计算化学公社

标题: 利用crest程序对xtb作批量优化的问题 [打印本页]

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-16 15:13
标题: 利用crest程序对xtb作批量优化的问题
本帖最后由护卫天使于 2022-10-14 16:09 编辑

老师们好，我在虚拟机中利用crest程序对xtb程序跑完的动力学轨迹作批量优化时，出现forrtl: severe (124): Invalid command supplied to EXECUTE_COMMAND_LINE的问题，不知该如何解决？xtb是正常安装和计算，单独运行crest程序没有出现这个问题。感谢各位老师。

作者
Author: indec 时间: 2022-7-17 03:52
检查一下 ~/.bashrc 里给 xtb 和 crest 分配了多少CPU核数以及内存，内存分配适当比物理内存小一些。这可能是内存不够。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-17 10:51

indec 发表于 2022-7-17 03:52
检查一下 ~/.bashrc 里给 xtb 和 crest 分配了多少CPU核数以及内存，内存分配适当比物理内存小一些。这可能 ...

感谢大佬，这是~/.bashrc 里的设置，不知道还需要怎么修改？如何给crest分配核数？

作者
Author: indec 时间: 2022-7-18 00:04
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=1000m
确保这几个不超过你的物理核数和物理内存。不过这么小都报错，你试试用服务器跑呢？

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-18 08:58

indec 发表于 2022-7-18 00:04
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=1000m

感谢，我试一下。

作者
Author: SheldonHee 时间: 2025-10-20 17:21
您好，请问crest是在哪里安装呀？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)