计算化学公社

标题: 使用CP2K计算相同类型键的键长，改变程度多大可以粗略看作键增强，进一步判断用什.... [打印本页]
作者
Author: 挨打祥    时间: 2022-7-14 10:41
标题: 使用CP2K计算相同类型键的键长，改变程度多大可以粗略看作键增强，进一步判断用什....
请问各位老师，我使用了CP2K计算相同类型键的键长，并且用了Multiwfn中的IGMH分析，结果是两个片段之间形成了化学键。那么键长改变程度多大可以粗略看作键增强（我的改变了1%），用CP2K的输出文件进一步判断键能的改变应该用什么方法呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2022-7-14 20:03
我不清楚你是指因为什么而改变了键强
如果是替换了第一张图右下角的一个原子的元素，当前键长改变可以说明键强度变化，但前提是几何优化收敛限足够严
作者
Author: 挨打祥    时间: 2022-7-14 20:19
sobereva 发表于 2022-7-14 20:03
我不清楚你是指因为什么而改变了键强
如果是替换了第一张图右下角的一个原子的元素，当前键长改变可以说明 ...

是的老师，仅仅是替换了一个原子的元素，这是我的参数设置
  1. #Generated by Multiwfn
  2. &GLOBAL
  3.   PROJECT Al12Mo2C
  4.   PRINT_LEVEL LOW
  5.   RUN_TYPE GEO_OPT
  6. &END GLOBAL

  8. &FORCE_EVAL
  9.   METHOD Quickstep
  10.   &SUBSYS
  11.     &CELL
  12.       A    20.05560000     0.00000000     0.00000000
  13.       B     0.00000000    19.86790000     0.00000000
  14.       C     0.00000000     0.00000000    13.39860000
  15.       PERIODIC XYZ #Direction of applied PBC (geometry aspect)
  16.     &END CELL
  17.     &COORD
  18.       Si       8.53706725    1.13525181    8.65428973
  19.       Si       6.17732536    0.57080477   10.62227609
  20.       Si       5.65106641    1.27492314    0.14577677
  21.       Si       2.46824269    1.32697704    0.18543662
  22.       Si       1.40228755    0.60160001   10.80516698
  23.       Si       3.64009140    1.03750174    8.80381810
  24.       Si       8.47649934   16.44485951    8.97009473
  25.       Si       6.13621138   17.35798819   10.82874852
  26.       Si       5.33619349   16.47346929    0.32170039
  27.       Si       2.24402108   16.42340218    0.16721453
  28.       Si       1.22660050   17.36553800   10.78279132
  29.       Al       3.58874906   16.45042252    9.10689443
  30.       O        7.26674555    1.26816806    9.64632207
  31.       O        6.07805014    1.43664785   11.99174700
  32.       O        4.05504176    1.00928932    0.31004360
  33.       O        2.02180504    1.46505895   12.03690028
  34.       O        2.15637811    1.03332948    9.43382027
  35.       O        4.71968435    0.58510966    9.91228428
  36.       O        7.27577057   16.51956281   10.03488147
  37.       O        6.09549851   16.72261275   12.32162053
  38.       O        3.78489283   16.94970285    0.19762935
  39.       O        1.67504371   16.45181327   12.05833804
  40.       O        1.95742656   16.86446956    9.45391817
  41.       O        4.72509936   17.27712584   10.08499223
  42.       O        6.62135634   18.91543287   10.93285564
  43.       O        1.62410249   18.90589628   11.14455352
  44.       O        8.70332818    2.51567350    7.81888702
  45.       O        8.35937464   19.78803104    7.58789515
  46.       O        8.04710894   17.15116335    7.56484956
  47.       O        3.97080824    2.51309067    8.23678935
  48.       O        3.64650919   19.82478666    7.56940508
  49.       O        3.88156082   17.17142861    7.36668427
  50.       O       19.88653129    0.92783093   10.57832869
  51.       O       19.66391413   17.27017208   10.61061931
  52.       O        8.82145566   14.90390518    8.63030623
  53.       O        3.90983922   14.80973134    8.74620412
  54.       O        5.42403702   14.91284574    0.74389027
  55.       O        2.16058979   14.90390518    0.72767797
  56.       Si       1.50617556   18.76264872    1.94788847
  57.       Si       3.92829037   19.39265983    3.81458142
  58.       Si       4.43188649   18.67483260    6.78505104
  59.       Si       7.61531188   18.54449918    6.87870725
  60.       Si       8.61147353   19.27285639    4.04168769
  61.       Si       6.43483926   18.81251715    1.99692734
  62.       Si       1.60023632    3.46098818    2.26784704
  63.       Si       3.92488092    2.63945052    4.14271313
  64.       Si       4.69581818    3.37654961    7.07767646
