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标题: Amber14安装方法 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-22 16:48
标题: Amber14安装方法

Amber14安装方法

Installation method of AMBER14

文/Sobereva @北京科音 2014-Nov-22

编译环境：RHEL6U1-64bit, root, bash。硬件：Core 2 Q6600，GTX770。安装到/sob/amber14。用的编译器、MPI库版本在文中都已经注明了，其它软件环境下不保证能按此文方法顺利编译，请根据错误提示自行解决。

Amber越来越多的东西都被挪到免费开源的AmberTools里面了。Amber14只剩PMEMD一个模块了，其它所有模块，包括曾经amber最核心的sander，都已经弄到AmberTools14里了。可以说，光靠AmberTools就已经足够进行动力学模拟了。如果需要更快的速度和GPU加速，才需要花钱买Amber。

====准备工作====

准备好Amber14.tar.bz2，去官网免费下载AmberTools14.tar.bz2。

安装ifort,icc 12.1.0到默认路径（其它版本我没试过）。MKL对性能影响很小，这里不用MKL。

编译openmpi：
去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI 1.6.5（更新的版本大抵也可以，笔者没测试），解压到/sob目录下，进入其目录，运行
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort; make all install
此时openmpi的可执行文件、库文件、头文件等就被装到了/usr/local里面的对应目录下。

然后在.bashrc里加上
export AMBERHOME=/sob/amber14
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib

运行bash使环境变量生效。

进入/sob目录，将AmberTools14.tar.bz2在当前目录下解压。将Amber14.tar.bz2也在当前目录下解压，这会合并掉一些目录，覆盖几个文件。然后amber14目录下应该会看到Ambertools、src、benchmarks等目录。

要保持联网畅通，以使得安装程序能自动使用官网上的补丁。

====编译串行版本====

cd /sob/amber14
./configure intel，程序检测到有补丁文件，输入y。

运行make install开始编译，耗时20多分钟。
运行make test进行测试。测试时间相当长，两个小时左右。测试内容包括面向第三方量化程序的QMMM接口，如果机子上有gaussian、orca、terachem等等，在测试过程中都会被调用。笔者这里有11个测试failure，大部分是和orca有关的，这无关紧要。测试结果在/sob/amber14/logs目录下有汇总。

====编译并行版本====

./configure -mpi intel
make install
会在bin目录下生成MMPBSA.py.MPI、pmemd.amoeba.MPI、pmemd.MPI、sander.LES.MPI、sander.MPI等带.MPI后缀的文件。

进行测试，-np后面是测试时用的核数。
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test
一般的四核机子应该大概在半个小时内完成。笔者458个测试悉数通过。

编译OpenMP并行版NAB和Cpptraj
./configure -openmp intel
make openmp
编译出来的名字和串行版本一样仍叫nab和cpptraj。

====编译GPU版PMEMD====

先去nVidia网站下载并安装CUDA toolkit到默认路径，笔者用的是5.5。然后在.bashrc里加入
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-5.5
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
运行bash使之生效

cd /sob/amber14
./configure -cuda intel
make install
./configure -cuda -mpi intel
make install
很快就编译完了，bin目录下产生了pmemd.cuda和pmemd.cuda.MPI。这是默认的SPFP版本，是精度和速度的最佳平衡。还有种DPFP版本，把-cuda改为-cuda_DPFP就可以编译，精度更高但计算消耗也明显更高，一般没必要。

测试串行版GPU版
make test.cuda
测试并行版GPU版
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test.cuda_parallel

笔者这里提示的Possible failure竟接近半数。原因大抵是GPU跑动力学的重现性本来就比CPU跑更低，所以和参考值偏差容易较明显，但这也不能说当前设备跑的结果不合理，只不过是探索相空间的不同区域罢了。

附之前版本的编译方法：

Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法，以及Amber12安装方法
http://sobereva.com/103

Amber10安装方法
http://sobereva.com/3

作者
Author: cyang 时间: 2014-11-24 13:59
太好了，有时间装个试试，之前一直是用NAMD

作者
Author: psfan 时间: 2014-11-25 08:54
不知何时能见到传说中的amber14

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下，如果我只用Amber做一些小分子的力场参数，是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber .这样可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-3 20:32

ruanyang 发表于 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下，如果我只用Amber做一些小分子的力场参数，是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber . ...

