计算化学公社

标题: 请教VASP计算的坐标系重建 [打印本页]

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-18 09:24
标题: 请教VASP计算的坐标系重建
请教大家：
最近看文献，看到作者计算过渡金属氧化物采用了非默认的坐标系，如图所示，黑色，把坐标原点由默认的（图中蓝色）角上移到了体心。我试着把计算文件POSCAR按照新坐标体系做了修改，然后提交计算，就各种出错了。不知道要怎么做到这一点？请教大家！是不是VASP不能改坐标体系呢？如果不行，用其他什么软件呢？作者用了个偏门的CRYSTAL，要付费，找都不好找。拜托了！

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-19 09:38
自己顶一下，没人理我啊！

作者
Author: 乘风万里 时间: 2022-7-19 13:13
VASP可以任意指定晶胞，只要你设好3个晶胞基矢，以及晶胞中每个原子的分数坐标（或笛卡尔坐标），就可以计算。你检查下是不是自己的POSCAR文件有问题，原子写重了什么的。

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-20 09:39

乘风万里发表于 2022-7-19 13:13
VASP可以任意指定晶胞，只要你设好3个晶胞基矢，以及晶胞中每个原子的分数坐标（或笛卡尔坐标），就可以计 ...

谢谢楼上。我知道VASP可以任意指定晶胞，我的目的是改变晶胞基矢，我需要移动坐标原点到体心，而不是六面体的顶点上。
如果可以自定义晶胞基矢，您可以告诉我怎么做吗？

作者
Author: 乘风万里 时间: 2022-7-20 23:03
本帖最后由乘风万里于 2022-7-20 23:06 编辑

lora2021 发表于 2022-7-20 09:39
谢谢楼上。我知道VASP可以任意指定晶胞，我的目的是改变晶胞基矢，我需要移动坐标原点到体心，而不是六面 ...

使用VESTA，点Edit->Edit data->Unit Cell->Transform。坐标原点换成体心的话，就把Origin shift p从 (0,0,0) 改成 (0.5,0.5,0.5)。设新基矢的话，就调下Rotation matrix P，具体怎么求，都在上面详细写了。

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-21 09:07
哦，原来这样啊，是可以转换的啊，那就是我手动转换做的POSCAR不对了，太好了，非常感谢，马上就试一下！

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-21 10:56

乘风万里发表于 2022-7-20 23:03
使用VESTA，点Edit->Edit data->Unit Cell->Transform。坐标原点换成体心的话，就把Origin shift p从 (0, ...

你好，非常感谢您给出了方法。我试了一下，坐标一重建，晶胞扩大了好多，然后提交计算后反复出错：
internal error in VASP: SETUP_PRIMITIVE_CELL, Could not associate all atoms to
their respective cells.
不论如何修改都不行，增加参数，啥的都试了，不行。
所以我想还是这个操作出了问题，您有过经验吗？该怎么处理啊？

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-21 10:57
我用的就是原胞primitive来做坐标轴变换的呢

作者
Author: 12342234 时间: 2022-7-21 11:03
请教一下您这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-21 11:16
我又试了一下，改完的晶胞不大了，还是提示出错，增加了一个描述：Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 16 2 16
晕死

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-21 11:29
貌似解决了，换了个IALGO=48，嘿嘿，多谢啦

作者
Author: 乘风万里 时间: 2022-7-21 12:33
本帖最后由乘风万里于 2022-7-21 12:36 编辑

lora2021 发表于 2022-7-21 11:16
我又试了一下，改完的晶胞不大了，还是提示出错，增加了一个描述：Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Re ...

基矢设的合适的话，总的体积是不变的，如果体积变化，VESTA会提示的。

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-22 09:46

乘风万里发表于 2022-7-21 12:33
基矢设的合适的话，总的体积是不变的，如果体积变化，VESTA会提示的。

谢谢您！我今天发现昨天用的VESTA有问题，做出来的晶胞原子数多了4个，今天重新用了一个VESTA，做出来的新胞原子数和原来一样，然后体积是有增大，因为新的基矢是原先基矢的对角线，就是增大了1.414倍，这样子，体积也就相应增大了。我提交了计算，一切正常，没有任何提示错误了，嘿嘿。就是请教您一下，这个体积增大对计算结果有什么影响吗？

