计算化学公社

标题: 用b3lyp/3-21g得到的结果能否用于文章中验证实验的部分 [打印本页]

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-21 09:48
标题: 用b3lyp/3-21g得到的结果能否用于文章中验证实验的部分
本帖最后由云隐i 于 2022-7-21 20:28 编辑

最近在做蛋白质与配体相互作用的研究，配体的结构是用gauss view画的，配体结构画出来之后用gauss view将其与蛋白质连接：将蛋白质的二硫键断开，使配体的砷原子直接与两个硫原子连接，连接之后保存pdb格式文件，再按照gromacs蛋白质配体复合物教程分别得到蛋白质和配体的gro文件和拓扑文件，蛋白质拓扑直接用pdb2gmx得到，配体是首先用Gaussian计算了freq（b3lyp/3-21g）,然后用其计算得到的fchk文件作为Multiwfn的输入文件得到原子电荷，再用sobtop生成其拓扑和gro文件，得到的配体跑能量最小化也是可以的。因为看到之前的帖子说3-21g不太好，但是我的机器好像也只能用3-21g了

，想问一下各位老师，我用这个基组得到的拓扑可以用来发文章嘛（只作为解释实验现象的一小部分）？我是量化零基础的，关于一些术语的描述出现错误还请老师们多包涵

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-21 14:20
不行。别的不说，3-21G连极化函数都没有，而S的3d轨道、As的4d轨道对于这个结合反应都是很重要的，如果不考虑这些轨道势必算不准。
至少活性中心附近必须至少用6-31G*。此外结构必须用DFT优化，必须加色散校正，且必须加溶剂模型。

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-21 14:53

wzkchem5 发表于 2022-7-21 14:20
不行。别的不说，3-21G连极化函数都没有，而S的3d轨道、As的4d轨道对于这个结合反应都是很重要的，如果不考 ...

感谢老师的回复，但是我计算的只是从复合物中提取出来的配体的freq，只涉及As,并不涉及到S，老师您上边说的基组 6-31G + (3d, _) 还是适用的吧？再麻烦问一下老师，溶剂模型该如何选择？问的比较基础，麻烦老师了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-21 15:54

云隐i 发表于 2022-7-21 07:53
感谢老师的回复，但是我计算的只是从复合物中提取出来的配体的freq，只涉及As,并不涉及到S，老师您上边说 ...

对，只涉及As也有描述As的4d轨道的问题，这就是为什么必须有极化函数。
溶剂模型看http://sobereva.com/327

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-21 16:24

wzkchem5 发表于 2022-7-21 15:54
对，只涉及As也有描述As的4d轨道的问题，这就是为什么必须有极化函数。
溶剂模型看http://sobereva.com/ ...

好的，感谢老师的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-21 19:11
记清楚Gaussian和Multiwfn怎么拼

3-21G仅仅够用来描述感兴趣区域以外部分的原子，起到粗略描述外环境+支撑结构的作用。感兴趣的区域6-31G*是保底，再低文章就铁定发不出去了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-21 19:19
如果你导师让你用自己的台式机、笔记本电脑做计算，那是他的问题，他应该给你解决计算资源的问题。让他（或他授权以他的名义，你自己去）开个超算账号，做你这点计算，花不了什么钱。

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-21 20:29

sobereva 发表于 2022-7-21 19:11
记清楚Gaussian和Multiwfn怎么拼

3-21G仅仅够用来描述感兴趣区域以外部分的原子，起到粗略描述外环境+支 ...

不好意思老师，已修改，感谢老师的回复

作者
Author: 云隐i 时间: 2022-7-21 20:35
本帖最后由云隐i 于 2022-8-3 21:39 编辑

zjxitcc 发表于 2022-7-21 19:19
如果你导师让你用自己的台式机、笔记本电脑做计算，那是他的问题，他应该给你解决计算资源的问题。让他（或 ...

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