计算化学公社

标题: （已解决）AmberTools20及gmx_mmpbsa安装相关疑问 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-19 21:40
标题: （已解决）AmberTools20及gmx_mmpbsa安装相关疑问
本帖最后由 uenh1998 于 2022-7-21 15:45 编辑

各位老师好，今天我在虚拟机上安装gmx_mmpbsa时遇到了一些问题，于是发帖求助一下大家！
虚拟机系统是CentOS7.6，cmake版本：3.20.0，fftw版本：3.3.10，openmpi版本：4.1.4。已经成功安装并运行gromacs2020.6版本。说明这几个东西安装没问题。
接下来安装AmberTools20。采用官网给的方法 https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/，先安装了Python3.9.12，Miniconda3也安装完成。利用官网https://ambermd.org/GetAmber.php#ambertools 方法也成功安装了AmberTools20。但是根据https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/ 方法安装mmpbsa时，显示出了如图的错误。不是很明白错误出在哪里，以及解决办法。请大佬们指点一下！

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-19 21:47
AmberTools并没有这个功能，你需要完整的安装amber20+ambertools，单一个free版本的AmberTools可能没有这个功能。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-19 21:50

yjb 发表于 2022-7-19 21:47
AmberTools并没有这个功能，你需要完整的安装amber20+ambertools，单一个free版本的AmberTools可能没有这个 ...

但是https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/ 官网有说安装AmberTools就行了吧，并没有说必须要Amber。你是怎么安装完成mmpbsa的呢？

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-19 21:52

uenh1998 发表于 2022-7-19 21:50
但是https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/ 官网有说安装AmberTools就行了 ...

我刚刚只是测试了一下，有amber和只有ambertools这两种情况，运行amber.python。并没有用过mmpbsa。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-19 22:04

yjb 发表于 2022-7-19 21:52
我刚刚只是测试了一下，有amber和只有ambertools这两种情况，运行amber.python。并没有用过mmpbsa。

是不是有Amber能运行amber.python，而只有AmberTools这个指令就没法运行了

作者
Author: yjb 时间: 2022-7-19 22:16

uenh1998 发表于 2022-7-19 22:04
是不是有Amber能运行amber.python，而只有AmberTools这个指令就没法运行了

是的

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-19 22:44

yjb 发表于 2022-7-19 22:16
是的

那我明天在安装一下Amber试试，谢谢你的建议！

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-7-19 23:07
这个是不是要添加环境变量？~/.bashrc里面

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-20 08:28

5撇到3撇发表于 2022-7-19 23:07
这个是不是要添加环境变量？~/.bashrc里面

您好，这是我目前安装所有东西的环境变量设置。您说的是把Python3以及AmberTools都设置环境变量嘛

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自带的mmpbsa.py，所以说要安装完整的amber。楼主你只需要安装一下ancanda，然后按照官网的canda environment的步骤来就行了，官网给的本来就是不同的安装参考方式，没必要全塞进去，我之前是先安装ancanda，然后用以下指令。
conda update conda
conda create -n gmxMMPBSA python=3.9 -y -q
conda activate gmxMMPBSA
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4
python -m pip install pyqt5
conda install -c conda-forge mpi4py=3.1.3 ambertools=21.12 compilers -y -q
python -m pip install gmx_MMPBSA
楼主可以先把之前安装的清掉，然后按照这个试试。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-20 14:29

dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自 ...

这个安装方法有网址说嘛，我貌似没找到

作者
Author: frank666 时间: 2022-7-20 15:10

uenh1998 发表于 2022-7-20 14:29
这个安装方法有网址说嘛，我貌似没找到

官网里没有这么详细，但是按照上面的同学的代码跑一遍就装上了，我也是这样安装的，装个conda，在conda环境下运行gmx_mmpbsa就可以了

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-20 15:41

frank666 发表于 2022-7-20 15:10
官网里没有这么详细，但是按照上面的同学的代码跑一遍就装上了，我也是这样安装的，装个conda，在conda环 ...

麻烦再打扰一下，是不是每次要用mmpbsa时候，要先conda activate gmxMMPBSA一下才行呢

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-20 16:34

dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自 ...

首先谢谢您的建议，按你说的指令安装完成后，将我之前做的相应需要的文件拷贝过来后，运行gmx_mmpbsa试算，但是出现如图的错误，还是想请教一下错误出现在了哪里，以及怎么解决？

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-20 18:49

uenh1998 发表于 2022-7-20 15:41
麻烦再打扰一下，是不是每次要用mmpbsa时候，要先conda activate gmxMMPBSA一下才行呢

是的哈哈哈，你得先激活环境，然后再弄个参数文件，命令是gmx_MMPBSA -- create pb gb decomp,参数设置啥的官网都有的，你多翻翻。

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-20 18:51

uenh1998 发表于 2022-7-20 16:34
首先谢谢您的建议，按你说的指令安装完成后，将我之前做的相应需要的文件拷贝过来后，运行gmx_mmpbsa试算 ...

你这个我也不知道哇

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-20 18:54

uenh1998 发表于 2022-7-20 14:29
这个安装方法有网址说嘛，我貌似没找到

就是官网copy的，canda、pip那个地方，等他显示完整。不好好看官网

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-20 21:14

dzdhp 发表于 2022-7-20 18:54
就是官网copy的，canda、pip那个地方，等他显示完整。不好好看官网

按官网上conda方法执行了所有的命令，没有报明显的错误，但是在执行计算时出现了如图的错误。这次又摸不到头脑了，还请大佬指点一下（Linux系统我太菜了，只会一些基本的操作。。。）
参数文件mmpbsa.in已上传。

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-21 08:53

uenh1998 发表于 2022-7-20 21:14
按官网上conda方法执行了所有的命令，没有报明显的错误，但是在执行计算时出现了如图的错误。这次又 ...

gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cp complex.top -ci index.ndx -cg 11 12 -ct no_pbc.xtc -o energy.dat
其实我也不是很懂，感觉是指令有问题，你试试这个

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-21 15:44

dzdhp 发表于 2022-7-21 08:53
gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cp complex.top -ci index.ndx -cg 11 12 -ct no_pbc.xtc -o en ...

谢谢你的帮助，刚才折腾了一会，把官网指令全copy一遍终于弄好了！

作者
Author: nanlio 时间: 2023-4-16 18:31

dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自 ...

python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4

您好，请问为什么我pip老是报错呢？

显示ERROR: Failed building wheel for ParmEd

作者
Author: jim 时间: 2023-10-14 19:26

nanlio 发表于 2023-4-16 18:31
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4

您好，请问为什 ...

今天白天我装也没成功，晚上打开后进入gmxMMPBSA文件目录，再输入这个命令，好像可以了，可以参考。

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-28 12:46

dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自 ...

https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4
你好，这个链接点进去失效了，也在文件夹中找不到，请问应该用什么替换呀

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)