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标题: 求助如何在GROMACS中采用准平衡法模拟溶剂蒸发过程，在每个预定时间内随机去除溶剂 [打印本页]

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-7-19 16:15
标题: 求助如何在GROMACS中采用准平衡法模拟溶剂蒸发过程，在每个预定时间内随机去除溶剂
请教各位老师，如何实现文献中提及的GROMACS模拟溶剂蒸汽退火的过程，即：如何实现随机去除一定数量的溶剂，并控制去除的速度呢？在预平衡的mdp文件中加入命令行还是额外写脚本呢？感谢老师

原文描述：采用准平衡分子动力学方法，采用NPT (P =1 bar, T = 300 K)，在每个预定义的时间dt中随机从溶液中去除100个溶剂分子，以模拟溶剂蒸发过程。通过改变dt: 1 ps(快)和100 ps(慢)来控制蒸发速率。图中展示了溶液的快速和缓慢的演化过程。

文献地址：http://dx.doi.org/10.1016/j.cclet.2016.05.030

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-7-24 10:34

sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

谢谢老师，我明白了您说的意思，并编写了脚本。出现了新的问题是我不知道如何将shell脚本和gmx联用，跑一段停一次并自动对结构进行处理的这一步骤，该如何读取跑的时间呢？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-24 11:49

吃西瓜的佩奇发表于 2022-7-24 10:34
谢谢老师，我明白了您说的意思，并编写了脚本。出现了新的问题是我不知道如何将shell脚本和gmx联用，跑一 ...

用shell脚本调用grompp和mdrun进行一段时间的模拟，然后用shell脚本对得到的gro文件和top文件进行修改，随机删除一些溶剂分子，然后继续调用grompp和mdrun进行模拟，循环多次。至于每次跑多长时间，可以先运行一段时间较长的，分析多长时间能产生溶剂蒸发的效果。

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-7-25 10:47

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-24 11:49
用shell脚本调用grompp和mdrun进行一段时间的模拟，然后用shell脚本对得到的gro文件和top文件进行修改， ...

请问老师，如何用shell脚本对top文件进行修改呢？修改的是哪一部分呢？目前我只能做到修改gro文件

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-25 12:48

吃西瓜的佩奇发表于 2022-7-25 10:47
请问老师，如何用shell脚本对top文件进行修改呢？修改的是哪一部分呢？目前我只能做到修改gro文件

top文件最后一段是体系中每种分子的数目，因为删除了溶剂，所以要修改溶剂分子的数目

作者
Author: 吃西瓜的佩奇 时间: 2022-7-25 14:45

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-25 12:48
top文件最后一段是体系中每种分子的数目，因为删除了溶剂，所以要修改溶剂分子的数目

好的，非常感谢老师

作者
Author: why1314 时间: 2022-8-18 20:06
您好，请问您是用什么力场？蒸发过程跟力场有关系么？我想用OPLS-AA来做蒸发可以么？

作者
Author: why1314 时间: 2022-8-18 20:09

sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

老师，我想用OPLS-AA力场做蒸发，可以么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-19 12:30

why1314 发表于 2022-8-18 20:09
老师，我想用OPLS-AA力场做蒸发，可以么？

可

作者
Author: why1314 时间: 2022-8-19 19:44

sobereva 发表于 2022-8-19 12:30
可

谢谢老师我尝试一下

作者
Author: 渡边京介 时间: 2024-11-27 18:13

sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

老师，像这样处理之后的到的每一步的gro文件，可以在vmd里做成连贯的动画吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 11:28

渡边京介发表于 2024-11-27 18:13
老师，像这样处理之后的到的每一步的gro文件，可以在vmd里做成连贯的动画吗

写批处理脚本可以实现

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