  65.       Si       7.77435278    3.44231235    6.87107005
  66.       Si       8.71957321    2.54209781    4.03431846
  67.       Si       6.37206523    3.40237787    2.30469319
  68.       O        2.79936065   18.66013036    2.92866599
  69.       O        4.02415614   18.58582441    5.23402910
  70.       O        6.00564942   18.76165533    7.06133017
  71.       O        7.97169989   18.47138531    5.30597959
  72.       O        7.90491474   18.76980117    2.67449455
  73.       O        5.38091748   19.33246009    3.12200779
  74.       O        2.79775620    3.48065740    3.35755517
  75.       O        3.92608426    3.13277047    5.67645088
  76.       O        6.24170383    2.88819662    6.93216767
  77.       O        8.29800450    3.39820562    5.34242378
  78.       O        7.90992864    3.11111446    2.74577510
  79.       O        5.39415418    2.86534854    3.49288103
  80.       O        3.52577448    1.06372737    4.08898475
  81.       O        8.33811570    0.98624256    4.28112067
  82.       O        1.35375300   17.37050497    1.13847904
  83.       O        1.65157866    0.12278362    0.90025193
  84.       O        2.10984912    2.72488248    0.91726816
  85.       O        6.05037341   17.32480880    1.50372488
  86.       O        6.43925149   19.86054888    0.75943265
  87.       O        6.05197786    2.64223202    0.91284662
  88.       O       10.19345926   18.96947356    3.89242729
  89.       O       10.31519675    2.69448460    3.77250982
  90.       O        1.21155880    4.98108121    1.88652288
  91.       O        6.13400526    4.97909442    2.05869489
  92.       O        4.62020857    4.93538504    7.48834355
  93.       O        7.85136629    4.96876311    7.40138664
  94.       Si      11.54139613   11.05132070    4.72997377
  95.       Si      13.95709315   10.47614499    2.79709174
  96.       Si      14.41696806   11.20748239   13.23808477
  97.       Si      17.60641013   11.24364197   13.22281037
  98.       Si      18.62463294   10.50733759    2.65439665
  99.       Si      16.44880090   10.99787604    4.67986301
  100.       Si      11.58892790    6.51587648    4.45744625
  101.       Si      13.96671984    7.34238112    2.58057036
  102.       Si      14.69754590    6.51428705   13.06685066
  103.       Si      17.78009162    6.48408784   13.20994771
  104.       Si      18.74797488    7.37635523    2.64515161
  105.       Si      16.41711305    6.53236684    4.40505772
  106.       O       12.80790727   11.13277909    3.72641863
  107.       O       14.03811778   11.31198754    1.41033664
  108.       O       16.01479771   11.00920075   13.02008955
  109.       O       17.98505986   11.30483510    1.39439230
  110.       O       17.93111029   11.01118754    4.02815510
  111.       O       15.39207133   10.54925886    3.53749837
  112.       O       12.83558400    6.56852642    3.43245335
  113.       O       13.95689260    6.71654227    1.09238786
  114.       O       16.24122544    7.01495813   13.18931387
  115.       O       18.34285176    6.52918798    1.32632741
  116.       O       17.95437479    6.77674201    3.93101525
  117.       O       15.42877308    7.13039063    3.25773560
  118.       O       13.60591960    8.92009106    2.50754799
  119.       O       18.34184898    8.92625011    2.42085905
  120.       O       11.40301249   12.45300104    5.53536362
  121.       O       11.69662648    9.84990878    5.81150876
  122.       O       11.99224602    7.22138561    5.86108358
  123.       O       16.12390018   12.48598175    5.22116645
  124.       O       16.41751416    9.93792358    5.90864861
  125.       O       16.15819525    7.27423423    5.82370149
  126.       O        0.15462868   10.79661422    2.80781062
  127.       O        0.29281176    7.25237954    2.89704529
  128.       O       11.21689652    4.97631291    4.77459111
