计算化学公社

标题: Gaussian结构优化后的稳定单体如何计算分子内的氢键？ [打印本页]

作者
Author: aeroblues 时间: 2022-7-20 17:31
标题: Gaussian结构优化后的稳定单体如何计算分子内的氢键？
想请问一下对单体进行了Gaussian几何结构优化后的分子内氢键如何寻找到呢？就是如何画出下图中的橙色虚线部分。我试图用VMD进行分析，可是没有显示出来。这个需要进行扫描么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-20 21:32
VMD里用H-bond的drawing method就能显示。默认的几何判断阈值太严，应当适度放宽

另外，用Multiwfn绘制IRI图可以很直观地展现出氢键作用，看
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

作者
Author: aeroblues 时间: 2022-7-20 23:53

sobereva 发表于 2022-7-20 21:32
VMD里用H-bond的drawing method就能显示。默认的几何判断阈值太严，应当适度放宽

另外，用Multiwfn绘制I ...

谢谢老师！

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