计算化学公社

标题: ante-MMPBSA.py如何划分受体，配体，非溶剂化的复合物的拓扑文件 [打印本页]

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Author: 不想读啦 时间: 2022-7-15 15:42
标题: ante-MMPBSA.py如何划分受体，配体，非溶剂化的复合物的拓扑文件
我希望通过amber的mmpbsa计算gbsa，我已经用parmed将gromacs中的溶剂化拓扑文件转化为amber下的拓扑文件，我想用ante-MMPBSA.py将受体，配体和非溶剂化复合物的拓扑文件划分出来。我看指导里有很多参数:
Usage: ante-MMPBSA.py [options]Options:-h, --help show this help message and exit-p PRMTOP, --prmtop=PRMTOPInput "dry" complex topology or solvated complex topology-c COMPLEX, --complex-prmtop=COMPLEXComplex topology file created by stripping PRMTOP of solvent-r RECEPTOR, --receptor-prmtop=RECEPTORReceptor topology file created by stripping COMPLEX of ligand-l LIGAND, --ligand-prmtop=LIGANDLigand topology file created by stripping COMPLEX of receptor-s STRIP_MASK, --strip-mask=STRIP_MASKAmber mask of atoms needed to be stripped from PRMTOP to make the COMPLEX topology file-m RECEPTOR_MASK, --receptor-mask=RECEPTOR_MASKAmber mask of atoms needed to be stripped from COMPLEX to create RECEPTOR. Cannot specify with -n/--ligandmask-n LIGAND_MASK, --ligand-mask=LIGAND_MASKAmber mask of atoms needed to be stripped from COMPLEX to create LIGAND. Cannot specify with -m/--receptormask--radii=RADIUS_SET
我想请问一下，-p是输入文件，后面的-c，-r，-l是指定输出文件的名称吗，因为这条命令我还没有走通，所以这个还不是很清楚
此外，我通过parmed将溶剂化拓扑文件转化后，并没有看到可以分割，受体，配体，复合物的字段，请问这一步该怎么完成

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Author: 阿志 时间: 2022-7-15 15:50
试试这个https://gohom.win/2016/03/30/amber-mmpbsa/

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Author: 不想读啦 时间: 2022-7-15 16:20

阿志发表于 2022-7-15 15:50
试试这个https://gohom.win/2016/03/30/amber-mmpbsa/

我试了一下，我理解的是，ante-MMPBSA.py -p complex.top --radii mbondi2 -s ":WAT,Na+,Cl-" -c com.top
这条命令中 -s后面的是要除去的离子类型，我的拓扑文件中，水分子是以HW1，HW2和OW来表示的，但我将这种表示方式加入后，并没有将HW1，HW2和OW删除，请问一下该如何解决

作者
Author: eagletyr 时间: 2022-7-15 17:07

不想读啦发表于 2022-7-15 16:20
我试了一下，我理解的是，ante-MMPBSA.py -p complex.top --radii mbondi2 -s ":WAT,Na+,Cl-" -c com.top ...

你看一下你体系中的H2O的残基名是什么，是WAT、TIP3？或者其它的

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Author: 不想读啦 时间: 2022-7-15 17:43

eagletyr 发表于 2022-7-15 17:07
你看一下你体系中的H2O的残基名是什么，是WAT、TIP3？或者其它的

我复制了一些里面的原子表示方式：
H5'2C4' H4' O4' C1' H1' N1  C6  H6  C5  H5  C4  N4  H41 H42 N3  C2  O2  C3' H3'
C2' H2'1H2'2O3' P O1P O2P O5' C5' H5'1H5'2C4' H4' O4' C1' H1' N1  C6  H6  C5
H5  C4  N4  H41 H42 N3  C2  O2  C3' H3' C2' H2'1H2'2O3' H3T O1  O2  N1  C1  C2
C3  C4  C5  C6  C7  C8  H1  H2  H3  H4  H5  H6  H7  H8  H9  H10 H11 H12 OW  HW1
HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW
HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2 OW  HW1 HW2
所以，我个人觉得需要将HW1，HW2和OW以及后面添加的离子删去，但是，我不太会选择这些要删去的离子

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Author: rpestana94 时间: 2022-7-15 23:15

不想读啦发表于 2022-7-15 04:43
我复制了一些里面的原子表示方式：
H5'2C4' H4' O4' C1' H1' N1 C6 H6 C5 H5 C4 N4 H41 H42 N3 ...

Be aware that the strip_mask by default deletes the ions, if you want to keep it, you need to specify what you want to delete.

The main problem is that you don't have the inputs files for the mmpbsa calculation right?

作者
Author: 不想读啦 时间: 2022-7-17 20:40
此帖终结，选取原子没有成功，最后可以通过选取残基进行分割，在top文件中的标题是RESIDUE_LABEL。

作者
Author: boinboinxu 时间: 2023-12-26 13:54

不想读啦发表于 2022-7-17 20:40
此帖终结，选取原子没有成功，最后可以通过选取残基进行分割，在top文件中的标题是RESIDUE_LABEL。

请问选取残基的方式应该是怎样的呢？

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