计算化学公社

标题: 如何区分加了水盒子之后蛋白质中的水和水盒子中的水 [打印本页]

作者
Author: fitterluo 时间: 2022-7-15 09:22
标题: 如何区分加了水盒子之后蛋白质中的水和水盒子中的水
各位老师好，动力学小白想要研究质子池中的水，目前的问题是动力学加入水盒子之后无法区分水盒子和蛋白质自带的水分子，希望得到老师的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-15 09:48
说具体“蛋白质自带的水分子”怎么定义的才能说怎么区分，并且说清楚区分的目的是什么，什么时候需要涉及

作者
Author: sylar 时间: 2022-7-15 11:19
水都是一样的，晶体自带的水在加水盒后一般会排在所有水的前面，生成水盒后可视化打开看一眼确定下分子序号就行了

作者
Author: fitterluo 时间: 2022-7-15 20:23

sobereva 发表于 2022-7-15 09:48
说具体“蛋白质自带的水分子”怎么定义的才能说怎么区分，并且说清楚区分的目的是什么，什么时候需要涉及

老师您好，我现在想利用动力学跑出来的平衡结构做Qm/MM分析质子通道水分子的传递作用，发现加入水盒子之后蛋白质自身的水分子坐标也发生变化，现在就是区分不出来了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-15 22:12

fitterluo 发表于 2022-7-15 20:23
老师您好，我现在想利用动力学跑出来的平衡结构做Qm/MM分析质子通道水分子的传递作用，发现加入水盒子之 ...

那是你加水的问题
将蛋白自带的水视为配体，恰当加水时不可能影响其位置

作者
Author: fitterluo 时间: 2022-7-20 10:10

sobereva 发表于 2022-7-15 22:12
那是你加水的问题
将蛋白自带的水视为配体，恰当加水时不可能影响其位置

明白了，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)