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标题: 求助：关于Sobtop程序通过Hessian计算得到的力场总是出现问题 [打印本页]

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Author: wwl 时间: 2022-7-19 11:49
标题: 求助：关于Sobtop程序通过Hessian计算得到的力场总是出现问题
本帖最后由 wwl 于 2022-7-19 15:42 编辑

各位老师好，我使用Sob老师的这个小程序计算力场，但是得到的GAFF力场总会在能量最小化的时候崩溃，结果显示部分原子的能量超过了10的七次方。
我计算的是一对离子（胆碱阳离子carnitine和苹果酸阴离子DL-malic），基组用的都是# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity以下过程以胆碱阳离子carnitin为例，DL-malic与其过程一样。
先通过opt优化结构(输入文件为cainitine-opt.gjf)，通过高斯优化好的log文件转存为mol2格式的结构文件，然后使用相同基组通过freq计算频率，再使用formchk命令转换chk文件为fchk文件(carnitine-freq.fchk)。
我借鉴的是sob老师在http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 上的第一个例子：
carnitine-opt.mol2//输入mol2文件（DL-malic文件过程与其一样）
2 //产生gro文件
[回车] //默认的gro文件产生路径
-1 //设置产生力常数的方法
4 //DRIH方法
1 //产生GROMACS拓扑文件
2 //指认GAFF原子类型，没法指认的自动用UFF原子类型
2 //所有力常数都通过DRIH方法得到
carnitine-freq.fchk　//Gaussian的freq任务得到的，用于给Sobtop提供Hessian矩阵。这一步用ORCA的freq任务产生的.hess文件、xtb的--ohess任务产生的名为hessian的文件、CP2K振动分析的输出文件亦可
[回车] //用默认的top文件产生路径
[回车] //用默认的itp文件产生路径

下面几个文件分别为这对离子液体的gjf文件，mol2文件，fchk文件。请各位老师帮忙看看是哪里的问题，我捯饬了一上午也没有发现是哪的问题。非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-19 14:30
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4，阴阳离子必须分别处理

上传的每个文件都必须明确标清楚对应什么，别让别人根据文件名猜
运行sobtop的完整过程必须明确贴出来，确保别人能精确重复出你所做的事
置顶的新社员必读贴、论坛首页公告栏里都明确提示了，较大文本型文件必须先压缩再上传。

作者
Author: wwl 时间: 2022-7-19 15:50

sobereva 发表于 2022-7-19 14:30
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4，阴阳离子必须分别处理

上传的每个文件都必须明确标清楚对 ...

老师您好，感谢您的回复
我是按照您提示的将阴阳离子分开处理的，不过packmol构建盒子的时候，并不是将离子液体成对的构建盒子，此前构建过不少次离子液体的盒子，并没有因为这种原因导致系统崩溃的经历，基本上都能正常运行。而且成对出现的离子液体，它的top文件中molcule比较麻烦去写，要一个个交叉写出来。我又重新构建了盒子，盒子大小尽可能的大，各种离子已经尽可能的分散了，重建的几个盒子也都能量最小化失败了。
老师，很抱歉我没有表述清楚自己的过程，我又将以上问题重新编辑了下，又将文件压缩了，现在不缺少任何文件，方便您查看。
非常感谢您百忙之中对我的帮助，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-19 15:56
当前体系用GAFF就能很好描述，没有理由基于Hessian算力常数，而且这么做还导致分子的二面角的可旋转性没法正确表现，结果明显不合理。

当前只体现了产生拓扑文件的过程，没体现原子电荷怎么得到。

作者
Author: wwl 时间: 2022-7-19 16:52

sobereva 发表于 2022-7-19 15:56
当前体系用GAFF就能很好描述，没有理由基于Hessian算力常数，而且这么做还导致分子的二面角的可旋转性没法 ...

老师您好，非常感谢您的回复。
我又看了您在sobtop中提到的基于Hessian计算的例1的例子，确实有说明这种计算方法适合计算无机刚性体系，是我的疏忽，直接套用了您的第一个例子而没有考虑到它不适合自己的体系。我看您的第二个例子“产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的”，应该适合我的体系。非常感谢，不然我可能自己无法发现自己的疏忽。
原子电荷的话，我是用您http://sobereva.com/441 的博文中气象多巴胺的例子，通过Multiwfn程序计算的标准resp电荷，基组使用的仍然是比较常见的b3lyp/6-31+g(d,p)基组，并没有考虑到溶剂环境，后面我会尝试使用RESP2的计算方法重新校正我的电荷。
非常感谢您的回复对我的帮助，也感谢您的这些博文和程序为计算化学工作者们带来的便利。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-19 16:58

wwl 发表于 2022-7-19 16:52
老师您好，非常感谢您的回复。
我又看了您在sobtop中提到的基于Hessian计算的例1的例子，确实有说明这种 ...

计算RESP电荷，用懒人脚本，既简单又保证正确，懒人福音，无脑首选，我找不到任何拒用它的理由
http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

作者
Author: wwl 时间: 2022-7-19 17:07

牧生发表于 2022-7-19 16:58
计算RESP电荷，用懒人脚本，既简单又保证正确，懒人福音，无脑首选，我找不到任何拒用它的理由
http://b ...

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