可以。
实际上，ambertools已经包含了当初amber绝大部分功能了，就连曾经动力学模拟的核心程序sander都包含进去了，可以说amber14反倒是“可有可无”了

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-1-3 20:56
好的Sob老师，谢谢！

作者
Author: 肖富贵 时间: 2015-1-23 23:25
Sob前辈，您好！

非常谢谢您分享Amber的安装经验！

我有一个小问题，请您看一下。
在编译openmpi的时候，您用了icc和ifort, 在您以前的博客中看到下边的信息：Install intel compilers (The advantage in speed is huge relative to GNU compilers).

我在amber的manual和其它地方没有搜到相关的信息(也就是icc比gnu快的信息。)

请问我可不可以用gnu编译，而不是用icc？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-23 23:55

肖富贵发表于 2015-1-23 23:25
Sob前辈，您好！

非常谢谢您分享Amber的安装经验！

amber的计算量大的代码都是基于fortran的，c编译器实际上用什么无所谓，不影响速度，关键是ifort比gfortran强多了。amber在configure的时候，选了intel，则c编译器也自动用icc了。你也可以尝试手动把config.h里的编译器替换成gcc，而fortran部分还是ifort。

作者
Author: 肖富贵 时间: 2015-1-24 00:07

sobereva 发表于 2015-1-23 23:55
amber的计算量大的代码都是基于fortran的，c编译器实际上用什么无所谓，不影响速度，关键是ifort比gfor ...

多谢Sob前辈指点！

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-27 09:36
本帖最后由 lao7 于 2015-1-27 09:45 编辑

谢谢，找到了！

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-27 11:24
如何安装安装ifort,icc 12.1.0到默认路径（其它版本我没试过）。centos通过 yum在线安装？试了几个关键词都不行。
我电脑上已经安装了openmpi，运行orca用的

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-27 11:39

lao7 发表于 2015-1-27 11:24
如何安装安装ifort,icc 12.1.0到默认路径（其它版本我没试过）。centos通过 yum在线安装？试了几个关键词 ...

下载ifort包，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D1，解压之后有个安装脚本，运行之，按提示操作即可。

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-27 12:56
谢谢学学安装一下哈

作者
Author: therotyonth 时间: 2015-3-13 10:20
谢谢Sob老师！

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-3-16 08:34

谢谢

作者
Author: abdoman 时间: 2015-5-20 21:18
“所以和参考值偏差容易较明显，但这也不能说当前设备跑的结果不合理，只不过是探索相空间的不同区域罢了。”
有一个问题，就是GPU计算失败了很多，大误差如何判定是合理的，而不是安装编译有问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-20 21:42
测试结果中可以看偏差多少。根据测试任务内容，以及相对偏差多少，有经验的话心里会有数。
也可以先跑跑一般的任务，看看是否正常。

作者
Author: tbw@zyc 时间: 2015-6-11 21:22
请问能给的链接里面的icc  ifort能在ubuntu kylin14版本上安装吗？我安装过程中出现了这个
step no: 4 of 6 | Options > Missing Critical Pre-requisite
--------------------------------------------------------------------------------
32-bit libraries not found on this system.
This product release requires the presence of 32-bit compatibility libraries
when running on Intel(R) 64 architecture systems. One or more of these libraries
could not be found:
libstdc++ (including libstdc++6)
glibc
libgcc
Without these libraries, the compiler will not function properly.  Please refer
to Release Notes for more information.
--------------------------------------------------------------------------------
1. See next issue [default]
2. Back to Pre-requisite summary dialog

h. Help
b. Back to the previous menu
q. Quit
--------------------------------------------------------------------------------
Please type a selection or press "Enter" to accept default choice [1]:
而且我也尝试了 ubuntu 安装命令  sudo apt-get install libstdc++       sudo apt-get install glibc sudo apt-get install libgcc 后面2个命令没有用
希望有经验的高手指点下

作者
Author: tbw@zyc 时间: 2015-6-12 11:52
sob神如果直接用ubuntu里自带的gcc g++ gfortran 来编译安装对比你提供的包（icc ifort 少了c++对应的icpc,）安装好后速度差距有多大呢？
（我也是首先尝试了您提供的方法可是ubuntu里天然就没有intel的编译器而且amber安装需要的icc icpc ifort，因为没有icpc的包就放弃了）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-12 16:48

tbw@zyc 发表于 2015-6-12 11:52
sob神如果直接用ubuntu里自带的gcc g++ gfortran 来编译安装对比你提供的包（icc ifort 少了c++对应的ic ...

