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标题: 用gmx genion加完NA和CL后，运行gmx grompp发现体系电荷不为0 [打印本页]

作者
Author: free3hao 时间: 2022-7-17 15:57
标题: 用gmx genion加完NA和CL后，运行gmx grompp发现体系电荷不为0
各位大佬，我用gmx genion“gmx genion –s mixmem.tpr -o mixmem-solvated.gro–conc 0.15 –neutral –pname NA –nname CL –p mixmem.top”在体系加完NA和CL后，运行gmx grompp“gmx grompp -v -f minim.mdp -c mixmem-solvated.gro -p mixmem.top -o mixmem-solvated-EM.tpr”发现体系电荷不为0，电荷量正好是NA和CL粒子数之和，本来不是应该两两抵消吗？

NOTE 2 [file mixmem.top, line 168]:
  System has non-zero total charge: 416
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

WARNING 1 [file mixmem.top, line 168]:
  You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can
  lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low
  dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to
  neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a
  physiological salt concentration.

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-17 16:47
看看加离子之前电荷是不是整数，如果不是，说明可能是力场使用不对

作者
Author: free3hao 时间: 2022-7-17 17:18

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-17 16:47
看看加离子之前电荷是不是整数，如果不是，说明可能是力场使用不对

加离子之前电荷是-0.002吧，很小，所以我忽略了，加完离子之后是208个NA、208个CL减去前面的小数得到的数。

作者
Author: free3hao 时间: 2022-7-17 17:36

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-17 16:47
看看加离子之前电荷是不是整数，如果不是，说明可能是力场使用不对

多谢，已经弄清楚了。ions.itp里面胡正负电荷没有加符号，导致最后没有抵消。

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