比较
我再读了sob老师的文章后http://sobereva.com/623，想要尝试采用revTPSS/pcSseg-1计算，但是我看这个泛函属于meta-GGA，我在输入文件中应该怎么设置呢？
我的输入文件和报错结果在压缩包中
跪求大佬帮助
#p nmr revTPSS/gen pop=full scrf=(SMD,solvent=DMSO)

Title Card Required

0 1
C                3.69583200 -0.30527000 0.00017000
C                2.63115800 -1.19213300 0.00002700
C                1.33765700 -0.67859700 -0.00012300
C                1.09447700 0.69993100 -0.00021100
C                2.19198400 1.57689700 -0.00007200
C                3.48130300 1.07970800 0.00014600
H                4.70963500 -0.69270500 0.00028300
H                2.77680600 -2.26637500 0.00005300
C                -0.27409600 1.12921100 -0.00023100
H                2.00866000 2.64735800 -0.00008200

。。。

基组信息从basis上下载的

%nprocl=1
Will use up to 1 processors via Linda.
%nprocs=28
Will use up to 28 processors via shared memory.
%chk=opt.chk
---------------------------------------------------
#p nmr revTPSS/gen pop=full scrf=(SMD,solvent=DMSO)
---------------------------------------------------
QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
#p nmr revTPSS/gen pop=full scrf=(SMD,so
      '
Last state= "DFT"
TCursr=    97885 LCursr=       7
Error termination via Lnk1e in /data/home/liyannk/g16/G16-A03/g16/l1.exe at Wed Jul 13 16:16:45 2022.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.1 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-13 16:22
http://sobereva.com/623 第4节明明已经告诉你了

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-7-13 16:29

hebrewsnabla 发表于 2022-7-13 16:22
http://sobereva.com/623 第4节明明已经告诉你了

哦哦哦，是的是的，谢谢您，是我的问题

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-7-13 17:02
本帖最后由 halouhapily 于 2022-7-13 17:04 编辑

hebrewsnabla 发表于 2022-7-13 16:22
http://sobereva.com/623 第4节明明已经告诉你了

老师，我模拟采用的有机溶剂为DMSO-d6，模拟结果和实验数据（见图1）差距很大，我为了解决这个问题尝试了以下方法，但是结果并不理想：
1、标度法，但在sob推荐的标度参数的网站http://cheshirenmr.info上没有找到DMSO的标度参数。
2、revTPSS/pcSseg：计算结果和实验数据依旧很大（见图2）
3、B3LYP/6-311+G(2d,p)：这个基组组合是我在很老的文章中找到的（计算DMSO），通过高斯view自带的修正之后与实验结果相差的少了些，但是我看高斯自带的修正以TMS为内标，我实验中没有加TMS，是不是结果会有误差。（见图3）

作者
Author: KangJiaxin 时间: 2022-7-13 17:48

halouhapily 发表于 2022-7-13 17:02
老师，我模拟采用的有机溶剂为DMSO-d6，模拟结果和实验数据（见图1）差距很大，我为了解决这个问题尝试了 ...

用同样的方法计算TMS的NMR，用输出文件中对应的TMS中H的各向同性的磁屏蔽张量减去你目标化合物的H的各向同性磁屏蔽张量再看数据差多少。同时你可以试试B97-2泛函结合pcSseg系列，或者在ORCA中用DSD-PBEP86双杂化泛函结合pcSseg系列基组计算TMS和你目标化合物的NMR。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-13 17:55
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-7-13 17:56 编辑

你用revTPSS也要减去参比物的shift。这些在博文里面说得都很清楚

他们是用的最普通的NMR计算方式，即优化极小点，算各项同性磁屏蔽值，将TMS与当前体系的值相减折算成化学位移然后和实验对照。

鉴于用B3LYP/6-31G*在真空下优化，然后用revTPSS/pcSseg-1在IEFPCM描述的氯仿算氢和碳的NMR非常有价值，笔者已经将Gaussian 16下这个情况的参考物质TMS的碳和氢的磁屏蔽值纳入到《使用Multiwfn绘制NMR谱》（http://sobereva.com/565）介绍的Multiwfn的功能里了（从2021-Oct-23更新的版本开始），

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-14 06:42
B3LYP/6-311+G(2d,p)没有任何使用意义
不要乱用“修正”这个词，和参考物质的值求差那叫获得化学位移。搞清楚化学位移的标准计算方式是什么

另外，gview显示的NMR氢谱用的展宽函数明显不合理，建议用Multiwfn，仔细看
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-7-15 15:13

sobereva 发表于 2022-7-14 06:42
B3LYP/6-311+G(2d,p)没有任何使用意义
不要乱用“修正”这个词，和参考物质的值求差那叫获得化学位移。搞 ...

