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标题: 求助gmx_MMPBSA对轨迹文件的要求 [打印本页]

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Author: uenh1998 时间: 2022-7-21 16:28
标题: 求助gmx_MMPBSA对轨迹文件的要求
今天试着对之前跑的蛋白配体复合物做gb能量分解计算，命令为gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 19 -ct md.xtc -lm cht.mol2 -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv 但是出现了第二张图的错误，看.log文件好像是xtc文件的问题，打开log文件，对错误地方的描述是第一张图。xtc文件是md模拟时的轨迹文件，没有经过后续处理，想问下各位老师，gmx_MMPBSA对轨迹文件有没有什么要求呢？

作者
Author: frank666 时间: 2022-7-21 21:30
试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-22 08:26

5撇到3撇发表于 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

Amber14SB+GAFF

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-22 08:26

5撇到3撇发表于 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

谢谢！我试试

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-7-22 08:28

frank666 发表于 2022-7-21 21:30
试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

谢谢！我试试

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Author: uenh1998 时间: 2022-7-22 11:23

frank666 发表于 2022-7-21 21:30
试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

会出这样的错，这个在mmpbsa.log里没有相关的说明，这个更奇怪了

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