现在的版本速度差多少我不好说，当年编译amber9或者10的时候有过对比，ifort编译出的运行速度是gfortran的7倍。
不过也有可能当时默认的编译脚本没有把gfortran的优化选项充分开启。

我基本不用ubuntu，一直用RHEL，所以ubuntu那个提示怎么解决我也不好确切回答，反正肯定是缺32bit兼容库文件。即便是RHEL下安装，有时候也会有提示，也得自己找包去补上这些库。

作者
Author: tbw@zyc 时间: 2015-6-14 14:17
哦谢谢SOB的回复，我仔细阅读了amber mannual 发现它的installattion举例就用UBUNTU的，问题已经解决了再次感谢

作者
Author: psfan 时间: 2015-6-16 09:05

sobereva 发表于 2015-5-20 21:42
测试结果中可以看偏差多少。根据测试任务内容，以及相对偏差多少，有经验的话心里会有数。
也可以先跑跑一 ...

请教sob老师，这是不是意味着GPU跑出来的结果不确定性更大？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-16 09:09

psfan 发表于 2015-6-16 09:05
请教sob老师，这是不是意味着GPU跑出来的结果不确定性更大？

虽然原则上是这样，但是不确定性高本身就是MD自身的特征，所以论重现性，CPU也未必比GPU强哪去
这里有更多讨论
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

作者
Author: psfan 时间: 2015-6-16 09:10

sobereva 发表于 2015-6-16 09:09
虽然原则上是这样，但是不确定性高本身就是MD自身的特征，所以论重现性，CPU也未必比GPU强哪去
这里有更 ...

谢谢sob解答。

作者
Author: hplc2008 时间: 2015-12-19 11:55
积分不够,如何下载amber14呢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-19 12:17

hplc2008 发表于 2015-12-19 11:55
积分不够,如何下载amber14呢

没有别的办法。本论坛建立目的不是公开的下载站，而是交流的论坛。
获得积分的方法在置顶的新人必读写明了

作者
Author: smutao 时间: 2015-12-21 04:14
请教一下：
GPU的模块是不是收费的？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-21 05:29

smutao 发表于 2015-12-21 04:14
请教一下：
GPU的模块是不是收费的？

是的。PMEMD才支持GPU，但PMEMD收费。如果不用GPU跑，可以用较慢的sander，目前是在免费的ambertools包里发布的。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-14 08:33
Sob老师，可以不编译串行版本直接编译并行版本吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-14 09:43

liyuanhe211 发表于 2016-7-14 08:33
Sob老师，可以不编译串行版本直接编译并行版本吗？

虽然也可以，但是很多工具只有编译串行版的时候才会生成，所以只编译并行版得到的是不完整的。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-14 09:50

sobereva 发表于 2016-7-14 09:43
虽然也可以，但是很多工具只有编译串行版的时候才会生成，所以只编译并行版得到的是不完整的。

我明白了，谢谢Sob老师！

作者
Author: lsbaa1937 时间: 2017-3-19 14:21
老师你好我在安装并行版时出现以下错误并且没有.MPI后缀的文件是怎么回事
make[4]: *** [cpptraj] 错误 1
make[4]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj/src'
make[3]: *** [parallel] 错误 2
make[3]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj'
make[2]: *** [cpptraj] 错误 2
make[2]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src'
make[1]: *** [parallel] 错误 2
make[1]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src'
make: *** [install] 错误 2

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-3-19 14:37

lsbaa1937 发表于 2017-3-19 14:21
老师你好我在安装并行版时出现以下错误并且没有.MPI后缀的文件是怎么回事
make[4]: *** [cpptraj] 错误 ...

