计算化学公社

标题: 求助gmx-MMPBSA计算结合自由能为正值 [打印本页]

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-22 21:55
标题: 求助gmx-MMPBSA计算结合自由能为正值
gromacs跑的小分子和蛋白，轨迹经sob老师指点的方法处理后蛋白质已无跳跃，整个过程小分子也很老实，待在结合位点基本无变化。后提取蛋白相对于配体的rmsd如图，很稳定。但是用gmx-MMPBSA计算结合自由能△TATOL结果是正值。可以确定参数文件是没问题的，之前也跑过其他蛋白的的轨迹，结合自由能结果无明显异常。想请教一下各位老师，出现这种情况的原因可能是什么，会不会是给小分子加了限制势导致它很老实，而实际情况两者结合的并不好。 (, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-23 14:44
跑MD时不应当加限制势
限制势可能导致小分子和蛋白间出现现实中本来没有的虚假的互斥，导致MMPBSA里范德华作用项可能明显太正，进而导致结合自由能也为正。
模拟方式得当的情况下，对于本来配体就能稳定与蛋白结合的情况，不加限制势时小分子也理应能待在结合位点里

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-7-24 09:50

sobereva 发表于 2022-7-23 14:44
跑MD时不应当加限制势
限制势可能导致小分子和蛋白间出现现实中本来没有的虚假的互斥，导致MMPBSA里范德华 ...

老师第二次我重跑未加限制势，整个过程也非常稳定，小分子待着结合位点基本无变化，但是最后自由能算出还是正数。我这种情况是不是改考虑换个计算方式[img][/img]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-25 01:30

dzdhp 发表于 2022-7-24 09:50
老师第二次我重跑未加限制势，整个过程也非常稳定，小分子待着结合位点基本无变化，但是最后自由能算出还 ...

看各个能量成分试图搞清楚为正的原因

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-10-29 22:34

sobereva 发表于 2022-7-25 01:30
看各个能量成分试图搞清楚为正的原因

社长想请问能量成分试图是指resMMPBSA以及其他resMM,PB,SA吗？
我直接用了pdb库中的蛋白结构和对应小分子做了模拟,没有再做对接去调整小分子的结合模式,在能量最小化这步并没有达到Fmax<100但是正常运行了,检查了输出的结构小分子也是比较稳定的在蛋白的结合口袋的。因为Nec-1是RIPK1的特异性抑制剂了，但我做和RIPK1蛋白晶体结构5hx6结构和4ITH结构的模拟dG均为正值，但其他小分子和RIPK1的蛋白结构模拟后的mmpbsa分析dG值为负值。 (, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 13)
正常情况下mmpbsa的dG不可能为正值吧？如何能分析在模拟的什么环节出现问题呢？感谢社长！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-30 06:09

Nancylee0416 发表于 2022-10-29 22:34
社长想请问能量成分试图是指resMMPBSA以及其他resMM,PB,SA吗？
我直接用了pdb库中的蛋白结构和对应小分 ...

能稳定结合的配体，理应deltaG为负

这种问题，只能是在搞懂MMPBSA计算原理的前提下，检查影响结合自由能的各个组成项，即MM、PB、SA部分，与其它结果正常的情况对比看看是否哪项有异常；做了残基的能量分解，就能更进一步检查是否有什么残基的数据有异常。对于异常的，仔细根据模拟设置或MMPBSA用的参数设置思考可能的原因。

实在搞不明白的话，也可以用更严格的比如TI/FEP方法去算算结合自由能，确认一下是否可能结合自由能本身就是很小，MMPBSA由于方法的误差导致算成正的了。

作者
Author: Winnky 时间: 2024-3-3 22:34
你这rmsd不算小了，都有5埃了

作者
Author: znjnancy 时间: 2024-3-12 11:13

dzdhp 发表于 2022-7-24 09:50
老师第二次我重跑未加限制势，整个过程也非常稳定，小分子待着结合位点基本无变化，但是最后自由能算出还 ...

朋友，请问你是如何对小分子添加限制势的呀，怎么设置的呢？我正在为如何添加限制势发愁，要对主topol设置还是对小分子的itp文件设置呢？限制势是运用于跑能量最小化和限制性动力学时使用吗？然后正式长时间动力学时限制势就不用了吗？能否看看你设置限制势的那个文件是如何书写的呢？万分感谢

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-3-15 10:23

znjnancy 发表于 2024-3-12 11:13
朋友，请问你是如何对小分子添加限制势的呀，怎么设置的呢？我正在为如何添加限制势发愁，要对主topol设 ...

http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.html官方教程里面有教怎么加，蛋白质的限制文件在pdb2gmx时会自动生成，就是posre.itp。对小分子加，避免初期不稳定，你的理解的对的。正式生产模拟需要去掉，不能用，不然会跟实际情况相违背。

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