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标题: GBSA和PBSA的适用范围存在疑问 [打印本页]

作者
Author: 不想读啦 时间: 2022-7-22 16:48
标题: GBSA和PBSA的适用范围存在疑问
请问一下，我在比较PBSA和GBSA的适用范围时，文章中提到一个结论，GBSA更加适用于相对结合自由能的计算，有利于用于排名，这是针对单靶点和一系列配体系统，如果我是固定靶标，但受体改变，类似于钓靶，请问这种情况下，GBSA的较好的相对结合自由能计算能力还存在吗？
还有，这种比较结合能力情况下（也就是更加注重相对结合自由能），熵的引入是必要的吗，我的体系是核酸体系，与配体结合前后构象变化可能较大？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-23 14:58
“GBSA更加适用于相对结合自由能的计算”这在原理上是错的。PB比GB严格得多。所以搞GB算法的人往往都用GB的溶解自由能和PB的对比来考察GB的合理性。GB一般都是作为PB算不动或不好算情况下的高度近似的溶剂模型来用。
在现实应用中，则有很多其它因素影响PB和GB的结果，诸如PB的格点间距、原子电荷和半径、GB有效Born半径的计算方法，还有误差抵消因素等等，会影响MMGBSA、MMPBSA计算实际溶解自由能的准确度。但即便如此，在没有前提和限定的情况下，说“GBSA更加适用于相对结合自由能的计算”是明显不负责任的。

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