计算化学公社

标题: AIM拓扑分析求助，自己计算的与文献差距大 [打印本页]

作者
Author: 忘不掉的回忆 时间: 2022-7-16 22:17
标题: AIM拓扑分析求助，自己计算的与文献差距大
老师好，我想做一下拓扑分析，我发现有篇文章（DOI:10.1021/acssuschemeng.1c06379）用了您的Multiwfn做了这个分析，
我重复做了这篇文章中的一个构型（我也用molclus做的构型搜索），发现得到的临界点的数值与文献中有很大差异，

根据图4我做的那么电子密度应该是0.0164，而图2文献上是0.182（考察的都是图1和图3中标出的H1--O1之间的临界点）

不知道是不是我做错了还是别的原因。
我用的是B3LYP-D3(BJ)/6-31G**对构型优化以及产生的波函数文件做的分析。
文件我附到后面了，用的是Gaussian 09W

图1和图2是文献上的截图
图3和图4是我根据老师的这篇文章做的（http://sobereva.com/445）
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谢谢老师，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-16 22:25
C-H...O是相当弱的氢键，rho(BCP)是0.0164 a.u.极为正常。如果文献里研究的也是这个氢键，肯定文献的数据是错的。可以发邮件问问作者，是不是读数据时候把E-01给漏了

作者
Author: 忘不掉的回忆 时间: 2022-7-17 09:33

sobereva 发表于 2022-7-16 22:25
C-H...O是相当弱的氢键，rho(BCP)是0.0164 a.u.极为正常。如果文献里研究的也是这个氢键，肯定文献的数据是 ...

谢谢老师，谢谢老师

作者
Author: qq286792125 时间: 2022-9-14 11:23

sobereva 发表于 2022-7-16 22:25
C-H...O是相当弱的氢键，rho(BCP)是0.0164 a.u.极为正常。如果文献里研究的也是这个氢键，肯定文献的数据是 ...

老师，我看文献也遇到了这样的问题，就是完全根据文献描述方法去分析氢键（差异就是我用的g16，文献使用的g09），但使用multiwfn分析后得到的rho(BCP)和文献有出入，文献写的0.039，我算的0.027，我想问下这种误差是正常的吗？另外，这些rho(BCP)，G(r)，K(r)，V(r)等数值都是相对的值吗？只要同一级别比较就没问题的吗？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-14 16:09

qq286792125 发表于 2022-9-14 11:23
老师，我看文献也遇到了这样的问题，就是完全根据文献描述方法去分析氢键（差异就是我用的g16，文献使用 ...

相差程度不可忽略。注意是否是用的几何构型等方面的问题。若死活重现不出来，又非要完全重现的话，就发邮件找作者要原始波函数文件以及产生波函数文件的量子化学程序输入文件

没有什么相对值一说。只能说这些量的计算数值都依赖于计算波函数的级别

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