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标题: 求助，ORCA输出文件中关于能量的组成项 [打印本页]

作者
Author: Sevenyhlee 时间: 2016-4-22 13:54
标题: 求助，ORCA输出文件中关于能量的组成项
第一次发帖求助，望各位指点迷津。

在使用ORCA中的COSMO和SMD溶剂模型时，有以下几个不明白的地方。
计算关键字如下：
! UHF wB97X-D3 def2-TZVP def2-TZVP/JK RIJCOSX grid4 NoFinalGrid TightSCF
(1) 计算Energy，使用COSMO，在输入文件中加入
%cosmo epsilon 78.54
            refrac 1.3333
            end
(2) 计算Energy，使用SMD，在输入文件中加入
%cosmo smd true
            solvent "WATER"
            aqueous true
            end

(1)计算后在out文件中看到：

Total Energy after outlying charge correction =  -3259.954241983 Eh
----------------
TOTAL SCF ENERGY
----------------
Total Energy    :       -3259.95506801 Eh       -88707.88722 eV
Total Energy    :       -3259.95506801 Eh       -88707.88722 eV
COSMO(ediel)    :          -0.01355527 Eh             -0.36886 eV

......

------------------------- ----------------
Dispersion correction          -0.048184949
------------------------- ----------------
------------------------- --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY    -3260.003252957225
------------------------- --------------------

(2)计算后在out文件中也看到类似输出行

Total Energy after outlying charge correction =  -3259.963730640 Eh
SMD CDS free energy correction energy :                0.00000    Kcal/mol
Total Energy after SMD CDS correction =          -3259.966237739 Eh
----------------
TOTAL SCF ENERGY
----------------
Total Energy    :       -3259.96623774 Eh       -88708.19117 eV
Total Energy    :       -3259.96623774 Eh       -88708.19117 eV
COSMO(ediel)    :          -0.02745970 Eh             -0.74722 eV

......

------------------------- ----------------
Dispersion correction          -0.048184949
------------------------- ----------------
------------------------- --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY    -3260.014422688540
------------------------- --------------------

我自己看了一下ORCA手册，知道了Total Energy项是经过COSMO或SMD修正后的能量项，Total Energy 加上 Dispersion correction，刚好是最后FINAL Single Point Energy 的数值。
另外在COSMO部分也看到如下几句话：

One subtlety is the presence of a little bit of molecular charge outside the cavity which is inconsistent with the model.
This is handled in COSMO by the \outlying charge correction" which is computed at the end of the SCF calculation
If you use the value of the total energy for example to compute relative energies this value should be used.

我的疑惑就出在这里，手册建议在计算相对能量比较时，使用Total Energy after outlying charge correction的数值，同时也说这一修正是在SCF外的修正，修正的总能量不知是否包含D3项？查了一下SMD的原始文献(Marenich, A. V., Cramer, C. J., Truhlar, D. G. J Phys Chem B, 2009)，也没有看到太多关于这部分的描述。

还请各位在总能量修正及成分方面给予指点，非常感谢。

作者
Author: teller3531 时间: 2016-4-22 15:13
我也想知道orca计算的能量在选取，我使用了色散矫正和gCP，但是计算完后，选用那个能量来算分子结合能那？

作者
Author: Sevenyhlee 时间: 2016-4-22 16:47

teller3531 发表于 2016-4-22 15:13
我也想知道orca计算的能量在选取，我使用了色散矫正和gCP，但是计算完后，选用那个能量来算分子结合能那？

你指的是A + B -> A...B的结合能吗

作者
Author: teller3531 时间: 2016-4-22 17:52
是啊，我也考虑溶剂效应了还不知道怎么处理数据

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-22 17:59

teller3531 发表于 2016-4-22 15:13
我也想知道orca计算的能量在选取，我使用了色散矫正和gCP，但是计算完后，选用那个能量来算分子结合能那？

用final single point energy

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-22 18:04
Total Energy after outlying charge correction肯定不包含D3，因为D3是在输出这个量之后才输出的。最后的Final才是包含D3的。

作者
Author: teller3531 时间: 2016-4-22 18:10
谢谢 sob老师，那
freq完选哪个sob老师？

作者
Author: Sevenyhlee 时间: 2016-4-22 18:48

sobereva 发表于 2016-4-22 18:04
Total Energy after outlying charge correction肯定不包含D3，因为D3是在输出这个量之后才输出的。最后的F ...

谢谢sob老师

其实按我描述的方式得到的Final，是直接用total energy + d3，而不是用outlying charge修正的energy。

还想接着请教一个问题，加上cosmo或者smd后，手册上建议使用outlying charge修正后的值作为总能量。那么我用这个值，加上d3修正，是否可采取？（我分别用 final 和 outlyingcharge修正+d3 作为体系能量，去比较几个相对值，发现两种能量计算出来的相对值大小，数值相差在0.03-0.08eV之间。我的是无金属体系）

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-22 20:07

Sevenyhlee 发表于 2016-4-22 18:48
谢谢sob老师
其实按我描述的方式得到的Final，是直接用total energy + d3，而不是用outlying ...

可以

作者
Author: Sevenyhlee 时间: 2016-4-23 16:41

sobereva 发表于 2016-4-22 20:07
可以

感谢sob老师指点

作者
Author: lidanhui2 时间: 2018-1-2 10:10
您好，您的OCAR 程序手册能给我传一份吗？十分感谢 940469319@qq.com 吉林大学原子所

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-2 10:13

lidanhui2 发表于 2018-1-2 10:10
您好，您的OCAR 程序手册能给我传一份吗？十分感谢吉林大学原子所

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6392

作者
Author: JCenter 时间: 2023-9-12 02:22
老师，ORCA中溶剂化模型加完后，如何查找计算溶剂的极性部分和非极性部分的作用呢（我使用的是wB97M-V/def2QZVPP结合SMD水模型）

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