  129.       O       16.13974410    4.95286879    4.61648763
  130.       O       14.63015909    4.95624633   12.63916735
  131.       O       17.86312181    4.95584898   12.67695140
  132.       Si      18.53999831    8.81578459   11.42244049
  133.       Si      16.12049072    9.39294708    9.49531985
  134.       Si      15.66482749    8.64472197    6.53704295
  135.       Si      12.47418209    8.61889370    6.52377834
  136.       Si      11.45595928    9.34725091    9.35543846
  137.       Si      13.63199188    8.85949397   11.38117280
  138.       Si      18.46779815   13.37169274   11.17537030
  139.       Si      16.10905903   12.52671095    9.27786057
  140.       Si      15.37863408   13.34705654    6.36634479
  141.       Si      12.29408280   13.37924254    6.51882086
  142.       Si      11.32158676   12.48399496    9.35476853
  143.       Si      13.66448195   13.32420846   11.10194597
  144.       O       17.27067938    8.73551827   10.42236898
  145.       O       16.03425164    8.55332963    8.11030657
  146.       O       14.06679728    8.82790401    6.30685501
  147.       O       12.10816739    8.55531642    8.09650601
  148.       O       12.15008359    8.84816926   10.72959888
  149.       O       14.68811977    9.31784642   10.24162187
  150.       O       17.22715873   13.30334716   10.14126635
  151.       O       16.12249628   13.15771545    7.79061597
  152.       O       13.83375121   12.84857093    6.49590925
  153.       O       11.72530598   13.32559921    8.03071888
  154.       O       12.12441242   13.08082668   10.63621064
  155.       O       14.64038744   12.72817146    9.94363700
  156.       O       16.47086206   10.94800762    9.19974673
  157.       O       11.71888819   10.93151726    9.12618842
  158.       O       18.67236527    7.41946858   12.23854921
  159.       O       18.39559799   10.02891856   12.49339058
  160.       O       18.05906502   12.65406419   12.57230834
  161.       O       13.95388426    7.36701732   11.91416911
  162.       O       13.66147361    9.91209531   12.61652372
  163.       O       13.93362810   12.57538730   12.51509632
  164.       O        9.87457522    9.03512620    9.50362698
  165.       O        9.72435877   12.62048744    9.61778305
  166.       O       18.81455947   14.91364046   11.51180915
  167.       O       13.94606257   14.90191839   11.31967322
  168.       O       15.44401534   14.89973293    5.91936749
  169.       O       12.21185484   14.91026291    5.99413168
  170.       Si      11.53237111   18.76205269    4.77874468
  171.       Si      13.93463088   19.31676445    2.82402292
  172.       Si      14.39490690   18.59853987   13.28471190
  173.       Si      17.56990894   18.55840671   13.25670883
  174.       Si      18.65251022   19.29848599    2.66390965
  175.       Si      16.44599311   18.80238452    4.67128790
  176.       Si      11.58912846    3.43595463    4.46803114
  177.       Si      13.96812373    2.57964814    2.60549176
  178.       Si      14.69654312    3.40615278   13.09364786
  179.       Si      17.77688273    3.43873613   13.23929065
  180.       Si      18.76662659    2.56256174    2.65761231
  181.       Si      16.42272862    3.37297338    4.42060010
  182.       O       12.81432506   18.67383921    3.79783317
  183.       O       13.95528815   18.46939852    1.44101943
  184.       O       15.98651932   18.89218743   13.15112786
  185.       O       18.03700386   18.48171662    1.40537915
  186.       O       17.93692642   18.83278241    4.03940993
  187.       O       15.39467856   19.23590210    3.51632858
  188.       O       12.85483738    3.36780773    3.46782565
  189.       O       13.95488704    3.21561961    1.12092688
  190.       O       16.23901932    2.90866056   13.23071554
  191.       O       18.34325287    3.42761011    1.35620629
