计算化学公社

标题: 如何使用高斯软件准确模拟模板与单体的正确结合方式？ [打印本页]

作者
Author: XYWO 时间: 2022-7-23 08:46
标题: 如何使用高斯软件准确模拟模板与单体的正确结合方式？
在做有关实验时，想使用高斯软件对模板与单体的结合方式进行模拟。现在所遇到的问题是模板与单体上都有多个结合位点，想要求问各位老师，如何通过高斯软件判断哪个是实际结合时所使用的结合位点？具体应该怎样操作？

作者
Author: chands 时间: 2022-7-23 10:20
Gaussian本身不能判断。有两种方法：
（1）根据化学知识，判断哪些结合位点可能性更大，排除一些不可能的，然后所有可能的情况都算一遍。
（2）做构型/构象搜索，或者跑MD，找出所有可能的结合方式。
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://sobereva.com/276

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-23 14:42
应当说具体模板指的是什么，给出图最好，不同情况有不同的最佳做法
但不管怎么做，仅仅靠Gaussian自身是不行的，Gaussian没有构型搜索功能。简单情况可以自己手动摆不同的初猜，而手摆太麻烦、考虑不周全时应当用molclus等程序做构型搜索。

作者
Author: XYWO 时间: 2022-7-25 14:32
好的，谢谢大家的回复。

作者
Author: XYWO 时间: 2022-7-25 14:40
我目前使用的模板是10-羟基喜树碱，请问又没有做过类似实验的，在判断结合位点的时候用的什么方法？

作者
Author: chands 时间: 2022-7-25 14:43

XYWO 发表于 2022-7-25 14:40
我目前使用的模板是10-羟基喜树碱，请问又没有做过类似实验的，在判断结合位点的时候用的什么方法？

单体是什么？

作者
Author: XYWO 时间: 2022-7-25 16:21

chands 发表于 2022-7-25 14:43
单体是什么？

单体是MAA

作者
Author: chands 时间: 2022-7-25 16:58

XYWO 发表于 2022-7-25 16:21
单体是MAA

建议还是用构型/构象搜索，能猜出一些结合方式，但是用了构型/构象搜索才能找全。

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