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标题: 如何已知小肽的序列生成pdb [打印本页]

作者
Author: bdx 时间: 2022-7-19 11:35
标题: 如何已知小肽的序列生成pdb
已知小肽的序列（包含3个氨基酸），有没有什么在线服务可以直接根据序列生成pdb文件啊
另外，倒是找到一个在线服务可以从序列转换成smiles再转换成pdb，但最后生成的pdb文件里每一个原子归属的氨基酸残基不知道，有没有什么方法可以确定呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

作者
Author: bdx 时间: 2022-7-19 14:41

sobereva 发表于 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

谢谢sob老师！

作者
Author: 9heihei6 时间: 2023-8-30 21:10
本帖最后由 9heihei6 于 2023-8-30 21:12 编辑

sobereva 发表于 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

老师您好，我使用了您提供的这个网站，但是发现它处理出来的氨基酸结构有缺失，碳原子丢失了，请问是用错了么？
Pubchem下载的谷氨酸SDF格式文件如下：
33032
  -OEChem-08302308433D

19 18  0    1  0  0  0  0  0999 V2000
1.8673 1.4740 -1.0053 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.1163 0.7071 1.0794 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.5878 0.7410 1.0154 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-2.9184 -0.2347 -0.9789 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.6806 -1.7797 0.5894 N 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.1238 -0.6649 -0.7146 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.3856 -0.7970 -0.4512 C 0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.9609 -0.0832 0.4279 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.0137 0.5241 -0.0440 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-2.4156 0.1132 0.0818 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.5282 -1.6486 -0.9894 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.2668 -0.0337 -1.6022 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.8836 -1.1268 -1.3708 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.9129 -0.7486 1.2969 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.5643 0.8967 0.7156 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.6879 -1.9245 0.6494 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.2786 -2.6805 0.3327 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.2713 2.3275 -0.7398 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-4.0615 0.8235 0.8441 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  9  1  0  0  0  0
  1 18  1  0  0  0  0
  2 10  1  0  0  0  0
  2 19  1  0  0  0  0
  3  9  2  0  0  0  0
  4 10  2  0  0  0  0
  5  7  1  0  0  0  0
  5 16  1  0  0  0  0
  5 17  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  6  8  1  0  0  0  0
  6 11  1  0  0  0  0
  6 12  1  0  0  0  0
  7  9  1  0  0  0  0
  7 13  1  0  0  0  0
  8 10  1  0  0  0  0
  8 14  1  0  0  0  0
  8 15  1  0  0  0  0
M  END
> <PUBCHEM_COMPOUND_CID>
33032

> <PUBCHEM_CONFORMER_RMSD>
0.6

> <PUBCHEM_CONFORMER_DIVERSEORDER>
1
8
21
16
20
22
11
26
12
29
13
27
14
18
30
4
9
3
25
10
23
5
7
19
17
24
28
2
6
15

> <PUBCHEM_MMFF94_PARTIAL_CHARGES>
13
1 -0.65
10 0.66
16 0.36
17 0.36
18 0.5
19 0.5
2 -0.65
3 -0.57
4 -0.57
5 -0.99
7 0.33
8 0.06
9 0.66

> <PUBCHEM_EFFECTIVE_ROTOR_COUNT>
4

> <PUBCHEM_PHARMACOPHORE_FEATURES>
8
1 1 acceptor
1 2 acceptor
1 3 acceptor
1 4 acceptor
1 5 cation
1 5 donor
3 1 3 9 anion
3 2 4 10 anion

> <PUBCHEM_HEAVY_ATOM_COUNT>
10

> <PUBCHEM_ATOM_DEF_STEREO_COUNT>
1

> <PUBCHEM_ATOM_UDEF_STEREO_COUNT>
0

> <PUBCHEM_BOND_DEF_STEREO_COUNT>
0

> <PUBCHEM_BOND_UDEF_STEREO_COUNT>
0

> <PUBCHEM_ISOTOPIC_ATOM_COUNT>
0

> <PUBCHEM_COMPONENT_COUNT>
1

> <PUBCHEM_CACTVS_TAUTO_COUNT>
1

> <PUBCHEM_CONFORMER_ID>
0000810800000001

> <PUBCHEM_MMFF94_ENERGY>
6.4573

> <PUBCHEM_FEATURE_SELFOVERLAP>
40.714

> <PUBCHEM_SHAPE_FINGERPRINT>
10219947 1 18114172047710138944
10857977 72 15936421056452836647
12897270 3 15554175825776144829
12932741 1 17167865236071508295
12932764 1 18335707092039925015
14390081 3 17847062198721526473
15775835 57 18060704991489316993
19973954 147 18114745928076065853
21040471 1 18270684302234905758
230 275 18410014338180945724
23552423 10 17559964220941829943
3248919 1 18334858337750954131