  192.       O       17.96179536    3.11906162    3.95526672
  193.       O       15.43739699    2.76302885    3.27622567
  194.       O       13.58566344    1.00591178    2.53112953
  195.       O       18.39519688    1.00928932    2.39406185
  196.       O       11.38155300   17.37845213    5.61320948
  197.       O       11.65751806    0.11821401    5.83777002
  198.       O       11.96637430    2.73998209    5.88359323
  199.       O       16.15217857   17.29937789    5.19101960
  200.       O       16.37359240   19.84068098    5.91722372
  201.       O       16.16461304    2.64064259    5.84513925
  202.       O        0.17969818   18.98954014    2.84599663
  203.       O        0.30925735    2.70978288    2.91285564
  204.       Si      18.52836606    1.10088034   11.44026062
  205.       Si      16.11387238    0.52967821    9.51890138
  206.       Si      15.64256578    1.27651258    6.55030757
  207.       Si      12.45472816    1.34326872    6.54039260
  208.       Si      11.46598708    0.59166606    9.36387958
  209.       Si      13.62176352    1.05419077   11.40904189
  210.       Si      18.40362023   16.44664762   11.20457925
  211.       Si      16.10524847   17.27017208    9.26848155
  212.       Si      15.38946410   16.45876704    6.34182535
  213.       Si      12.31634452   16.43174669    6.53784687
  214.       Si      11.37653910   17.32858370    9.37165077
  215.       Si      13.69015312   16.48539002   11.12030206
  216.       O       17.26526437    1.20796832   10.43174800
  217.       O       15.99875323    1.35558682    8.12732279
  218.       O       14.04293112    1.12492050    6.30417529
  219.       O       12.10676350    1.40942883    8.11673789
  220.       O       12.14747636    1.09054903   10.74219356
  221.       O       14.68952366    0.58550701   10.28355949
  222.       O       17.20610035   16.45618421   10.11701489
  223.       O       16.11848516   16.67175093    7.76931220
  224.       O       13.84839180   16.97274961    6.44553052
  225.       O       11.82718843   16.45995911    8.07962377
  226.       O       12.14647358   16.77188514   10.69074294
  227.       O       14.63497243   17.07268515    9.93198022
  228.       O       16.48690654   18.84629258    9.23123344
  229.       O       11.75458716   18.88265084    9.11198590
  230.       O       18.66313969    2.47613638   12.29120571
  231.       O       18.38175962   19.72485112   12.47490052
  232.       O       17.88498241   17.11659321   12.59187029
  233.       O       13.95749426    2.53911762   11.95007735
  234.       O       13.60632071   19.85915812   12.63487980
  235.       O       14.01585606   17.21334988   12.53291645
  236.       O        9.87898745    0.87875722    9.51394390
  237.       O        9.77931112   17.18414407    9.60023089
  238.       Si       8.52623723    8.82452646    8.63727350
  239.       Si       6.12096912    9.37884087   10.57993652
  240.       Si       5.63662638    8.67213967    0.12822460
  241.       Si       2.45099488    8.62286728    0.14604474
  242.       Si       1.41331813    9.33850904   10.73964783
  243.       Si       3.61963469    8.84260625    8.71391350
  244.       Si       8.44120148   13.36454029    8.94423543
  245.       Si       6.07664624   12.49313420   10.80744475
  246.       Si       5.34582018   13.35122880    0.32638990
  247.       Si       2.25926334   13.37963990    0.18691047
  248.       Si       1.29398731   12.46670989   10.76108559
  249.       Si       3.63327250   13.25745231    8.97652606
  250.       O        7.25832220    8.71942527    9.63654109
  251.       O        6.03994450    8.53425645   11.96414588
  252.       O        4.03879673    8.90220995    0.31285731
  253.       O        2.04647342    8.50445460   11.98303791
  254.       O        2.13511918    8.89724298    9.35838616
