计算化学公社

标题: 如何计算pull的参数 [打印本页]

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-20 22:10
标题: 如何计算pull的参数
请问如何计算pull里的参数我目的是在模拟的方盒两侧加上石墨烯板子，然后使用pull模块施加压力
但是里面的pull_k参数不清楚怎么设置

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-21 10:31
这个参数多大与pull的对象有关，太小可能几乎没有影响，太大会导致体系崩溃，一般情况下具体数值需要做测试得到，如果完全相同的体系已经有其他人做过了，可以参考其参数设置。

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-21 23:10

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-21 10:31
这个参数多大与pull的对象有关，太小可能几乎没有影响，太大会导致体系崩溃，一般情况下具体数值需要做测试 ...

谢谢，我自己计算了得出理论值。
不知道哪里有最新版的pull模块教程，我发现现版本的pull模块不能用旧版本参数了

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-22 12:34
https://manual.gromacs.org/docum ... ns.html#com-pulling
参考手册，一般需要设置的参数有pull pull-ngroups pull-ncoords pull-group1-name pull-coord1-type pull-coord1-geometry pull-coord1-groups pull-coord1-dim pull-coord1-start pull-coord1-init pull-coord1-rate pull-coord1-k

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-23 15:51

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-22 12:34
https://manual.gromacs.org/documentation/2022/user-guide/mdp-options.html#com-pulling
参考手册，一 ...

感谢，我设置成功了，成功跑起来了，但是还有个问题，就是新版的pull-coord1-k只能设置一个力，怎么对不同模块的不同力进行设置file:///C:/Users/Jam/Desktop/QQ%E5%9B%BE%E7%89%8720220723154932.png

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-23 18:05

Jam_ 发表于 2022-7-23 15:51
感谢，我设置成功了，成功跑起来了，但是还有个问题，就是新版的pull-coord1-k只能设置一个力，怎么对不 ...

如果要设置多个反应坐标，应该修改数字
例如：pull-coord1... pull-coord2... pull-coord3...
然后分别设置每个反应坐标的约束

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-23 19:39

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 18:05
如果要设置多个反应坐标，应该修改数字
例如：pull-coord1... pull-coord2... pull-coord3...
然后分别 ...

感谢回答，我先前也尝试过pull-coord1...pull-coord2...设置，但是还是不能正常运行，这让我很疑惑

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-23 20:11
pull                   = yes
pull_ncoords          = 2
pull_ngroups          = 3
pull_group1_name       = A
pull_group2_name       = B
pull_group3_name       = C
pull_coord1_type       = umbrella
pull_coord1_geometry    = distance
pull_coord1_dim       = Y Y Y
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_init       = 10.0
pull_coord1_rate       = 0.0
pull_coord1_k          = 1000
pull_coord2_type       = umbrella
pull_coord2_geometry    = distance
pull_coord2_dim       = Y Y Y
pull_coord2_groups    = 1 3
pull_coord2_init       = 10.0
pull_coord2_rate       = 0.0
pull_coord2_k          = 500
这是我用的一段pull设置，下划线和减号应该都可以

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-23 22:33

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 20:11
pull                   = yes
pull_ncoords          = 2
pull_ngroups          = 3

感谢，我很纳闷，我设置的和你差不多，为什么我的就是报错

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-23 23:02

Jam_ 发表于 2022-7-23 22:33
感谢，我很纳闷，我设置的和你差不多，为什么我的就是报错

pull_ncoords默认是1，所以所有pull_coord2...都没有被识别
应该设置pull_ncoords为2，然后设置两个一样的反应坐标，分别加约束

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-23 23:28

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:02
pull_ncoords默认是1，所以所有pull_coord2...都没有被识别
应该设置pull_ncoords为2，然后设置两个一样 ...

感谢解答，添加坐标后确实没问题了。但是又有新的问题，我从字面理解是盒子不够大，我重新设置盒子大小一样不能避免

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-7-23 23:57

Jam_ 发表于 2022-7-23 23:28
感谢解答，添加坐标后确实没问题了。但是又有新的问题，我从字面理解是盒子不够大，我重新设置盒子大小一 ...

