计算化学公社

标题: 关于Gro文件的小问题 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2016-4-21 20:57
标题: 关于Gro文件的小问题
又是小白问题……

我知道Gro文件的最后一行是关于盒子的
但是以前常见的都是三个相同的数字（正立方体）

如果是这样

2.48488 2.48488 1.75708 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.24244 1.24244
请问那它应该是个什么盒子？第三个以后的数字分别代表什么？

作者
Author: compume 时间: 2016-4-22 15:18
对了忘记补充，查过gromacs manual ，它给出gro文件最后一行的解释是

"%10.5f%10.5f%10.5f%10.5f%10.5f%10.5f%10.5f%10.5f%10.5f\n",（这一行精度就不管了）
box[X][X],box[Y][Y],box[Z][Z],
box[X][Y],box[X][Z],box[Y][X],box[Y][Z],box[Z][X],box[Z][Y]
这一堆box什么意思啊，以及不同盒子类型对应什么特征啊？

作者
Author: astrozheng 时间: 2016-4-22 21:33
本帖最后由 astrozheng 于 2016-4-22 21:34 编辑

这个可能是个dodecahedron的盒子。
因为实际上gro文件的最后一行有9个数字，每个数字都与盒子的设定相关。具体来说，每个参数可以参考下面的定义（来自GMX user mail list，针对rhombic dodecahedron盒子的计算）：
“
Essentially, the routine
boils down to:

1. Determining the diameter of the protein in the XY directions
2. Set the first vector u=(diam+pbcdistance, 0, 0)
3. Set the second vector v=(u/2, cos30*u, 0)
4. Set the third vector to w=(u/2, cos30*u/3, Z), where
Z=(protZlength+pbcdistance)

Changing the Z-dimension of the box (or the whole box) can be done manually
(or using awk), changing the numbers of the last line in the gro file,
which corresponds to (ux vy wz uy uz vx vz wx wy). Finally, note that the
box (any box) is written in its triclinic representation, which is easiest
to handle mathematically.

Hope it helps,

Tsjerk
”
这里面的九个参数不是简单得到的，而是一些参数的混合。
再具体结合Manual上面的一些信息，你可能自己能够计算盒子的参数。

作者
Author: compume 时间: 2016-4-24 12:57

astrozheng 发表于 2016-4-22 21:33
这个可能是个dodecahedron的盒子。
因为实际上gro文件的最后一行有9个数字，每个数字都与盒子的设定相关。 ...

赞！确实是正十二面体的盒子

原来是这样，为什么我之前没有查到，是在这个“GMX user mail list”里面查到的吗？

作者
Author: astrozheng 时间: 2016-4-25 10:04
是的啊。
GMX user mail list 的链接是：https://www.mail-archive.com/gro ... aillist.sys.kth.se/

关于你的问题的链接是：https://www.mail-archive.com/gro ... th.se/msg03892.html

希望能够帮到你。Good luck！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)