这是报错之后的结果，报错信息恰这其上几行，应详细阅读其上几行的报错信息

作者
Author: lsbaa1937 时间: 2017-3-20 00:07

zjxitcc 发表于 2017-3-19 14:37
这是报错之后的结果，报错信息恰这其上几行，应详细阅读其上几行的报错信息

能帮我看一下这是什么原因吗

作者
Author: lsbaa1937 时间: 2017-3-20 00:15

zjxitcc 发表于 2017-3-19 14:37
这是报错之后的结果，报错信息恰这其上几行，应详细阅读其上几行的报错信息

dgesvd.f:(,text+0x3c9):undefined reference to"_gfortran concat string
dgesvd.f:(.text+exdae):undefined reference to "Lofortran concat string
/home/AMBER/amber14/lib/Liblapack.a(dormbr.o):In function "dormbr
dormbr.f:(.text+0x3a0):undefined reference to" ofortran concat string
dormbr.f:(.text+exsea):undefined reference to'gfortran concat string
dormbr.f:(.text+0x681):undefined reference to"gfortran concat string'
/hone/AMBER/amber14/lib/liblapack.a(dormbr.o):dormbr.f:(.text+0x6f9):more un
ined references to "_gfortran_concat string follow
/home/AMBER/amber14/lib/libblas.a(xerbla.o):In function xerbla
xerbla.f:(.text+0x77):undefined reference to "gfortrantext+0x57):undefined reference to "gfortran st write'
xerbla.f:(.text+0x77):undefined reference to "gfortrantext+0x67):undefined reference to"_gfortran transfer characte
xerbla.f:(.text+0x77):undefined reference to "gfortran trans
text+0x7f):undefined reference to" gfortran st write done
xerbla.f:(.text+0x89):undefined reference to "_ofortran_stop numeric
hake[4]:***[cpptrail 错误1
nake[4]:Leaving directory "/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj/src
hake[3]:***[parallel]错误2
iake[3]:Leaving directory "/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj
hake[2]:***[cpptraj]错误2
iake[2]:Leaving directory "/home/AMBER/amber14/AmberTools/src”
iake[1]:***[parallel]错误2
lake[1]:Leaving directory“/home/AMBER/amber14/AmberTools/src"
take:***[install]错误2

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-3-20 13:46

lsbaa1937 发表于 2017-3-20 00:15
dgesvd.f:(,text+0x3c9):undefined reference to"_gfortran concat string
dgesvd.f:(.text+exdae):und ...

（1）能不能使用清楚的截图···那拍的图简直不能看····贴的文字里面错别字一堆；（2）这是否是错误最开始的地方？“其上几行”指的是回到上面错误一开始的地方，不是真的只抄上面几行···（3）上一步configure时是否有报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-20 16:09

lsbaa1937 发表于 2017-3-20 00:15
dgesvd.f:(,text+0x3c9):undefined reference to"_gfortran concat string
dgesvd.f:(.text+exdae):und ...

我用的ifort，你用的gfortran。改成ifort再按我文中的方法编译

作者
Author: lsbaa1937 时间: 2017-3-20 16:24

sobereva 发表于 2017-3-20 16:09
我用的ifort，你用的gfortran。改成ifort再按我文中的方法编译

是在config.h文件里面改吗

作者
Author: ggdh 时间: 2017-3-31 08:03
今天安装amber16，找着这个帖子做，前面都很顺利，没有问题。
就是最后一步。在测试并行cuda的时候
我是44的cpu ，所以DO_PARALLEL设置为40
结果跑着很多测试就出现memory不足的错误。
我想，我一个GTX1080的显卡，运行这种测试小体系还会memory不足？
网上一查。发现在cuda+mpi的情况下，mpi -np x 里面的x是指gpu数量。而不是cpu数量。这样我设置为40就会导致1个GPU给分配了40个线程。所以才会内存不足。这样来看一般如果没有装双显卡，或者夸gpu节点并行。mpi+cuda没有啥必要了

作者
Author: mooninwhere 时间: 2017-4-24 16:53
学习了，按照方法去按照一下，准备学习amber

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-21 18:01

数据挖掘发表于 2018-4-21 15:46
为什么不直接使用intel的mpi?
Amber 16 brings with it an additional flag (-intelmpi) to enable use of ...

或许可以，没尝试过
鉴于openmpi最为主流，凡是涉及MPI的我如今都用openmpi

作者
Author: 数据挖掘 时间: 2018-4-22 11:04

sobereva 发表于 2018-4-21 18:01
或许可以，没尝试过
鉴于openmpi最为主流，凡是涉及MPI的我如今都用openmpi

谢谢

作者
Author: hxd_yi 时间: 2018-7-3 21:30
我来提醒一个大坑：不能使用gfortran！不能使用gfortran！不能使用gfortran！
gfortran会卡死在编译过程中，而且不会报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-4 05:41

hxd_yi 发表于 2018-7-3 21:30
我来提醒一个大坑：不能使用gfortran！不能使用gfortran！不能使用gfortran！
gfortran会卡死在编译过程中 ...