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-22 09:48
如果写在论文里面，坐标转换肯定是要交代清楚的，但新构成的晶胞需要也放进文章里吗？您的经验是如何？

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-22 10:19

12342234 发表于 2022-7-21 11:03
请教一下您这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

计算复杂结构的化学成键，须得这样做，不然算出来的PDOS就是错的

作者
Author: 乘风万里 时间: 2022-7-22 10:47
本帖最后由乘风万里于 2022-7-22 10:56 编辑

12342234 发表于 2022-7-21 11:03
请教一下您这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

你看他的截图，TM周围6个O，很明显他要算晶体场相关的PDOS。但是VASP的轨道投影方向是由原胞决定的，原胞的z方向就是投影的z方向。很多时候，TM-O键不是跟坐标轴平行的，PDOS不好分析，把TM-O键旋转到原胞坐标轴方向就好分析了。你可以看看VASP论坛上这个回答：https://www.vasp.at/forum/viewtopic.php?t=18114。

作者
Author: 乘风万里 时间: 2022-7-23 19:04

lora2021 发表于 2022-7-22 09:46
谢谢您！我今天发现昨天用的VESTA有问题，做出来的晶胞原子数多了4个，今天重新用了一个VESTA，做出来的 ...

体积增大但原子数不变么？我觉得 atoms / volume 在变换过程中是不变的，你自己检查下新的晶胞看有没有问题。具体论文相关的我没有好的建议。

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-28 10:33

乘风万里发表于 2022-7-23 19:04
体积增大但原子数不变么？我觉得 atoms / volume 在变换过程中是不变的，你自己检查下新的晶胞看有没有问 ...

谢谢您！我知道要重建坐标系是最好的选择，也认真读了VESTA的使用说明书，但做出来的新晶胞总是不对，感觉体积变化应该影响不大，关键是原子排列不能变，可我新的坐标轴明明也是三轴相互垂直的，可做出来就变了，我感觉错了，找不出问题所在，只好又来请教您了！十分感谢！

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-28 10:36
这是我想建的坐标系，扁八面体的最短轴，作为Z轴，原z轴作为Y轴，新的x轴是[-110]方向，刚好平分两个O原子的夹角

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-28 10:39
这是vest变换的矩阵 (, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-28 10:45
接下去，do nothing ，得到下面这个结构：（我做成超胞显示）
x和y的夹角变成了120°，感觉结构变了，我想要的八面体的短轴也不是Z轴，不知道哪里出错，我反反复复试了好几天，还是没办法，只好来请教您了！

作者
Author: CJW 时间: 2022-7-28 11:09
请问这一篇文献可以分享一下吗，谢谢！

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-29 09:30
本帖最后由 lora2021 于 2022-7-29 09:33 编辑

CJW 发表于 2022-7-28 11:09
请问这一篇文献可以分享一下吗，谢谢！

10.1021/acs.jpcc.5b00861J. Phys. Chem. C 2015, 119, 21, 11570–11577

作者
Author: get-it 时间: 2022-7-29 22:13
试试这个矩阵
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作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-30 08:42

get-it 发表于 2022-7-29 22:13
试试这个矩阵
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貌似对了，嘿嘿，十分感谢！您是怎么算出来的哦？我是这样做的：转换矩阵乘以原矩阵，得到想要的结果矩阵。因为原矩阵是单位矩阵，所以转换矩阵就是想要的结果矩阵，然后就怎么都搞不出来，应该是我的方法有问题，您太厉害了，有没有相关文献啊？我得好好学一下！

作者
Author: get-it 时间: 2022-7-30 17:54
本帖最后由 get-it 于 2022-7-31 01:03 编辑

lora2021 发表于 2022-7-30 08:42
貌似对了，嘿嘿，十分感谢！您是怎么算出来的哦？我是这样做的：转换矩阵乘以原矩阵，得到想要的结果矩阵 ...

其实你的思路没错，但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-31 08:43

get-it 发表于 2022-7-30 17:54
其实你的思路没错，但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

啊，我的天啊，原来如此，有点丢脸

作者
Author: lora2021 时间: 2022-7-31 08:48

get-it 发表于 2022-7-30 17:54
其实你的思路没错，但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

不管怎样，十分感谢！很多时候，自己琢磨真的是很辛苦，一个小细节没注意到，就出大问题，还好有你，还好有大家，这个论坛感觉很温暖，加油！！！

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