计算化学公社

标题: Centos 9下GROMACS 2021.6 GPU版安装踩坑 [打印本页]

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2022-7-16 20:01
标题: Centos 9下GROMACS 2021.6 GPU版安装踩坑
课题组主要是做膜的，主要涉及聚合物和MOF材料，由于涉及大量的MD计算，所以单独买了一台机器做MD。由于本人比较菜鸡在安装GMX的过程踩了不少坑，在师兄（neocc）的帮助下，完成了安装，以下是安装的整个过程，供各位提供参考。

1.机器配置：

CPU：i7-12700 8P+4E（8大核4小核 4.9G）

主板：技嘉Z690CPU+主板 4500元

机械硬盘：希捷企业级银河Exos4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A) 990元

固态硬盘：三星PM9A12TB 1450元

内存：2*DDR4-3200 16GB 共32G，950元

电源：海韵FOCUSGX1000 额定1000W 1300元

机箱：追风者614PC550元

显卡：微星魔龙12G 3080ti 7500

总价：约17300

2.安装系统：

2.1下载系统：Centos9-Stream(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos-stream/9-stream/BaseOS/x86_64/iso/CentOS-Stream-9-latest-x86_64-dvd1.iso)

2.2 制作USB启动盘：找一块16G大小的U盘，下载rufus非便携版（https://rufus.ie/zh/），写入系统盘的准备工作就不赘述了，但需要注意以DD镜像的方式写入，否则会出现没有安装源的问题。

2.3 安装系统：注意用UEFI的方式进入Centos的安装引导界面，否则以Legacy方式进入会导致识别盘符的问题。在Centos引导界面处按e键，将vmlinuz initrd=initrd.img inst.stage2=hd:LABEL=CentOS-Stream-9-latest-x86_64-dvd1.isoquiet 中的CentOS-Stream-9-latest-x86_64-dvd1.iso改为U盘名称，我的是CentOS-Stre。所以改成vmlinuz initrd=initrd.img inst.stage2=hd:LABEL=CentOS-Strequiet。然后ctrl+X执行，进入安装界面。Centos安装过程，就不多赘述了，就注意一下，语言不要选中文就行。

3. 计算环境配置

3.1 配置ssh：安装时选了ssh是默认安装open-ssh的，故改下ssh的doker就行了，具体的修改方法在修改/etc/ssh/sshd/路径下的sshd_config文件，文件中的以下几项不注释.

HostKey/etc/ssh/ssh_host_rsa_key

HostKey/etc/ssh/ssh_host_ecdsa_key

HostKey/etc/ssh/ssh_host_ed25519_key

SyslogFacilityAUTHPRIV

AuthorizedKeysFile .ssh/authorized_keys

PasswordAuthenticationyes

ChallengeResponseAuthenticationno

GSSAPIAuthenticationyes

GSSAPICleanupCredentialsno

UsePAMyes

X11Forwardingyes

UsePrivilegeSeparationsandbox

Subsystem sftp internal-sftp

3.2 配置gcc: centos 9的默认版本为 11.3.1，这里未升级或降级处理。

3.3 配置Cmake: 这里的话是参考卢老师的方法（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html），安装的Cmake版本为 3.20。

3.4 配置fftw: 这里的话也是参考的上述卢老师的方法。安装的版本为3.3.8

3.5 安装显卡驱动和CUDA toolkit：

显卡驱动的话参考的帖子为（https://cloud.tencent.com/developer/article/1879466），基本上照着该帖子傻瓜式的来一遍就行。但注意按照该帖子是装不上CUDA toolkit的。因此，我CUDA toolkit参考的帖子为（https://zhuanlan.zhihu.com/p/122286055）。最终安装的CUDA版本为11.7。

4. 安装Gromacs

4.1 下载Gromacs 2021.6 (wget --no-check-certificatehttps://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.6.tar.gz)

解压后进入目录，建立build文件夹，进入build文件夹

CUDA，gcc还有g++的路径依次为 /usr/local/cuda-11.7 /usr/local/bin/gcc /usr/local/bin/g++

故在终端输入如下命令

cmake ..-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path /gromacs-2021.6 -DBUILD_SHARED_LIBS=on-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/path/fftw338/lib/libfftw3f.so"-DFFTWF_INCLUDE_DIR="/path/fftw338/include/" -DGMX_MPI=OFF-DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.7-DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++

然后make –j，make install，安装好后在，.bashrc中添加以下路径, 则可完成安装。

export PATH=/path/gromacs-2021.6/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/path/gromacs-2021.6/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

小弟菜的一批，如有错误或更好的方法望各位大佬指出，然后刚刚测试了一下N卡的性能，算1W个原子的高分子体系，能达到近600 ns一天，属实强的一批。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-16 20:20
本帖最后由牧生于 2022-7-16 20:23 编辑

强烈强烈强烈推荐使用ventoy做启动盘，可以避免在安装系统时还要改这改那的。
我的机子只有我自己在用，还装了QQ偶尔传个文件，也装了VMD，Multiwfn等，所以，桌面环境是很有必要的。
第180楼和181楼，可能会更简单哦。完成后每次的启动直接进入桌面，不用输命令进桌面
http://bbs.keinsci.com/thread-6310-12-1.html

作者
Author: tianfu1899 时间: 2022-7-22 00:44
你好，12代cpu对计算MD有影响吗？我看sob版主不推荐12代cpu，谢谢

作者
Author: tianfu1899 时间: 2022-7-22 00:45
我也准备配一台电脑跑md。

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2022-7-25 00:53

tianfu1899 发表于 2022-7-22 00:44
你好，12代cpu对计算MD有影响吗？我看sob版主不推荐12代cpu，谢谢

把小核关了就行了，但其实我感觉无所谓，毕竟跑的时候烧的是矿卡，加不加小核我感觉对速度没太大影响，可以看看别人的测试。

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2022-7-25 08:17
请教一下，你们算MOF用的什么力场？

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2022-7-25 12:13

wgbigfatcat 发表于 2022-7-25 08:17
请教一下，你们算MOF用的什么力场？

MOF力场都是文献里面找的，类型应该都属于Class I型。
对于那些找不到力场且窗口特别大的，一般直接设置成刚性来忽略窗口的呼吸效应，这个时候不考虑键参数，非键参数金属用UFF或者CVFF，非金属用OPLS-AA或者Amber。

作者
Author: Acee 时间: 2022-8-26 14:44

wgbigfatcat 发表于 2022-7-25 08:17
请教一下，你们算MOF用的什么力场？

xtb的半经验dft

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)