计算化学公社

标题: 关于ALIE与电荷之间关系问题 [打印本页]

作者
Author: 牛文文 时间: 2022-7-13 21:09
标题: 关于ALIE与电荷之间关系问题
本帖最后由牛文文于 2022-7-13 21:09 编辑

各位老师好，我目前在通过分析电子结构判断该分子的的N能否被质子化。首先利用DFT（根据相似文献选择了wB97XD/6-31g(d,p))进行结构优化并利用ALIE分析了亲电位点。发现在优化好的结构中分子上的N原子的RESP电荷为0.22, ALIE显示N并不是亲电位点。之后老师让我尝试跑分子动力学看看在有显式溶剂情况下选出几个结构看能否有不同结果。

下面两图为从模拟结果中挑选出的分子结构，用相同水平只做了单点计算得到波函数信息并分析，发现图2 N的原子电荷为-0.28，但此处N并不是亲电位点；而图3中的N原子电荷为0.18，却显示为亲电位点。感觉这一个现象和化学常识有些不符，但是不知道如何解释，希望得到各位老师指点
(, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-14 07:27
对于判断质子化位点，静电势远比ALIE合适得多。虽然ALIE也有一定意义，但只考虑一个函数的话绝对是用静电势

作者
Author: 牛文文 时间: 2022-7-14 11:49

sobereva 发表于 2022-7-14 07:27
对于判断质子化位点，静电势远比ALIE合适得多。虽然ALIE也有一定意义，但只考虑一个函数的话绝对是用静电势

好的谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)