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标题: Gaff力场模拟，能量最小化后同样的分子一部分分子却炸开了 [打印本页]

作者
Author: youxx189 时间: 2022-7-19 08:02
标题: Gaff力场模拟，能量最小化后同样的分子一部分分子却炸开了
本帖最后由 youxx189 于 2022-7-19 08:02 编辑

各位老师好，用garomacs软件模拟，立场是Gaff，装完盒子的时候结构正常，但是在能量最小化后同样的分子中一部分分子却炸开了，请问是什么原因？如果还需要提供什么文件，请告知，非常感谢。

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作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-19 08:47
你没有把问题描述清楚，也不太看得清你图中所表达的意思。
但似乎大概率是分子的top有问题。用这个 http://sobereva.com/soft/Sobtop

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-19 14:24
记住GROMACS、GAFF、“力场”怎么写

明显分子拓扑文件有问题，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

带真空区的体系模拟时不要带着EnerPres

作者
Author: youxx189 时间: 2022-7-20 17:34

sobereva 发表于 2022-7-19 14:24
记住GROMACS、GAFF、“力场”怎么写

明显分子拓扑文件有问题，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#F ...

好的非常感谢老师

作者
Author: youxx189 时间: 2022-7-20 17:35

牧生发表于 2022-7-19 08:47
你没有把问题描述清楚，也不太看得清你图中所表达的意思。
但似乎大概率是分子的top有问题。用这个 http:/ ...

好的谢谢老师我认真学习一下

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