> <PUBCHEM_SHAPE_MULTIPOLES>
177.34
4.65
1.28
1.04
2.76
0.18
-0.02
-1.11
0.54
-0.87
0.05
0.01
-0.11
-0.5

$$$$
使用obable转PDB如下：
COMPND 33032
AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 3.1.1
ATOM    1  O GLU A 1    1.867 1.474  -1.005  1.00  0.00          O
ATOM    2  OE1 GLU A 1    -3.116 0.707 1.079  1.00  0.00          O
ATOM    3  OXT GLU A 1    2.588 0.741 1.015  1.00  0.00          O
ATOM    4  OE2 GLU A 1    -2.918  -0.235  -0.979  1.00  0.00          O
ATOM    5  N GLU A 1    1.681  -1.780 0.589  1.00  0.00          N
ATOM    6  CB  GLU A 1    -0.124  -0.665  -0.715  1.00  0.00          C
ATOM    7  CA  GLU A 1    1.386  -0.797  -0.451  1.00  0.00          C
ATOM    8  CG  GLU A 1    -0.961  -0.083 0.428  1.00  0.00          C
ATOM    9  C GLU A 1    2.014 0.524  -0.044  1.00  0.00          C
ATOM    10  CD  GLU A 1    -2.416 0.113 0.082  1.00  0.00          C
ATOM    11  HB1 GLU A 1    -0.528  -1.649  -0.989  1.00  0.00          H
ATOM    12  HB2 GLU A 1    -0.267  -0.034  -1.602  1.00  0.00          H
ATOM    13  HA  GLU A 1    1.884  -1.127  -1.371  1.00  0.00          H
ATOM    14  HG1 GLU A 1    -0.913  -0.749 1.297  1.00  0.00          H
ATOM    15  HG2 GLU A 1    -0.564 0.897 0.716  1.00  0.00          H
ATOM    16  H1  GLU A 1    2.688  -1.925 0.649  1.00  0.00          H
ATOM    17  H2  GLU A 1    1.279  -2.680 0.333  1.00  0.00          H
ATOM    18  H GLU A 1    2.271 2.328  -0.740  1.00  0.00          H
ATOM    19  HE1 GLU A 1    -4.061 0.824 0.844  1.00  0.00          H
CONECT 1 9 18
CONECT 2 10 19
CONECT 3 9 9
CONECT 4 10 10
CONECT 5 7 16 17
CONECT 6 7 8 11 12
CONECT 7 5 6 9 13
CONECT 8 6 10 14 15
CONECT 9 1 3 3 7
CONECT 10 2 4 4 8
CONECT 11 6
CONECT 12 6
CONECT 13 7
CONECT 14 8
CONECT 15 8
CONECT 16 5
CONECT 17 5
CONECT 18 1
CONECT 19 2
MASTER       0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 19 0
END

但是用网站进行序列直接转换的PDB文件如下：
REMARK 4
REMARK 4 File created by VEGA 3.2.1
REMARK 4
ATOM    1  N GLU    1    -1.489  -0.090 0.000  1.00  0.00
ATOM    2  CA  GLU    1    -0.318  -0.951 0.000  1.00  0.00
ATOM    3  C GLU    1    0.948  -0.092 0.000  1.00  0.00
ATOM    4  O GLU    1    0.859 1.134 0.000  1.00  0.00
TER    5    GLU    1
CONECT 1 2
CONECT 2 1 3
CONECT 3 2 4
CONECT 4 3
MASTER       3 0 0 0 0 0 0 0 4 1 4 0
END

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-27 19:08

sobereva 发表于 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

老师，这个在线工具会给我的多肽小分子添加二级结构，影响分子对接结果，还有没有其他的什么方法既能保留原子归属氨基酸残基信息，又不会添加二级结构？

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-27 20:15
本帖最后由 student0618 于 2024-7-27 20:21 编辑

可参考 http://sobereva.com/687
其实主流的pymol chimera vmd Avogadro也有用序列建模的工具。
有的对接程序用序列直接跑，如cabsdock

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