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标题: 求助：Amber运行并行报错 [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2022-7-15 10:26
标题: 求助：Amber运行并行报错
各位老师，我的电脑是6核的，我对于Amber的设置是expor DO_PARALLEL="mpirun -np 6"。但是我运行的时候报错，如图所示。
之后我便降低核数，从5降到2，之后只使用 pmemd ，也还是会报错，想问一下这是为什么，以及是否有解决方法。
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作者
Author: sylar 时间: 2022-7-15 11:07
-ref 参数缺失

作者
Author: 阿志 时间: 2022-7-15 11:28

sylar 发表于 2022-7-15 11:07
-ref 参数缺失

但是之前缺 -ref 的时候，也可以运行

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-15 22:14
跟并行没任何直接关系
模拟本身存在问题

作者
Author: 阿志 时间: 2022-7-16 09:48

sobereva 发表于 2022-7-15 22:14
跟并行没任何直接关系
模拟本身存在问题

老师，我又试着运行了一次，但是我没有找到问题，想问一下可能是哪里出了问题？
还是说我进行分子对接后的得分最高的构象不好，需要换下一个构象？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-16 10:03

阿志发表于 2022-7-16 09:48
老师，我又试着运行了一次，但是我没有找到问题，想问一下可能是哪里出了问题？
还是说我进行分子对接后 ...

初始结构、初速度、力场参数等等
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的是GROMACS的情况，但对于AMBER用户在很多地方也适用

作者
Author: 阿志 时间: 2022-7-16 15:06

sobereva 发表于 2022-7-16 10:03
初始结构、初速度、力场参数等等
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的是GROMACS的情况，但对于A ...

好的老师，我再去试试

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