设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满了XY平面，所以XY方向上质心可以在任何位置，这样就无法计算了，但是因为施加的质心牵引只有Z方向的，所以XY方向可以不算。

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-24 16:50
本帖最后由 Jam_ 于 2022-7-24 16:51 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:57
设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满 ...

感谢，这个问题解决了。
跑出来结果很不理想，感觉像没施加到压力。水通量也是随时间呈显倒流，我猜测是因为溶液渗透的原因。
mdp文件上面是用Pull模块，下面使用acc模块。
第一个图是模拟前，第二个图是模拟5ns之后，由于涉及隐私，我把主要的部分打上码，望见谅。
现在跑这个体系遇到最大问题就是无法复现文献的数据，acc模块相差10倍，pull模块水分子倒流（见图）

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-7-26 14:27

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:57
设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满 ...

感谢感谢，我自己试了几天参数设置问题，跑出来的结果终于正确了。
谢谢老师的解答，太感谢了

作者
Author: zyp1999 时间: 2023-2-28 20:59

Jam_ 发表于 2022-7-21 23:10
谢谢，我自己计算了得出理论值。
不知道哪里有最新版的pull模块教程，我发现现版本的pull模块不能用旧版 ...

可以问一下楼主，pull_k参数的理论值怎么计算的吗？

作者
Author: Jam_ 时间: 2023-3-2 21:34

zyp1999 发表于 2023-2-28 20:59
可以问一下楼主，pull_k参数的理论值怎么计算的吗？

这个有点复杂的，你找下公式，我记得要从做功方面的公式，具体忘了，大半年前的推导了

作者
Author: Jam_ 时间: 2023-3-2 21:36

zyp1999 发表于 2023-2-28 20:59
可以问一下楼主，pull_k参数的理论值怎么计算的吗？

我看你问的问题和我们课题组做的类似，如果不介意可以加我微信，我把公式推导发你qqq_3063

作者
Author: qmlearner 时间: 2023-9-6 16:30
本帖最后由 qmlearner 于 2023-9-6 16:33 编辑

Jam_ 发表于 2022-7-24 16:50
感谢，这个问题解决了。
跑出来结果很不理想，感觉像没施加到压力。水通量也是随时间呈显倒流，我猜测是 ...

楼主好，我的体系跟你的相似，在一个石墨烯板上加相当于一个大气压的力，另一个石墨烯板上加比较的大的力，两个板上的力是相对方向。跑了差不多1 nm，并没有出现像文献中那样较小压力一侧的石墨烯板被挤压的后退的现象。能否请教一下楼主最后是调的哪些参数解决的吗？

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-12-25 19:17

Jam_ 发表于 2022-7-26 14:27
感谢感谢，我自己试了几天参数设置问题，跑出来的结果终于正确了。
谢谢老师的解答，太感谢了

能请教下这个问题最后是出在哪里吗？我出现了类似的情况，体系为石墨烯板加甲烷，甲烷类似于您说的水分子，出现了倒退的现象，并没有呈现正常的”压缩“现象

作者
Author: webridging 时间: 2024-5-11 12:17

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:57
设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满 ...

这位老师真热心

作者
Author: 1175193689 时间: 2024-5-21 10:04

Jam_ 发表于 2023-3-2 21:36
我看你问的问题和我们课题组做的类似，如果不介意可以加我微信，我把公式推导发你qqq_3063

楼主，请问您的水通量问题最后是怎么解决的？我最近也遇到了类似的问题

作者
Author: 1175193689 时间: 2024-5-21 15:26

qmlearner 发表于 2023-9-6 16:30
楼主好，我的体系跟你的相似，在一个石墨烯板上加相当于一个大气压的力，另一个石墨烯板上加比较的大的力 ...

这个问题我也遇到了，请问您解决了吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)