谢谢sob老师的指点，感谢

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-7-15 15:14

hebrewsnabla 发表于 2022-7-13 17:55
你用revTPSS也要减去参比物的shift。这些在博文里面说得都很清楚

好的老师，我认真学习一下

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2022-7-15 15:21

halouhapily 发表于 2022-7-13 17:02
老师，我模拟采用的有机溶剂为DMSO-d6，模拟结果和实验数据（见图1）差距很大，我为了解决这个问题尝试了 ...

怎么可能没有DMSO的标度

Table #5 - Dimethylsulfoxide: 1H and 13C scaling factors for 10 gas and solvent phase DFT methods in G09

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-15 15:25

halouhapily 发表于 2022-7-13 10:02
老师，我模拟采用的有机溶剂为DMSO-d6，模拟结果和实验数据（见图1）差距很大，我为了解决这个问题尝试了 ...

实验1H NMR化学位移的定义就是你的物质的屏蔽值和TMS的屏蔽值之差乘以10^6 ppm，这个定义不以你实验是否加了TMS为转移。所以即便你实验没加TMS，也要算TMS。另外根据理论级别必须统一的要求，TMS必须和你计算你的物质的理论级别一致。

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-7-15 21:38

wzkchem5 发表于 2022-7-15 15:25
实验1H NMR化学位移的定义就是你的物质的屏蔽值和TMS的屏蔽值之差乘以10^6 ppm，这个定义不以你实验是否 ...

明白了老师，是不是说如果我想根据标准的NMR计算方法就需要计算在有机溶剂的TMS的屏蔽值，但是为什么实验测试老师说如果我用DMSO没有加TMS，就是用的溶剂本身的内标呢？是不是还是说明有差别呢？
我刚开始接触NMR，还请老师多多指点，

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-16 00:10

halouhapily 发表于 2022-7-15 14:38
明白了老师，是不是说如果我想根据标准的NMR计算方法就需要计算在有机溶剂的TMS的屏蔽值，但是为什么实验 ...

那个意思是：前人已经用加过TMS的DMSO-d6测过了，当把TMS定为0ppm时，DMSO-d6的溶剂峰在比如说2.5ppm（我随便说的）。因此实验测试老师不加TMS，但把DMSO-d6的溶剂峰直接定为2.5ppm，于是即使不加TMS也起到了和加TMS几乎一样的效果。之所以说几乎一样，是因为DMSO-d6溶了样品以后DMSO-d6的溶剂峰会有移动，但一般移动很小，例如在0.02ppm以内，所以大家也就不太care了。

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-11-30 20:00

wzkchem5 发表于 2022-7-16 00:10
那个意思是：前人已经用加过TMS的DMSO-d6测过了，当把TMS定为0ppm时，DMSO-d6的溶剂峰在比如说2.5ppm（我 ...

感谢老师指点，我还有一个问题想要请教老师，
我的目的是：模拟样品的NMR谱图。
前提是：我已经得到样品的单晶结构了。
问题：我现在不太明了的是我在模拟样品的NMR数据时，应该采用限制性优化晶体一个重复性单元的结构呢（固定重原子），还是放开限制来优化气体中的结构？
因为我想在测试核磁时，需要用有机溶剂把想要测量的粉体溶解掉（我用的氘代DMSO来溶解稀土配合物），溶解之后结构是不是就变了，不再是晶体的二级结构了？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-30 20:16

halouhapily 发表于 2022-11-30 13:00
感谢老师指点，我还有一个问题想要请教老师，
我的目的是：模拟样品的NMR谱图。
前提是：我已经得到样 ...

优化溶液里的结构，核磁用什么溶剂测的，就用什么溶剂，但氘代溶剂在计算时可以替换成对应的氢代溶剂。如果实验已知这个分子在溶液里有聚集现象，那就在溶液里优化聚集体的结构。一般来说，除非是电子结构很特殊的体系，否则溶液结构和晶体结构的差别还是比DFT方法的误差要大的。
此外必须做构象搜索，因为溶液里的优势构象很可能和晶体里不一样，而且优势构象未必只有一个，可能无论哪个构象单独都和实验核磁对不上，必须做Boltzmann平均才能对上

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-12-2 09:51

wzkchem5 发表于 2022-11-30 20:16
优化溶液里的结构，核磁用什么溶剂测的，就用什么溶剂，但氘代溶剂在计算时可以替换成对应的氢代溶剂。如 ...

谢谢老师的指点，学习到了很多

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