  255.       O        4.68177926    9.31446888    9.84314750
  256.       O        7.19193816   13.30334716    9.96453882
  257.       O        6.06361010   13.12711889   12.29415340
  258.       O        3.79913231   12.85453130    0.23635130
  259.       O        1.72397938   13.33533448   12.06115175
  260.       O        2.09520853   12.98287793    9.45378419
  261.       O        4.61419189   12.62426234   10.12304426
  262.       O        6.49480550   10.92595425   10.88582656
  263.       O        1.64636420   10.91145068   11.05036136
  264.       O        8.66502198    7.43854176    7.80374660
  265.       O        8.38524636   10.04779307    7.57945403
  266.       O        8.03627892   12.66836908    7.53443474
  267.       O        3.91505368    7.32469869    8.22834823
  268.       O        3.68922762    9.82686202    7.42537013
  269.       O        3.86712079   12.49293552    7.55855222
  270.       O       19.88994074    9.02121867   10.55595302
  271.       O       19.75436489   12.64174609   10.50128674
  272.       Si       1.50196388   11.03224751    1.94440483
  273.       Si       3.92788926   10.44693918    3.87072155
  274.       Si       4.39979753   11.15900471    6.82645271
  275.       Si       7.59164627   11.26490062    6.85941327
  276.       Si       8.60585796   10.52998700    4.03659622
  277.       Si       6.42300646   11.00125359    1.99411364
  278.       Si       1.58499407    6.51488309    2.23756620
  279.       Si       3.93490872    7.31933436    4.14244516
  280.       Si       4.66753979    6.49680330    7.06159814
  281.       Si       7.74848106    6.49422047    6.86396879
  282.       Si       8.70733930    7.40039539    4.03726615
  283.       Si       6.37527413    6.56057926    2.28834689
  284.       O        2.77088170   11.09880498    2.94742403
  285.       O        4.02656281   11.28456984    5.25399302
  286.       O        6.00364386   11.01198225    7.04444794
  287.       O        7.98152713   11.34874316    5.29164308
  288.       O        7.89889806   11.00959811    2.66163189
  289.       O        5.35504576   10.51548343    3.11289674
  290.       O        2.80377288    6.53951928    3.29739546
  291.       O        3.92568314    6.70184003    5.63652305
  292.       O        6.20660653    7.01217663    6.93270361
  293.       O        8.27032777    6.53057873    5.33304476
  294.       O        7.91393976    6.84329948    2.73318041
  295.       O        5.39876696    7.10694651    3.46983544
  296.       O        3.57370736    8.89704430    4.18491872
  297.       O        8.32889012    8.95207838    4.30095060
  298.       O        1.36037135   12.44008691    1.15201163
  299.       O        1.64556198    9.83878276    0.85295488
  300.       O        2.03865174    7.22694863    0.85456271
  301.       O        6.09991074   12.50028664    1.47813355
  302.       O        6.40736309    9.96097034    0.74683796
  303.       O        6.07123123    7.30542683    0.88283375
  304.       O       10.19125314   10.81886627    3.86964967
  305.       O       10.30456728    7.25237954    3.78188884
  306.       Mo       0.27656672   16.79334247    8.00660140
  307.       Mo       2.33707907   16.82771394    5.77372471
  308.       C        0.20536934   16.75241460    5.89216834
  309.     &END COORD
  310.     &KIND Si   
  311.       ELEMENT Si
  312.       BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH
  313.       POTENTIAL GTH-PBE
  314.     &END KIND
  315.     &KIND Al   
  316.       ELEMENT Al
  317.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  318.       POTENTIAL GTH-PBE
  319.     &END KIND
  320.     &KIND O   
  321.       ELEMENT O
  322.       BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH
  323.       POTENTIAL GTH-PBE
  324.     &END KIND
  325.     &KIND Mo   
  326.       ELEMENT Mo