对于目前和近期版本而言gnu编译器完全没问题

作者
Author: 赵泽伟 时间: 2018-10-26 21:29
谢谢分享！

作者
Author: wfmf1994 时间: 2019-1-7 17:04
老师，我在按照您的教程以及amber18的手册安装ambertools18的时候出现以下错误
CXX ActionFrameCounter.cpp
/usr/local/include/c++/6.1.0/type_traits(1367): internal error: bad pointer
decltype(__helper<const _Tp&>({}))* = 0);
^

compilation aborted for ActionFrameCounter.cpp (code 4)
make[4]: *** [ActionFrameCounter.o] Error 4
make[4]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src/cpptraj/src'
make[3]: *** [install] Error 2
make[3]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src/cpptraj'
make[2]: *** [build_cpptraj] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src'
make[1]: *** [serial] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/software/amber18/AmberTools/src'
make: *** [install] Error 2
请问这是哪里出问题了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-7 18:09

wfmf1994 发表于 2019-1-7 17:04
老师，我在按照您的教程以及amber18的手册安装ambertools18的时候出现以下错误
CXX ActionFrameCounter.cp ...

我在CentOS 7.4下用gnu编译器没发现你的问题。如果按照http://sobereva.com/455前半部分安装ifort+icc+intel MPI 19.0.1，然后用
./configure intel
make install
也没遇见你说的问题

要么是编译过程不对，要么是你用的编译器和当前版本有兼容性问题

作者
Author: wfmf1994 时间: 2019-1-7 20:26

sobereva 发表于 2019-1-7 18:09
我在CentOS 7.4下用gnu编译器没发现你的问题。如果按照http://sobereva.com/455前半部分安装ifort+icc+in ...

我的ifort和icc版本是15.0.0 intel mpi是5.0.1的，是不是这个的问题？
编译过程就是
./configure intel
make install
第一步没有问题，make install一直报错

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-7 23:32

wfmf1994 发表于 2019-1-7 20:26
我的ifort和icc版本是15.0.0 intel mpi是5.0.1的，是不是这个的问题？
编译过程就是
./configure intel ...

可以试试新版本，2017或者我的版本

作者
Author: pengchy 时间: 2019-4-12 10:01
谢谢，这个帖子明确了，可以不用考虑Amber，只用AmberTools就好了。

作者
Author: azero 时间: 2019-5-20 16:35
一开始，以为pmemd.cuda.MPI是同时使用多个CPU和1个GPU
然后多次跑MD失败才知道是并行多个GPU

请教怎么才能同时使用多个CPU和1个GPU？
pmemd.cuda好像只能用1个CPU

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-8-31 14:32
本帖最后由知黑守白于 2020-8-31 14:42 编辑

卢老师，请教您一个关于amber18安装之后运行的问题

我按照您的帖子，新装了cent os7.8系统，在此基础上安装好了amber18的串行版，并行版，GPU版本和GPU并行版本，对应的运行指令为pmemd.mpi、pmemd.cuda 、pmemd.cuda.mpi
串行版运行无任何问题
运行并行版pmemd.mpi的时候报错，但是前面加上mpirun -np 8 -allow-run-as-root 之后，八核的并行任务就可以跑起来了
本来我以为相应地对pmemd.cuda.mpi再额外加上类似 -gpu 2（我使用了两块GPU）就可以实现GPU同时运算了，但是还是报了和之前一样的错误
能否请您指点一下，该如何添加指令才能使pmemd.cuda.mpi成功运行啊

cuda版本为10.2（ambertools更新到19之后是支持的）
openmpi版本为 1.8.8

感谢！！！！！

ps：我试了mpirun -np 2 --allow-run-as-root pmemd.cuda.MPI 还是报错，无法调用两块GPU运算

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-4-10 22:57

ruanyang 发表于 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下，如果我只用Amber做一些小分子的力场参数，是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber . ...

您好，请问这个怎么实现呢？和上面同一个步骤吗？因为只安装ambertools的话，环境变量的位置似乎有问题？希望大佬有时间能指点一下

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-9 21:27
请问老师，今天我按照此帖安装Amber14，AmberTools14时候，到了做完./configure intel，并输入y后的时候，出现了如图所示的错误，检查编译mpi并没有问题，请问各位老师这是什么原因呢？解决办法又是什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-10 02:03

uenh1998 发表于 2021-11-9 21:27
请问老师，今天我按照此帖安装Amber14，AmberTools14时候，到了做完./configure intel，并输入y后的时候， ...

如果你不需要有图形界面的leap，就按提示说得加上-noX11

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-10 07:58
本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-10 11:11 编辑

sobereva 发表于 2021-11-10 02:03
如果你不需要有图形界面的leap，就按提示说得加上-noX11

好的感谢sob老师，那我试试

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