  327.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  328.       POTENTIAL GTH-PBE
  329.     &END KIND
  330.     &KIND C   
  331.       ELEMENT C
  332.       BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH
  333.       POTENTIAL GTH-PBE
  334.     &END KIND
  335.   &END SUBSYS

  337.   &DFT
  338.     BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
  339.     POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
  340. #   WFN_RESTART_FILE_NAME Al12Mo2C-RESTART.wfn
  341.     CHARGE    0 #Net charge
  342.     MULTIPLICITY    2 #Spin multiplicity
  343.     UKS
  344.     &QS
  345.       EPS_DEFAULT 1E-10 #This is default. Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
  346.     &END QS
  347.     &POISSON
  348.       PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
  349.       PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation
  350.     &END POISSON
  351.     &XC
  352.       &XC_FUNCTIONAL PBE
  353.       &END XC_FUNCTIONAL
  354.       &VDW_POTENTIAL
  355.         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
  356.         &PAIR_POTENTIAL
  357.           PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
  358.           TYPE DFTD3(BJ)
  359.           REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
  360.         &END PAIR_POTENTIAL
  361.       &END VDW_POTENTIAL
  362.       &XC_GRID
  363.         USE_FINER_GRID T #Use finer grid for calculating XC
  364.       &END XC_GRID
  365.     &END XC
  366.     &MGRID
  367.       CUTOFF 850
  368.       REL_CUTOFF 80
  369.       NGRIDS 5 #The number of multigrids to use. 5 is optimal for MOLOPT-GTH basis sets
  370.     &END MGRID
  371.     &SCF
  372.       MAX_SCF 200 #Should be set to a small value (e.g. 30) if enabling outer SCF
  373.       EPS_SCF 3.0E-06 #Convergence threshold of density matrix during SCF
  374. #     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
  375.       &OT
  376.         PRECONDITIONER FULL_KINETIC #FULL_SINGLE_INVERSE is also worth to try. FULL_ALL is better but quite expensive for large system
  377.         MINIMIZER DIIS #CG is worth to consider in difficult cases
  378.         LINESEARCH 2PNT #1D line search algorithm for CG. 2PNT is default, 3PNT is better but more costly. GOLD is best but very expensive
  379.       &END OT
  380.       #Uncomment following lines can enable outer SCF
  381.       #&OUTER_SCF
  382.       #  MAX_SCF 20 #Maximum number of steps of outer SCF
  383.       #  EPS_SCF 3.0E-06 #Convergence threshold of outer SCF
  384.       #&END OUTER_SCF
  385.       &PRINT
  386.         &RESTART #Use "&RESTART OFF" can prevent generating wfn file
  387.           BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file
  388.         &END RESTART
  389.       &END PRINT
  390.     &END SCF
  391.   &END DFT
  392. &END FORCE_EVAL

  394. &MOTION
  395.   &GEO_OPT
  396.     TYPE MINIMIZATION #Search for minimum
  397.     OPTIMIZER BFGS #Can also be CG (more robust for difficult cases) or LBFGS
  398.     &BFGS
  399.       TRUST_RADIUS 0.2 #Trust radius (maximum stepsize) in Angstrom
  400. #     RESTART_HESSIAN T #If read initial Hessian, uncomment this line and specify the file in the next line
  401. #     RESTART_FILE_NAME to_be_specified
  402.     &END BFGS
  403.     MAX_ITER 250 #Maximum number of geometry optimization
  404.     #The following thresholds of geometry convergence are the default ones
  405.     MAX_DR 3E-3 #Maximum geometry change
  406.     RMS_DR 1.5E-3 #RMS geometry change
  407.     MAX_FORCE 4.5E-4 #Maximum force
  408.     RMS_FORCE 3E-4 #RMS force
  409.   &END GEO_OPT
  410.   &PRINT
  411.     &RESTART
  412.       BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file
  413.     &END RESTART
  414.   &END PRINT
  415. &END MOTION
复制代码




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3